Aspera下载SRA文件

Aspera用法如下： Usage: ascp [参数] 目标文件 保存路径 一、 Aspera下载一个SRA文件

Step 1：建立Seqs文件夹保存下载序列

Step 2：下载SRA文件到Seqs文件夹

Step 2：批量下载sra_list.txt列表中的文件

Aspera的安装

Aspera是一项突破性传输协议，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。 Aspera在Ubuntu环境的安装过程如下：

Step 1： 建立安装文件夹

Step 2： 下载Aspera软件 .tar.gz

Step 4： 安装Aspera

Step 5：测试Aspera是否安装成功

Step 6：将 aspera安装路径加入环境变量

Step 7：使环境变量生效<

aspera下载真的好烦啊

虽然有aspera下载加速措施，但是每次下载至少失败一半！ fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR150/057/SRR15037157/SRR15037157_2.fastq.gz 继续使用脚本 step1-aspera.sh ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh 1>step1-aspera.log 2>&1 & 然后前面失败的文件这次就成功下载了。

详解Linux 下 Aspera 获取 SRA 数据

安装 $ tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz $ . /aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh $ sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra EBI的aspera 命令 含义 ~/.aspera/connect/bin/ascp aspera的可执行文件 -k 1 断点续传 -QT 100M 提高下载速度 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --user anonftp --file-list aspera_download.txt 4.

Aspera下载NCBI和EBI文件

Aspera下载和安装 Aspera下载： http://downloads.asperasoft.com/connect2/。 zxf aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz sh aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.sh echo 'PATH=$ PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ascp --help 软件一般安装在 ~/.aspera/connect/ 目录下 Aspera使用： 使用说明：https://www.internationalgenome.org/faq/how-download-files-using-aspera Aspera 高速下载 NCBI -i 免密从SRA和ENA下载的私钥，为·安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下的asperaweb_id_dsa.openssh 文件。

学员分享-aspera踩坑记录

下面主要说说我的数据下载踩的坑，多亏了张老师的帮助让我从这两天的坑中跳了出来，我是用的aspera软件下载的。 在conda下安装aspera软件 conda install-y-chcc aspera-cli which ascp 找到要下载的数据的BioProject；一般知道它的GEO accession和

windows下使用aspera_vlc windows

官网资源： https://ftp.gnu.org/pub/gnu/libiconv/libiconv-1.16.tar.gz CSDN资源：https://download.csdn.net/download/hhhuang1991/11979866 VS2015配置项目+测试代码

lncRNA组装流程的软件介绍之aspera

下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 Aspera是IBM公司的一款高速传输软件，创造了新一代的传输技术(faspTM)，并能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制，以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据 一、软件安装 使用conda安装 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh # 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 二、aspera的用法 安装完成以后，可以使用ascp ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh 1>step1-aspera.log 2>&1 &

aspera的高速下载确实很快吗

首先需要使用conda安装两个软件（kingfisher和aspera），大家现在可能会倾向于选择mamba来替代conda。 执行conda的安装两个软件（kingfisher和aspera），是如下所示的代码： mamba create -n kingfisher python=3.8 mamba init mamba list /annotate_info.csv 但是，它默认调用aspera的高速下载失败： INFO: Running command: ascp -T -l 300m -P33001 -k 2 -i /home 所以还需要单独再安转一下aspera才能正常使用，kingfisher的官网也有说明，如果要 ena-ascp发挥作用，必须要再单独安装 ASpera： 必须要再单独安装 ASpera 所以其实kingfisher 里面挑选fastq_aspera和fastq_md5这两个关键信息哈，然后就可以输出 TSV文件下载： 挑选fastq_aspera和fastq_md5这两个关键信息 可以自己制作文件名字（fq.txt

aspera曲折下载arrayexpress数据库文件

，文件内容如下： ascp -P33001 -i "C:/aspera/cli/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" --host=fasp.ebi.ac.uk --user=bsaspera --mode=recv "fire/E-MTAB-/948/E-MTAB-11948/Files/Sample4.csv" ./ ascp -P33001 -i "C:/aspera/cli/etc user=bsaspera --mode=recv "fire/E-MTAB-/948/E-MTAB-11948/Files/Sample5.csv" ./ ascp -P33001 -i "C:/aspera 秘钥文件的路径：C:/aspera/cli/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 服务器上的秘钥路径： # 安装了aspera的conda 环境rna conda activate 后面看看为啥aspera为啥下不了吧！

终于轮到aspera高速下载的方式被抛弃了吗

但是陆陆续续有小伙伴告诉我应该是使用aspera从ebi的ena数据库直接下载fastq文件即可，高速而且还少了一个sra文件转为fastq的步骤。 ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh 1>step1-aspera.log 2>&1 & 这个脚本会根据你在EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件，来批量下载fastq测序数据文件。 但是风水轮流转 没想到，也没有过去多少年，就风水轮流转， aspera从ebi的ena数据库这个手段时灵时不灵的。

听说aspera下载会失败，我也解决不了啊

在国内做数据分析本来就不容易，SRA数据库自带的prefetch基本上是形如虚设，下载速度比乌龟快一点点，所以不得不求助IBM的aspera加速器。 这也是我们每次授课都会介绍的各种国内科研数据处理专用小技巧 首先下载软件 老规矩，conda解决一切依赖 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install 一分钟才一两个M 然后使用aspera加速 which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y

