- 综合排序
- 最热优先
- 最新优先
- 来自专栏云计算教程系列
如何用Molecule测试Ansible角色
和docker-py： (my_env) sammy@ubuntu:$ pip install molecule ansible docker-py 以下是每个包的功能： molecule：这是主要的Molecule 让我们编辑molecule.yml以反映这些变化： (my_env) sammy@ubuntu:$ nano molecule/default/molecule.yml 添加yamllint选项和平台信息 请注意在molecule.yml中的参考文献molecule/default/yamllint.yml的yamllint文件。 第六步 - 使用Molecule测试角色 一旦我们启动测试，Molecule将执行我们在场景中定义的操作。我们将再次运行默认molecule场景，在默认测试序列中执行操作，同时更仔细地查看每个场景。 可以使用官方Molecule文档是学习如何使用Molecule的最佳资源。 ------ 参考文献：《How To Test Ansible Roles with Molecule》
6K41发布于 2018-08-13 - 来自专栏数栈技术分享
Molecule在GitHub与Gitee正式开源
铛铛铛 12月16日9:00 我们的Molecule在GitHub与Gitee 正式开源咯！！！ 什么？你还不知道它是谁？ 那就先来认识一下这位新成员吧 ps：悄悄告诉你 关注“数栈研习社”还有小惊喜哦 Molecule简介 Molecule是一个受VS Code启发，使用React.js构建的Web IDE UI 框架。 于是在对VS Code源码进行研究后，Molecule诞生了。 Molecule优势 ▪ React.js 应用无缝接入 ▪ 基于 React.js 的组件库，更好的 UI 自定义能力 ▪ 基本兼容了 VS Code 上千种 ColorTheme 扩展 ▪ Molecule /dtstack_dev/molecule 目前的Molecule还是一个Beta版本，虽然参考了一些VS Code的设计概念，但API还是不够简洁，布局也不够精细。
79020编辑于 2021-12-16 - 来自专栏数栈技术分享
12月16日Molecule在Github、Gitee正式开源
作为开源社区的积极贡献者，本次数栈技术开源团队为大家带来了袋鼠云开源家族新成员——Molecule。 Molecule是什么？ Molecule是一款受VSCode启发，使用React.js构建的Web IDE UI框架。 Molecule具有较高的Workbench自定义能力，可帮助需求IDE UI业务场景的开发者，实现业务代码和IDE UI组件解耦，使业务迭代和IDE UI交互迭代可异步进行，降低升级维护成本。 为什么要开源Molecule？ Molecule虽然是从我们的业务场景中诞生出来的一套Web IDE UI方案，也已在多个项目和产品中得到了“实战”，但我们团队仍认为它还有很多不足。 ，提升Molecule生命力，繁荣国内开源生态。
59630编辑于 2021-12-16 - 来自专栏DrugOne
Molecule Dance助力新型FAK抑制剂设计
研究团队在「德睿智药」Molecule Dance计算平台支持下，深入研究了多个全新化合物和阳性对照药TAE226与黏着斑激酶（Focal adhesion kinase，FAK）的结合模式，为系统理解构效关系 技术平台 该研究使用「德睿智药」Molecule Dance技术平台，其主要功能为蛋白质结构预测，以及微观尺度下的蛋白动态模拟。 Molecule Dance平台已成功支持「德睿智药」十数个难成药靶点新药研发项目快速推进。 综上而言，此项研究借助Molecule Dance计算平台的创新性方法，发现了化合物7b作为新型FAK抑制剂的潜力，可作为先导化合物进一步优化以提高成药性。
29600编辑于 2024-02-02 - 来自专栏DrugOne
德睿论文｜Molecule Dance揭秘药物-蛋白质动态结合方式
基于「德睿智药」Molecule Dance计算平台的Motion Based Drug Discovery模块，研究团队对SARS-CoV-2主蛋白酶（SCM）与五种常见新冠抑制剂的相互作用进行比较分析 技术平台 该研究使用「德睿智药」Molecule Dance技术平台，其主要功能为蛋白质结构预测，以及微观尺度下的蛋白动态模拟。 Molecule Dance平台已成功支持「德睿智药」十数个难成药靶点新药研发项目快速推进。
68420编辑于 2023-10-27 - 来自专栏云计算教程系列
如何在Ubuntu 18.04上测试与分子的可靠角色
Ansible将自动安装为Molecule的依赖项： python3 -m pip install molecule docker 以下是每个包的功能： molecule：这是您将用于测试角色的主要Molecule Molecule提供主机以供测试。 在开始测试之前，Molecule验证配置文件molecule.yml以确保一切正常。 第4步 - 修改运行测试的角色 在我们的示例中，配置Molecule涉及修改Molecule配置文件molecule.yml以添加平台规范。 让我们编辑molecule.yml以反映这些变化： nano molecule/default/molecule.yml 添加突出显示的平台信息： --- dependency: name: galaxy
3.2K84发布于 2018-11-16 - 来自专栏R语言交流中心
R语言中的分子描述的计算
. get.alogp Commonly Used Molecular Descriptors get.atom.count Get the atoms from a molecule or bond or bond get.bonds Get the bonds from a molecule get.charge Operations on atoms get.connected.atom Get get.mcs Perform Substructure Searching & MCS Detection get.mol2formula Parser a molecule to formula get.property Get the Value of a Molecule Property get.smiles Get the SMILES for a Molecule get.smiles.parser Get the Total Charges for the Molecule get.total.formal.charge Get the Total Charges for the Molecule
2.4K20发布于 2019-07-31 - 来自专栏Dechin的专栏
MindSponge分子动力学模拟——定义一个分子系统（2023.08）
