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使用Loupe Cell Browser查看10X单细胞转录组分析结果
10X genomics公司不仅为单细胞转录组数据分析提供了配套的cell Ranger软件，同时也提供了专门的分析结果查看软件-Loupe Cell Browser，该软件是一个图形界面的软件，操作非常的方便 在cell ranger软件的输出结果中，有一个名为cloupe.cloupe的文件，该文件就是用于输入到Loupe Cell Browser软件中的。 通过左上角的File->Open File， 或者Browser for a Loupe Cell Browser File菜单，导入对应的后缀cloupe的文件，导入成功后的页面如下 ?
2.9K10发布于 2019-12-19 空转联合单细胞分析(五）:10X Visium HD上手就是复杂情况？多样本拼片如何进行拆分？
overlaid on the H&E microscope image for manual annotation based on sample tissue boundaries using Loupe Annotations made in the Loupe Browser were exported to comma-separated values (CSV) files, which were 所以采用10x软件Loupe Browser进行处理，不仅可以区分样本，还可以手动框选需要的分析的组织范围（比如这个示例中，我们只需要分析kidney组织，而不需要其他组织）。 软件下载并安装：https://www.10xgenomics.com/support/software/loupe-browser/downloads Step1: 打开软件上传文件，上传的是cloupe.cloupe 文件，这是Loupe Browser的专用格式，用于可视化和交互式浏览Visium HD的空间转录组结果。
29210编辑于 2025-12-20Visium HD多样本拼片拆分
Visium HD实验的时候一个捕获区域内可以包含多个样本拼片（例如多个组织切片或不同样本的排列）是常见的实验设计，多样本拼片能够提升实验效率，单张玻片处理多个样本，降低试剂和测序成本，后续分析的时候只需要使用Loupe Loupe Browser圈选与分割样本的详细步骤 数据加载与可视化 打开数据文件 启动Loupe Browser（需6.0及以上版本），通过 File > Open 加载Visium HD生成的 .loupe
32210编辑于 2025-06-10高精度空间平台
这些平台全部都介绍过平台精度是否单细胞级别图片与数据是否可以结合测序组学可视化软件配套情况注意事项Nanostring CosMx Spatial Molecular Imager细胞级是是转录、蛋白有CosMx贵10X Genomics Xenium细胞级是是转录loupe 单细胞级别算法推断而来，检测需要panel，目前检测基因的通量不足，据说要达到5000级别10X Genomics Visium55um否是转录loupe精度低Akoya CODEX单细胞级是是蛋白有蛋白组 ，通量低、精度高10X Genomics Visium HD亚细胞级亚细胞级是转录loupe高精度，目前5万/样本BGI STOmics亚细胞级亚细胞级否转录无图片和数据不能结合，区域划分和数据分析困难较大百创
36610编辑于 2024-04-01- 来自专栏生信喵实验柴
空间转录组
对全转录组或靶向基因表达文库进行测序，并通过易用的数据分析和可视化软件 Space Ranger 和 Loupe Browser 来开展数据分析和可视化。 Loupe Browser 能够将基因表达数据与组织学或免疫荧光蛋白数据进行直接比较。从样本到可用于测序的文库，整个流程可在一天内完成。 -O https://cf.10xgenomics.com/supp/spatial-exp/refdata-gex-mm10-2020-A.tar.gz 5.3 下载 SpaceRanger 和 Loupe Browser 可视化结果 将 Space Ranger 分析结果中的 cloupe.cloupe 文件导入 Loupe Browser 进行结果可视化。 利用 Loupe Browser 可视化空间转录组结果 写在最后：有时间我们会努力更新的。大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。
4.5K21编辑于 2023-02-24 - 来自专栏生信喵实验柴
单细胞分析环境搭建
格式，Cell Ranger 集成了 10 x genomics 单细胞数据分析的一整套流程模块，可以直接进行碱基识别，文库拆分、细胞拆分、输出表达定量矩阵、降维（pca），聚类以及可视化，配合另一套 Loupe 下载网址：https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest 1.2 Loupe Browser 下载（需注册） Loupe Browser 是 10x Genomics 官网提供的单细胞数据可视化软件，输入文件为 Cell Ranger分析之后生成的.cLoupe 文件即可直接使用
81910编辑于 2022-10-25 - 来自专栏生信菜鸟团
10X HD Visium上游流程更新：Space Ranger V4及图像校准
