文献分享（xenium）--产后心脏的空间引导体内单细胞功能基因组学

数据构建：研究团队整合单核RNA测序（snRNA-seq）profiling与单细胞原位空间转录组成像，建立了产后心脏的高分辨率时空图谱。在产后第0天（P0）、...

课前准备--蛋白蛋白分子对接的位点搜索逻辑（二）

这种情况实际上是蛋白–蛋白诱导契合（induced fit）/构象选择（conformational selection）问题。此时不能简单把两个静态 PDB ...

课前准备--蛋白蛋白分子对接的位点搜索逻辑（一）

蛋白–蛋白分子对接（protein–protein docking）的位点搜索逻辑，和蛋白–小分子对接最大的区别是：通常不是先定义一个固定的“小口袋”，而是要在...

文献分享（visium HD）--转座元件与同型生态位驱动黑色素瘤表观遗传免疫治疗中的免疫动态与耐药

研究设计：从13份冰冻肿瘤组织（5名晚期皮肤黑色素瘤患者）中，在基线（第0周）、治疗中（第4周）和较晚治疗时间点（第12周）纵向收集活检。患者分为应答者（R；完...

课前准备--两个多聚体蛋白（四级结构）如何进行分子对接

两个多聚体蛋白之间的对接，和普通“小分子–蛋白”对接完全不同。核心问题不是“配体进入口袋”，而是：

文献分享（visium HD）--重症肌无力胸腺重塑类别转换 B 细胞，使其转变为 BAFF 依赖性的存活细胞

翻译摘要： 重症肌无力（MG）提出了一个临床挑战：自身抗体滴度难以预测疾病严重程度，胸腺切除术的获益也不一致。我们假设胸腺B细胞获得了绕过经典耐受检查点的存活机...

文献分享（xenium）--空间组织化的 SPP1⁺ 巨噬细胞与 CD1C⁺ 常规树突状细胞相互作用，共同塑造 EGFR 突变型非小细胞肺癌的免疫抑制性生态位

EGFR突变非小细胞肺癌（NSCLC）从免疫检查点抑制剂（ICI）治疗中获益有限，但与耐药相关的空间免疫机制尚不清楚。我们应用单细胞分辨率的多模态空间蛋白质组-...

课前准备--含金属离子的配体如何做分子对接

含金属的配体在金属酶抑制剂、金属配合物药物、抗癌药物、抗菌药物中非常重要。需要先区分两个概念：

文献分享--泛肿瘤空间转录组学揭示了肿瘤组织的保守特性

摘要： 肿瘤微环境（TME）是一个由多种细胞、蛋白质和其他生物成分构成的复杂体系，深刻影响肿瘤的生长、转移和治疗反应。TME内的生物学变异在遗传、通路、细胞和组...

课前准备--Gaussian和GaussView软件介绍与使用

Gaussian + GaussView 是计算化学中非常经典的一套组合。简单来说：

知识扩展--空间多组学在抗体药物偶联物（ADC）靶点发现中的应用

内容扩展（xenium、Atera）--依据空间微环境区分细胞亚群的核心生物学意义

当然，这种空间关联本身通常不能单独证明因果关系，需要结合扰动实验、功能实验等验证。

非编码基因（主要是lncRNA）对单细胞、stereo-seq、visium HD分析上的影响

对于 scRNA-seq、Stereo-seq和Visium HD，分析非编码基因时最需要避免的误区是：

课前准备--3D-QSAR与药物结构优化

3D-QSAR（Three-Dimensional Quantitative Structure–Activity Relationship，三维定量构效关系）...

课前准备--配体分子拓扑文件的创建

做 蛋白–配体分子动力学模拟（尤其是 GROMACS），那么“配体分子拓扑文件准备”是非常关键的一步。它不是简单地把 .mol2 转成 .itp，而是要解决：

文献分享--肿瘤免疫微环境的重塑可预测免疫检查点抑制剂治疗反应

免疫检查点抑制剂（ICIs）已成为多种癌症的标准疗法，但仍有超过半数患者无应答或产生耐药。既往研究多聚焦于治疗前的“冷/热”肿瘤免疫表型，试图通过基线特征预测疗...

文献分享（visium HD）--多基质细胞类器官共培养模型揭示胰腺癌和胰腺炎中的上皮–成纤维细胞异质性