基础类Molecule的解析 我们先来看一下源代码中的Molecule这个类的自我介绍： class Molecule(Cell): r""" Base class for molecular The `Molecule` Cell can represent a molecule or a system consisting of multiple molecules. 在构建Molecule的时候需要传入键连信息bond，否则不带键连关系的Molecule计算出来的力场能量是错误的。 构象信息。 除了逐个原子的去构建一个Molecule，还可以定义好一系列完整的残基Residue再输入给Molecule进行构建，或者通过模板template来进行构建。 单位信息。 上述主要是给Molecule的输入信息，输入给Molecule之后在内部构建build一次，才能得到一个最终的分子系统对象。
60120编辑于 2023-09-01 - 来自专栏生信宝典
gggenes绘制多物种基因结构比较
每一行代表一个基因或一个区域；列分别是： molecule：基因组名字 gene: 基因名字 the name of the gene start: 基因在基因组开始位置 (如果在负链，注意起始位置的写法跟 基因组信息molecule映射到y轴。如果绘制的基因来自不同基因组的位置的数值相差很大，一般指定scale =“free”来调整横轴的坐标展示，以避免部分数字太大压缩了小基因组的基因的展示。 library(ggplot2) library(gggenes) ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene)) + geom_gene_arrow() ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule)) + facet_wrap(~ molecule, scales
5.1K21发布于 2019-11-07 - 来自专栏生信宝典
咦！这样画基因结构图够好看！（结尾有送书福利）
每一行代表一个基因或一个区域；列分别是： molecule：基因组名字 gene: 基因名字 the name of the gene start: 基因在基因组开始位置 (如果在负链，注意起始位置的写法跟 基因组信息molecule映射到y轴。如果绘制的基因来自不同基因组的位置的数值相差很大，一般指定scale =“free”来调整横轴的坐标展示，以避免部分数字太大压缩了小基因组的基因的展示。 library(ggplot2) library(gggenes) ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene)) + geom_gene_arrow() ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule)) + facet_wrap(~ molecule, scales
5.9K33发布于 2020-02-26 - 来自专栏数栈技术分享
两步实现让antd与IDE和睦相处的处理案例
【GitHub开源地址】 https://github.com/DTStack/Taier https://github.com/DTStack/molecule 何为Molecule与Taier Molecule在各方面的不俗表现使我们很快意识到，用Molecule来承担Taier系统中的IDE组件角色几乎是顺理成章。 IDE搭建，为何Molecule Molecule之前，前端苦Web IDE久矣。 除了上述提到菜单栏和活动面板以外，Molecule 支持对所见的所有区域均可自定义。具体细节可以通过 Molecule 的官方文档进行查看。 同时， Molecule 的 引入优化了Taier的交互方式，在不舍弃已有的 Ant Design 的前提下，数栈设法兼容了 Molecule 的风格，提升了一站式大数据开发平台的用户体验。
1.5K30编辑于 2022-04-14 - 来自专栏生物信息学
原来可以用R这么画基因结构图
准备输入数据 官方给的例子如下： > head(example_genes) molecule gene start end strand direction1 Genome5 genA 作图 library(ggplot2)library(gggenes) ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule 下面的我们加上方向，也加上基因名称，代码如下： ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene, label = gene, forward = direction)) + geom_gene_arrow() + facet_wrap(~ molecule, scales (data = example_subgenes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene, xsubmin
3.3K20发布于 2020-04-13 - 来自专栏生信小驿站
R语言之分子指纹(1)计算分子指纹及批量保存sdf格式
1024) dta[num, 'fp'] <- 1 rownames(dta) <- dta$mol dta$mol <- NULL names(dta)[1] <- paste0('molecule ', i) dt <- cbind(dt, dta) } #统计单个指纹的分布 dt$sum <- rowSums(dt) table(dt$sum) dt[1:6,1:6] # molecule1 molecule2 molecule3 molecule4 molecule5 molecule6 # fpt1 0 0 0 0 ) #循环生成sdf文件 for (i in 1:iter_num) { m <- parse.smiles(SMILES[i]) ## perform operations on this molecule file_name <- paste0('molecule', i, '.sdf') write.molecules(m,filename=file_name ) } 用DS2019读取这些sdf
2.2K21发布于 2021-01-20 - 来自专栏生信菜鸟团
探索ggplot2的无限可能：140+ggplot2扩展包让你的图表更出彩
# 看下包中自带的测试数据 head(example_genes) # molecule gene start end strand orientation # 1 Genome1 genA dummies <- make_alignment_dummies( example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, id = gene), on = "genE" ) p <- ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill p <- ggplot( example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene, label = gene) ) , fill = gene, forward = orientation)) + geom_gene_arrow() + facet_wrap(~ molecule, scales = "free
79110编辑于 2024-12-09 - 来自专栏数栈技术分享
