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scRNA包学习Monocle2

第三单元第七讲：使用scRNA包学习Monocle2 课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.htm...

生信技能树jimmy 2020-03-302020-03-30 11:12:18

https、网络安全、html、github、git

胃癌单细胞数据集GSE163558复现（一）：数据下载、整理与读取

Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。接下来的一段时间里，将由我开启一个新的学徒分享系列，给大家系统整理单细胞测序的代码。此系列包括...

生信技能树jimmy 2024-06-132024-06-13 18:20:24

对象、函数、数据、系统、队列

学习scRNAseq这个R包

https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2/blob/master/scRNA/study_scRNAseq....

生信技能树jimmy 2020-03-302020-03-30 10:39:27

数据分析、图像处理、https、网络安全

整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法（一）：R包scAB

最近刷到NAR最新的一篇算法文章《scAB detects multiresolution cell states with clinical signific...

生信技能树 2023-02-272023-02-27 20:53:39

编程算法、github、git、开源

利用scRNAseq包学习scater

我们之前在第14篇笔记中学习了scRNAseq包的数据，知道了它可以分成4组：pluripotent stem cells 分化而成的 neural proge...

生信技能树jimmy 2020-03-302020-03-30 10:41:21

数据分析、https、网络安全

DNBC4tools—华大DNBelab系列单细胞分析pipeline

DNBseq（DNA Nanoball Sequencing）是华大基因自主研发的高通量测序技术，核心基于 DNA纳米球（DNA Nanoball，DNB）和...

生信菜鸟团 2025-05-212025-05-21 15:23:59

pipeline、后台、脚本、数据、线程

张泽民课题组的泛癌层面NK单细胞水平分群及其标记基因能带动一波数据挖掘文章吗

算起来就差nature杂志啦，而且都在针对于肿瘤相关单细胞数据集的挖掘。通常我们拿到了肿瘤相关的单细胞转录组的表达量矩阵后的第一层次降维聚类分群通常是：

生信技能树 2023-09-042023-09-04 16:35:43

数据挖掘、数据库、连接、模型、数据

12个Cell杂志的疑难杂症空转读取与分析：GSE144240

今天的这个数据也是一篇非常经典的单细胞与空间转录组数据联合分析的经典文献，于2020年7月份发表在 CELL上，标题为《Multimodal Analysis ...

生信技能树 2025-05-052025-05-05 13:36:30

cell、data、position、select、数据

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之代谢推断篇

好了，开始我们今天的内容，单细胞代谢推断，我们从最新的三个软件，compass，scmetabolism以及scFEA入手分析。

追风少年i 2023-03-292023-03-29 09:29:10

数据分析

单细胞数据（scRNAseq）可以做GSEA吗？

单细胞测序数据也可以做gsea，步骤跟用RNAseq的数据差不多，主要是要用到差异基因并且根据Fold change来排序。

生信编程日常 2020-09-072020-09-07 09:58:55

数据库、fold、排序、数据

听哈佛大神讲怎么做单细胞转录组GSEA分析

NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-...

生信宝典 2021-03-102021-03-10 11:20:24

go、es、https、网络安全、ios

单细胞转录组得到的基因集如何看生存效果呢？（不妨试试看GSVA）

根据作者的单细胞研究，找到了化疗耐药相关通路， The gene signatures associated with chemore- sistance in...

生信技能树jimmy 2020-03-302020-03-30 10:41:53

https、github、http、网络安全、git

三阴性乳腺癌表达数据探索笔记之GSVA分析

GSVA对数据库中的每一个通路在每个样本中算了一个值，相当于GSEA的enrichment score, 如果得分越高，说明这个通路在该样本中被改变的越严重。

生信技能树 2020-10-262020-10-26 10:59:36

数据库、sql、https、网络安全、github

单细胞与bulk转录组联合分析揭示了基于T细胞标记基因的肺腺癌分子亚型及其预后标志

背景：免疫疗法已成为治疗晚期或常规耐药恶性肿瘤的一种有前途的方法。在肺腺癌（LUAD）方面，T 细胞对抗肿瘤活性和肿瘤微环境有显著影响。然而，它们具体的贡献...

生信技能树jimmy 2024-03-042024-03-04 11:37:14

数据库、队列、模型、数据、算法

单细胞与bulk转录组联合分析构建并验证了一个非小细胞肺癌的预后模型

背景：目前大多数关于非小细胞肺癌（NSCLC）预后模型构建的研究仅涉及批量RNA-seq数据，而没有整合单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据。此外，大...

生信技能树jimmy 2024-03-052024-03-05 10:58:51

变量、队列、开发、模型、数据

单细胞转录组的肿瘤研究3大应用方向等你来攻克

这些年陆陆续续阅读了近百篇该领域的CNS文献，所以我大概总结了单细胞转录组技术肿瘤研究3大应用方向

生信技能树 2019-09-252019-09-25 15:12:10

node.js、数据分析

假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念

我们依赖于这个V4的版本的Seurat流程做出来了大量的公共数据集的单细胞转录组降维聚类分群流程，100多个公共单细胞数据集全部的处理，链接：https://p...

生信技能树 2023-11-142023-11-14 17:18:46

数据分析、https、tar、架构、数据

单细胞数据挖掘文章全文图表复现：NK细胞耗竭和肿瘤细胞进化轨迹

文章标题：《Comprehensive single-cell transcriptomic and proteomic analysis reveals NK...

生信技能树 2023-12-042023-12-04 19:51:23

数据挖掘、cell、data、数据、图表

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TA 很懒，什么都没有留下╮（╯＿╰）╭

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