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单细胞分析十八般武艺8：Garnett

单细胞初级8讲和高级分析8讲单细胞分析十八般武艺1：harmony 单细胞分析十八般武艺2：LIGER 单细胞分析十八般武艺3：fastMNN 单细胞分析十八...

生信技能树jimmy 2021-04-292021-04-29 17:07:12

express、linux、数据库、sql

单细胞GSVA分析专用R包

之前我们介绍过irGSEA：基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架，针对17种常见的Functional Class Scoring (FCS)方法进行了ben...

生信技能树 2024-11-212024-11-21 08:54:49

数据库、对象、函数、可视化、统计

pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化

但是在R里面跑这个，超级耗时，所以有使用pyscenic做转录因子分析和没想到自己会放弃conda（docker镜像的pyscenic做单细胞转录因子分...

生信技能树jimmy 2022-03-142022-03-14 17:57:05

文件存储

scRNA分析|使用CellChat完成细胞通讯分析-简单且可视化出众，代码自取

之前介绍过使用cellphoneDB 进行细胞通讯分析scRNA分析 | 解决可能的报错，从0开始教你完成细胞通讯分析-cellphoneDB，可能会遇到一些报...

生信补给站 2023-08-252023-08-25 10:13:07

数据库、对象、可视化、数据、通信

scRNA|使用scMetabolism完成单细胞代谢激活分数估计

之前介绍过 scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，然后可视化目标基因集合的打分，这里介绍scMetabolism包...

生信补给站 2024-04-252024-04-25 15:49:48

函数、可视化、数据、data、对象

scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，可视化

有了基因集文件除了做scRNA分析|单细胞GSVA + limma差异分析-celltype分组？样本分组？GSVA分析，还可以计算每个细胞的目标基因集评分。

生信补给站 2023-08-252023-08-25 10:01:49

list、函数、可视化、数据、统计

AddModuleScore 对单细胞基因集打分及可视化

在此选择的pathway通路及基因集（基于文章给出的部分基因）是我自己选用，并没有特别的生物学意义，只是做一下可视化展示。

生信菜鸟团 2023-10-072023-10-07 10:22:20

list、meta、函数、可视化、数据

单细胞scMetabolism代谢相关通路分析学习和整理

内置了KEGG_metabolism_nc和REACTOME_metabolism两个库的代谢通路信息。

凑齐六个字吧 2024-10-022024-10-02 09:33:42

数据分析

AUCell | 识别单细胞对“基因集”的响应

AUCell可以识别sc-RNA数据中具有活跃基因集或基因模块的细胞,即可以将某个通路的富集情况展现在聚类的细胞上，从而可以鉴定具有特定基因特征的细胞群。 A...

生信编程日常 2020-08-242020-08-24 14:48:54

https、网络安全、html

scRNA|R版CytoTRACE v2从0开始完成单细胞分化潜能预测

CytoTRACE v2 在2024.03月发表在预印本Mapping single-cell developmental potential ...

生信补给站 2024-04-262024-04-26 11:15:54

数据、算法、对象、函数、可视化

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