基于开源大数据调度系统Taier的Web前端架构选型及技术实践
Molecule 是我司开源的一个轻量级Web IDE UI 框架。 点此进入molecule介绍 在 Taier 的界面中，整个 IDE 的界面就是基于 Molecule 所提供的 Workbench 所做的自定义，这一部分是 Taier 界面至关重要的一部分。 Molecule 接着，我们介绍一下 Molecule 在 Taier 中的应用。 如图所示，我们通过调用 molecule.editor.setEntry来自定义 Workbench 的入口页，通过 molecule.activityBar.add 以及 molecule.sidebar.add Molecule 与 Services 的联系 我们通过 Extensions 中调用Services 方法，然后在Services 中调用 Molecule 导出对象的方法即可。
1K72编辑于 2022-06-27 - 来自专栏数栈技术分享
基于开源大数据调度系统Taier的Web前端架构选型及技术实践
Molecule 是我司开源的一个轻量级 Web IDE UI 框架。 点此进入 molecule 介绍 在 Taier 的界面中，整个 IDE 的界面就是基于 Molecule 所提供的 Workbench 所做的自定义，这一部分是 Taier 界面至关重要的一部分。 Molecule 接着，我们介绍一下 Molecule 在 Taier 中的应用。 如图所示，我们通过调用 molecule.editor.setEntry 来自定义 Workbench 的入口页，通过 molecule.activityBar.add 以及 molecule.sidebar.add Molecule 与 Services 的联系 我们通过 Extensions 中调用 Services 方法，然后在 Services 中调用 Molecule 导出对象的方法即可。
78410编辑于 2022-06-20 - 来自专栏DrugScience
Python每日一谈｜No.31.实例.11-OpenMM.No.3.小分子力场生成
1.首先你需要安装openmmforcefields conda install -c conda-forge openmmforcefields 2.然后产生一个小分子模版生成器（a small molecule residue template generator），按照下例 # 创建一个 openforcefield Molecule 对象（苯，SMILES模式） from openforcefield.topology import Molecule molecule = Molecule.from_smiles('c1ccccc1') # 创建一个SMIRNOFF模版（这个模版会有着最新的Open Force Field 对象（苯，SMILES模式） from openforcefield.topology import Molecule molecule = Molecule.from_smiles('c1ccccc1 from openmmforcefields.generators import GAFFTemplateGenerator gaff = GAFFTemplateGenerator(molecules=molecule
2K31发布于 2021-03-29 - 来自专栏DrugOne
Python脚本：将mol2分子库文件拆分为单个mol2文件
Lists contain the molecule ID and the mol2 file contents. () while not mol2file.tell() == os.fstat(mol2file.fileno()).st_size: if line.startswith("@<TRIPOS>MOLECULE "): mol2cont = [] mol2cont.append(line) line = mol2file.readline() molecule_id = line.strip() while New files will be named <molecule_name_1>.mol2, ... <molecule_name_n>.mol2 Returns ----------- chunks : int Number of files written.
93540发布于 2021-02-01 - 来自专栏前端实验室
牛逼！仿VScode 开源了一个在线IDE
VS code 相信大家都用过，今天就给大家介绍一个开源的在线Web IDE——molecule Molecule Molecule 是一款受 VSCode 启发，使用 React.js 构建的 Web 然后进入到项目，进行安装依赖 启动 yarn start # 或者 npm npm run start 这个命令会自动在默认浏览器中打开 http://localhost:3000 这个地址，即可看到 Molecule Molecule是一个非常棒的在线 IDE ，他针对Workbench UI、 ColorTheme 、自定义热键、快捷访问等功能进行自定义扩展。 如果你也想自己搭建一个在线的IDE，可以访问它的源码 github链接:https://github.com/DTStack/molecule
2.5K30编辑于 2023-09-07 Foldit
Small Molecule Design 小分子设计Common medicines like aspirin are examples of non-protein small molecules. Research in small molecule design aims to create new drug compounds to target disease-related proteins Small molecule design is difficult because the sheer number of possible molecules is overwhelming for Help design new small molecule drugs by playing Foldit puzzles in the Small Molecule Design Category. 通过在 Small Molecule Design 类别中玩 Foldit 谜题来帮助设计新的小分子药物。
41810编辑于 2025-05-02
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号