You can now visualize and analyze Visium HD / Visium HD 3' cell segmentation in Loupe Browser v9. ）： Loupe Browser 提供了 Visium HD 手动对齐工具，使用户能够以交互方式将图像与载玻片的基准标记位置对齐，执行精确的组织选择，并导出 JSON 文件以供使用spaceranger 打开 Loupe Browser 并单击左下角的链接以访问 Loupe Browser 的 Visium 手动对齐选项。 img b. 请确保将 JSON 文件传递给spaceranger count带有相应--loupe-alignment选项的程序。 m. 上传高分辨率显微镜图像（H＆E 或 IF）。 上传图片至 Loupe 可能需要几分钟甚至更长时间。 n. 对于 H&E 图像（如本例中），请选择明场。 img o. 为了获得精确的对齐，必须固定标记。组织边缘和其他结构可以作为良好的标记。
1.1K10编辑于 2025-08-11 - 来自专栏前端杂货铺-Gopal
【前端进阶】深入浅出浏览器事件循环【内附练习题】
| 欧洲 JSConf 2014[1]）后面演示用的 Loupe[2] 也是该演讲者写的（(Loupe是一种可视化工具，可以帮助您了解JavaScript的调用堆栈/事件循环/回调队列如何相互影响)） 如下是一段同步代码的执行 function a() { b(); console.log('a'); } function b() { console.log('b') } a(); 我们通过 Loupe ; }, 5000); console.log("Welcome to loupe."); ? 入栈，直接执行，输出 Hi 执行 setTimeout，异步执行，将其挂载起来 执行 console.log("Welcome to loupe.")， 输出 Welcome to loupe. 5 秒钟后 v=8aGhZQkoFbQ [2] Loupe: http://latentflip.com/loupe/?
1.4K42发布于 2020-10-27 - 来自专栏生信菜鸟团
一文打通10X HD Visium上游：从软件部署到上游分析
HD 的分析流程中，我们主要涉及两款核心软件： Space Ranger：用于在 Linux 命令行中运行，将测序原始数据（FASTQ）转化为空间定位的基因表达矩阵，同时结合显微镜图像进行空间可视化； Loupe 但这个自动匹配的过程并不总是完美，有时会出现如下情况： 部分组织区域未被自动选中 图像背景（HE）与转录本信号前景对不齐 组织芯片样本中多个区域希望独立分析 这时，Loupe Browser 的图像对齐功能就显得尤为重要 我们可以在 Loupe Browser 中： 载入 Space Ranger 生成的 .cloupe 文件 叠加 CytAssist 图像与 HE 图像 手动进行组织区域选择和图像对齐 导出 .json 那么，什么时候应该使用 Loupe Browser 做组织区域选择和对齐呢？ 默认推荐：直接运行 Space Ranger，无需手动干预（大多数切片已能良好对齐） ❗ 必须使用 Loupe Browser 的情况： 有组织区域未被自动识别； 图像前后景对齐明显偏移； 多组织芯片样本中
73010编辑于 2025-04-21 空转上游你可以不做，但不能不会呀！详细演示Visium HD上游公共数据库分析及图像对齐矫正
对此，10X的Loupe Browser提供 Visium HD Manual Alignment工具，允许用户以交互式方式：将组织图像与载片上的定位标记点进行精确对齐；进行更准确的组织区域选择；并将结果导出为 软件下载并安装：https://www.10xgenomics.com/support/software/loupe-browser/downloads 接下来是一些我实测的运行步骤： step1：安装好后打开软件 step3：完成上述步骤之后，如果没有高清显微镜图片，就可以将JSON文件导出，将其传递给SpaceRanger的--loupe-alignment参数，SpaceRanger自动将CytAssist图像与显微镜图像对齐 brightfield.tif \ #明场图片文件,如果指定了cytaimage，此项为可选 --create-bam=false\ #不保存BAM文件 --localcores=16\ #线程数 #由Loupe Browser手动对齐步骤生成的对齐文件 --loupe-alignment=/home/data_analysis/10X空间转录组/spaceranger_data/H1-VBCJVJR-D1-
33310编辑于 2025-12-20- 来自专栏单细胞天地
单细胞数据中到底应该如何处理线粒体基因
Using Cell Ranger and Loupe Cell Browser 质量差的细胞通常有低总UMI计数，很少有上调基因(表明低总基因表达)，而只有MT基因过表达。 这些cluster的条形码可以在输出文件中找到:outs/analysis/clustering/graphclust/cluster.csv 您也可以使用Loupe细胞浏览器下载的非MT丰富细胞。 然后使用“导出”功能在Loupe Cell浏览器如下。 ? 步骤2。使用cellranger reanalyze重新运行二级分析并生成一个新的cloupe文件，不使用MT高表达的barcode。
3.4K31发布于 2020-08-11 - 来自专栏空间转录组数据分析
空转第三节课多样本整合的补充2（python版本）
Options for Visium are A1, B1, C1, D1.loupe-alignmentspaceranger count运行时图片对其有两种方式，一种软件自动识别图片进行对齐，另外一种就是先用 Loupe软件手动对齐，生成对于json文件提供给后面的软件并用loupe-alignment参数指定。
