Atera项目分析--稀有细胞类型的注释与CNV分析的提升

作者，Evil Genius

Atera已经上线一段时间了，手上开始有Atera的分析项目了，先给大家分享一点初步的分析经验，如果想完全掌握Atera的数据分析，还需要一点时间探索。

首先第一步，稀有细胞群体的发现，这个是目前首先能想到的分析点。

Atera相较于Xenium 5k甚至更低的panel，全基因的覆盖最可能先发现稀有细胞群。

但是大家首先要想一个问题，如果Atera的细胞注释跟大多数Xenium 5k的注释策略一样，需要单细胞辅助注释，那稀有细胞群的分析价值就会打折扣，核心聚焦于一点，Atera能不能单独注释细胞群甚至细胞亚群。

这也是客户经常问到的问题

以癌症样本为例。

实际中Atera依据marker注释的效果表现呢？

确实在区分亚群方面的性能有所提升。

第二部分，CNV分析呢？

之前跟大家分享过，visium HD和xenium 5k、Cosmx 6k分析CNV效果均不佳。

那么Atera呢？尤其是CNV的异质性

初步来看恢复了CNV信号。

那么niche分析呢？

初步推断具有更加精细的空间细胞结构。

更多的实际效果，需要更多的经验积累了。

生活很好，有你更好。