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Win或Linux系统下用conda安装Open Babel
Open Babel的编译安装，尤其编译安装绑定Python比较麻烦，现在通过conda安装openbabel带来了很多便捷。 三、利用conda安装openbabel conda install -c openbabel openbabel ? 四、测试安装是否成功 obabel ?
3.2K20发布于 2021-01-28 - 来自专栏Dechin的专栏
Open Babel的安装与使用
/$ tar zxf openbabel-3.1.1.tar.bz2 dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/vmd/openbabel/$ cd openbabel-3.1.1 dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechin/src/vmd/openbabel/openbabel-3.1.1$ mkdir build /src/vmd/openbabel/openbabel-3.1.1/build$ sudo make install 其中注意的是在build目录下执行的是cmake .. /openbabel-3.1.1/build$ conda install -c openbabel openbabel Collecting package metadata (current_repodata.json /openbabel-3.1.1/build$ conda install -c openbabel openbabel Collecting package metadata (current_repodata.json
6.4K20发布于 2021-05-21 - 来自专栏DrugOne
创建独立的Python化学信息学环境
OpenBabel和RDKit作为常用的化学信息学工具很受青睐，为了防止和其他项目的冲突，将他们单独创建在同一个Python环境。 包安装命令 conda install ipython （其他包安装，激活环境后安装） 三、测试环境 #激活环境运行IPython source activate pydd36 ipython #导入openbabel 和RDKit import openbabel, pybel from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem ?
85920发布于 2021-01-28 - 来自专栏DrugScience
Py3DMol--a little more
Objects from MDAnalysis, MDTraj, OpenBabel, and CClib can be visualized and manipulated directly in a MDAnalysis，MDTraj，OpenBabel和CClib中的对象可以在笔记本中直接可视化和操作。
1.4K10发布于 2021-02-04 - 来自专栏DrugScience
FindKey-CADD-交流群-半月结-No.1-2021.03.31
A：分子描述符，1.rdkit;2.openbabel;3CDK;4:padel descriptor;5,pydpi Q12：如何把sdf格式的小分子转换成pdb格式 A：openbabel Q13：
1.3K20发布于 2021-04-23 - 来自专栏生物信息云
分子对接教程 | (3) 配体分子文件格式转换
分子格式文件的转换，需要OpenBabel这个软件，这个软件能实现各种格式转换，用起来也挺简单的。
11.4K20发布于 2021-02-26 - 来自专栏DrugScience
小分子能量最小化
系列： 处理小分子 目的： 小分子能量最小化 原理： Pymol创建小分子+Openbabel进行最小化 步骤： （1）PyMol创建小分子，然后保存为mol2格式 （2）运行openbabel
2.5K10发布于 2021-02-04 - 来自专栏生物信息云
分子对接教程 | (1) 软件安装准备
其他分子对接辅助软件，比如：OpenBabel，PyMOL，Python等软件自己Google下载，Python需要安装2.0序列的，这个必须安装，安装完成后需要配置环境变量，不知道怎么配置环境变量，Google
7K31发布于 2021-02-26 - 来自专栏DrugScience
Nature | 手把手教你搭建大规模药物虚拟筛选平台
将bin文件夹加入到环境路径中： 命令：export PATH="Path/to/VFTools/bin:$PATH" 注：这只是一个临时变量，尽可能修改bashrc文件，并加入上面的命令 7.2安装openbabel 提供两种安装方式 a：使用conda conda install openbabel -c conda-forge b:直接从原网下载并进行安装 http://openbabel.org/wiki/Main_Page