1.2K30编辑于 2023-10-03 - 来自专栏生信喵实验柴
利用cellranger分析单细胞数据
format analysis 数据分析文件夹，里面包括聚类，差异分析，pca 以及 tsne molecule_info.h5 cellranger aggr 整合多样本时用到 cloupe.cloupe Loupe 算法改进 4.3 单细胞亚群分类 t-SNE 图 差异表达基因 饱和度评估 五、Loupe Browser 可视化 前面生成的cloupe.cloupe文件下载到windows 端使用loupe软件可视化。 Loupe Browser 可视化视频教程：https://v.qq.com/x/page/g3330d5jsaq.html 写在最后：有时间我们会努力更新的。
3.5K12编辑于 2022-10-25 - 来自专栏生信探索
空间转录组实战01: SpaceRanger定量
Options for Visium are A1, B1, C1, D1. loupe-alignment spaceranger count运行时图片对其有两种方式，一种软件自动识别图片进行对齐，另外一种就是先用 Loupe软件手动对齐，生成对于json文件提供给后面的软件并用loupe-alignment参数指定。
1.5K20编辑于 2023-03-05 - 来自专栏单细胞天地
sc-ATAC-seq细胞类型注释策略
Annotation Using Cis-Regulatory Elements 使用Loupe cell Browser 3.1.1分析10321个bmmc和9084个CD34+细胞的ATAC-seq 通过将 fragments.tsv.gz 加载到peak viewer并根据每个窗口的cell类型导出剪切站点分布，从而从Loupe中导出特定于cell类型的剪切站点。 ? ? ? A.从Loupe Cell Browser中导出切割位点的序列文件。 第一种策略是使用已知的cell类型标记，这是最简单的，并且可以在Loupe中很容易地显示出来。
2K20发布于 2020-05-29 - 来自专栏作图丫
跟着小鱼头学单细胞测序-如何使用Cell Ranger V6 (一)
Cell Ranger是10X公司专门为单细胞RNA测序数据量身打造的分析软件，能够通过直接读取原始下机测序数据，进行比对，定量，聚类， 可视化以及更多的基因表达相关的下游分析，并且结合配套的浏览平台Loupe /outs/analysis 分子层面信息 （用于cellranger aggr合并样本）: /outs/molecule_info.h5 用于loupe /outs/raw_feature_bc_matrix.h5 构建的aggr CSV文件: /outs/aggregation.csv 用于构建Loupe
3.3K40编辑于 2022-03-29 今日话题----visium图像校准
SpaceRanger自动化的检测往往是无法真正校准区域的位置的，通常需要手动在loupe下人工校准并且划分区域。
31320编辑于 2024-10-30- 来自专栏Visium HD
Visium HD 空间转录组分析探索之--SpaceRanger分析
space-ranger/downloadsVisium HD图像手动对齐导出对齐参数 Space Ranger虽然有自动图像检测算法来确定基准标记的位置并识别组织边界，但是经常结果不是很理想，所以通常需要Loupe cytaimage=/home/data/Visium_HD_Human_Colon_Cancer/images/Visium_HD_Human_Colon_Cancer_tissue_image.btf \ --loupe-alignment
90410编辑于 2025-04-20 - 来自专栏前端小码农
高频面试题：JavaScript事件循环机制解析
function a() { b(); console.log('a'); } function b() { console.log('b') } a(); 我们可以通过使用 Loupe (Loupe是一种可视化工具，可以帮助您了解JavaScript的调用堆栈/事件循环/回调队列如何相互影响)工具来了解上面代码的执行情况。 ; }, 5000); console.log("Welcome to loupe."); [img] 简单用下面的图进行一下总结 [执行栈和事件队列] 宏任务和微任务 为什么要引入微任务，只有一种类型的任务不行么 深入理解js事件循环机制（Node.js篇） 《一文看懂浏览器事件循环》 Loupe 其他 最近发起了一个100天前端进阶计划，主要是深挖每个知识点背后的原理，欢迎关注 微信公众号「牧码的星星
1.9K40发布于 2020-07-16 - 来自专栏生信补给站
单细胞工具箱|Cell Ranger-V6.0 开启单细胞之旅（上）
Molecule-level information used by cellranger aggr to aggregate samples into larger datasets cloupe.cloupe Loupe Browser visualization and analysis file Loupe Cell Browser 输入文件 feature_reference.csv (Feature Barcode
4.2K22发布于 2021-07-22
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