课前准备（分子动力学）--肿瘤细胞 → 招募/塑造巨噬细胞 → 形成肿瘤-巨噬细胞生态位 → 帮助肿瘤抵抗化疗

课前准备--蛋白建模AlphaFold 2与AlphaFold 3

可以把 AlphaFold 2（AF2） 理解成蛋白质结构预测领域一个非常重要的分水岭。它真正厉害的地方并不是简单地“输入氨基酸序列 → 输出三维结构”，而是把...

课前准备（分子动力学）--肿瘤内蜡样芽孢杆菌重塑干样淋巴细胞生态位，增强肝细胞癌的免疫治疗反应

也就是说，真正关注的并不只是“B. cereus 是否有利于免疫治疗”，而是进一步揭示了一个完整的“肿瘤内细菌 → 内皮细胞 → ILC2 → SLN → Tp...

课前准备--生成式人工智能在细胞生物学应用中面临的十五项挑战

这篇文章讨论的并不是简单的“AI 能不能分析单细胞数据”，而是在问一个更大的问题：

分子动力学Gromacs--运输醌的蛋白丝扩大革兰阳性 Bacillota 细菌的生物能量容量

Ndh + Ncp → 4:4复合物 → 蛋白丝 → 内部疏水腔 → 装载磷脂和醌 → 醌可以在其中运输 → Ndh利用NADH还原醌 → 扩大呼吸能力。

文献分享（visium HD）--头颈部癌症的空间分析揭示具有不同上皮-间质转化模式的两种生态系统

研究者接下来重点分析恶性肿瘤细胞区室内部的空间结构。根据恶性spot与非恶性细胞区室之间的距离，将恶性spot划分为三个区域：

课前准备--蛋白-蛋白分子对接（二）

这叫做 docking re-docking / blind docking validation。

文献分享（xenium）--人类小胶质细胞和脑血管周巨噬细胞在衰老和阿尔茨海默病中的可塑性

课前准备--采用pyrosetta对autodock vina的分子对接结果进行优化

结构生物学--χ-芋螺毒素AoIA在去甲肾上腺素转运蛋白上抗伤害作用的结构和功能基础

分子动力学（cell）--靶向CCKBR通路的选择性偏向性激动策略在阿尔茨海默病治疗中的机制研究

胆囊收缩素（cholecystokinin, CCK）是大脑中含量最丰富的神经肽之一，广泛分布于：

课前准备--蛋白质PDB文件与PDBQT文件的格式与区别

课后补充--为什么visium HD（stereo-seq）不做细胞niche而xenium(CosMx)做细胞niche很常见？

文献分享（cell）--肌萎缩侧索硬化症中语言和执行功能衰退的差异化细胞表型

分子对接/分子动力学--pyrosetta与蛋白质设计

文献分享（xenium）--人类肾脏发育的单细胞空间图谱表明微环境在引导细胞命运决定中发挥作用

知识扩展--PD-1阻断后肿瘤浸润浆细胞谱系分析揭示肿瘤特异性抗体

课前准备（Xenium 5k）--单细胞多组学关联阿尔茨海默病中的3D基因组与转录组变化