5.4K30发布于 2021-02-04 - 来自专栏生信宝典
分子对接简明教程 （4）
mgltools.scripps.edu/downloads, 下载双击安装 PyMOL http://www.pymol.org，申请教育版，双击安装 下载 http://sourceforge.net/projects/openbabel /files/openbabel/2.4.1/OpenBabel-2.4.1.exe/download，双击安装 Linux下软件安装 #First make sure "~/bin" is in "PATH py ~/bin sed -i '1 s/python/pythonsh/' ~/bin/prepare_receptor4.py #PyMOL 尚未尝试编译 #Babel yum install openbabel
3.9K138发布于 2018-02-05 - 来自专栏生信探索
AutoDock分子对接实战
python=3.9 mamba activate dock mamba install -c conda-forge numpy swig boost-cpp sphinx sphinx_rtd_theme openbabel
1.4K41编辑于 2023-04-17 - 来自专栏Dechin的专栏
分子动力学模拟算法框架
初始坐标的获取方式有很多种，比如从数据库中直接获取、根据拓扑结构用特定的工具进行生成（比如之前的博客介绍过的OpenBabel），还有就是在材料学领域常用的根据晶体结构去生成有规律的体系初始坐标。 如下所示是一个通过OpenBabel生成一个水分子初始坐标的简单示例： $ obabel -:O --gen3d -omol2 -O H2O.mol2 1 molecule converted $ cat
1.3K20编辑于 2022-05-10 - 来自专栏量子化学
Dalton使用——磷光及其相关过程
Dalton的默认长度单位是bohr，我们使用的是一个小脚本将高斯输出坐标转换为Dalton坐标，也可以使用openbabel转换。
3.1K10发布于 2020-07-27 - 来自专栏生物信息云
分子对接教程 | (8) PyMOL可视化对接结果
下面我们就简单处理一下我们前面对接的结果 4.对接结果简单处理演示 我们前面对接的结果文件，result.pdbqt，我们同样用OpenBabel这个软件转换成pdb格式。 ?
15.3K52发布于 2021-02-26 - 来自专栏DrugScience
一种简便实现IFP（分子相互作用指纹）的方法
作者开发出一种基于Python的IFP软件，该软件依赖于开源代码软件-OpenBabel，并提供完全免费的IFP计算工具，任何人都可以使用它，并可以根据需要进行修改。
1.3K10发布于 2021-02-04 - 来自专栏智药邦
JCIM｜MILCDock：用于药物发现中虚拟筛选的机器学习一致性对接
受体文件已转换为MOL2格式，配体文件使用OpenBabel转为SD格式。使用的评分函数为RbtCavityGridSF。
1K10编辑于 2023-02-14 - 来自专栏Dechin的专栏
在博客园随笔中插入3D分子模型
由于不需要安装什么特定的软件（假设你已经生成好了一系列的分子模型用于展示，否则可以参考前面这篇博客用openbabel去生成一些特定的分子结构），我们直接上前端代码吧。
93410编辑于 2022-11-22 - 来自专栏DrugIntel
汉堡大学 BioChemAIgent AI 全程自动化：小分子分析 + 蛋白建模 + 分子对接 + 可视化全覆盖！
工具链可分为四大核心模块： 模块 核心工具 核心功能 小分子分析 OpenBabel、RDKit、ADMET-AI SMILES与3D结构互转、能量最小化、质子化、立体异构体生成、ADMET参数预测 蛋白建模 该模块的核心优势在于 全维度表征+自动化预处理 ： 结构转换与优化：支持SMILES（如布洛芬的SMILES：CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O）与SDF/PDB格式的双向转换，通过OpenBabel
63210编辑于 2025-12-30 J. Chem. Inf. Model. | Qsarna：智能化学空间导航工具在药物设计中的应用
值得注意的是，该模块实现了配体预处理的全自动化，包括质子化状态计算（基于OpenBabel）、立体异构体生成及低能构象优化（基于RDKit），确保了对接结果的可靠性与一致性。
22510编辑于 2026-01-08- 来自专栏DrugOne
Nat. Mach. Intell. | 由数据和知识驱动的基于结构的分子生成模型
相反，它们输出一组无连通性的离散原子，然后通过第三方方法（如OpenBabel）组装这些原子形成分子。这种策略可能会导致许多不希望的亚结构，给化学合成带来困难或降低药物类似性。
1K10编辑于 2024-03-27
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