在美帝的服务器的prefetch和aspera下载比较

如果你的服务器在中国大陆，基本上就放弃prefetch啦，直接aspera即可。但是如果是在海外，就可以尝试比较prefetch和aspera下载速度。 EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件： 比如一个文章的测序数据项目地址是：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB33490 可以使用conda安装aspera 和prefetch 其中prefetch属于 sra-tools，而aspera属于aspera-cli，都是需要先搜索它们拿到官方下载方式，我已经给大家找好了，如下： # wget https://repo.anaconda.com 64.sh # echo $SHELL conda create -y -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli 最后是aspera， id=fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR344/007/ERR3445007/ERR3445007_1.fastq.gz ascp -QT -l

国内高速下载测序SRA数据

.aspera/. /zouhua/.aspera/config/ # 复制到配置目录cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh /home/zouhua/.aspera /config/配置enaDataGet如果使用Aspera下载数据，则需要配置aspera_settings.ini文件# step1 配置aspera_settings.inicd /disk/share 指定ascp脚本；2.指定密钥；3.设置下载速度[aspera]ASPERA_BIN = /home/zouhua/.aspera/connect/bin/ascpASPERA_PRIVATE_KEY 使用，参数为-a/--aspera，添加此参数则调用aspera。

RNA-seq(2)-1:原始数据下载的几种方法

---- 第1选择--Aspera Connect 如果aspera connect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。 尽量不要用wget或curl下载，速度慢，且有时下载不完全 注意：Aspera>Sratools>ftp ---- 第1选择：Aspera Connect -Aspera connect是IBM的商业化高速文件下载软件 下载直接安装即可，下载链接h Aspera Connect命令行工具-ascp 首先，goto Aspera connect，选择linux版本，复制链接地址（这个需要代理下载） wget http #解压缩 tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz # install bash aspera-connect-3.7.4.147727 -linux-64.sh # check the .aspera directory cd # go to root directory ls -a # if you could see .aspera

Aspera：基因组数据高速下载利器，以NCBI和EBI数据下载为例

我们通常用wget或curl下载文件，然而由于 NCBI 和 EBI 网站都在国外，有时候下载速度非常慢，如果文件特别大，就可能非常难受甚至是不可能完全的任务了，这时可用 aspera 进行高速下载。 安装 Aspera 首先进入aspera 官方网站，找到「IBM Aspera Connect」，进入下载页面，找到对应的版本与平台，这里以 Linux 平台最新的 3.10.0 版本为例进行介绍。 ，运行该脚本，即可完成自动安装 sh ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.sh # 所有安装文件都在~/.aspera/connect目录下 官网：https://www.ibm.com/products/aspera/downloads? list Aspera 使用说明 1：https://www.ibm.com/support/pages/downloading-data-ncbi-command-line#usage Aspera

单细胞+空转分析之数据下载：胎肝中的造血干细胞/多能祖细胞（一）

以单细胞下载为例，我选择简单的 ascp 看看： 点开那个 aspera 旁边的问号，得到 -i 参数的 aspera01.openssh 文件以及下载命令： # https://ngdc.cncb.ac.cn /gsa/browse/CRA002489 ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn /CRA002489 ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489 /CRA002489 ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489 /CRA002489 ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489

使用aspera加速从中国的GSA数据库下载测序文件

我们可以使用aspera加速从中国的GSA数据库下载测序文件。 因为可以页面的看到Aspera命令行： 帮助 信息，如下所示 ： Aspera命令行： 帮助 可以看到这个aspera01.openssh 里面的内容如下所示（未来有可能会更新，所以还是自己下载这个 aspera01.openssh 文件吧 ）： cat aspera01.openssh -----BEGIN RSA PRIVATE KEY----- MIIEogIBAAKCAQEA2ZwvCa5s .openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa-human/HRA003340/HRR798256/HRR798256_r2. .openssh $id . done # mamba activate download # nohup bash step1-aspera.sh 1>step1-aspera.log 2>&1

如果美国政府不让中国使用aspera软件，我们的大文件传输还有哪些选择

大文件传输专业软件领域，行业的标杆是Aspera，Aspera成立于2004年，2013年被IBM收购，主要服务客户分布在媒体、影视制作、生命基因工程、工程等需要大量数据文件交换的行业。 基于fasp传输协议，aspera针对不同的应用场景开发了一系列文件传输应用，比如Aspera Enterprise transfer server/Aspera connect/Aspera sync /Aspera faspex等，这里不一一介绍。 国内很多行业比如影视制作、传媒、电视台都采购了Aspera软件用于大文件数据分发。

CNCB(国家生物信息中心)数据下载流程学习(Anaconda/Aspera/Edge turbo）

同时我们也需要下载安装一下aspera，如果命令行下载失败的话就需要去官网下载 # 可以尝试直接安装conda install -y -c hcc aspera-cli# 如果不行那就直接去官网下载，之后本地安装 (版本替换成下载的)tar xvf ibm-aspera-connect_4.2.12.780_linux_x86_64.tar.gz# 安装asperash ibm-aspera-connect_4.2.12.780 _linux_x86_64.sh# 找到秘钥/home/data/t200558/NPCdata/HRA003340/aspera01.openssh# 手动设置PATHexport PATH=$PATH :/home/data/t200558/.aspera/connect/bin# 找到ascp的保存路径which ascp/home/data/t200558/.aspera/connect/bin/ /bin/ascp -P33001 -i /home/data/t200558/NPCdata/HRA003340/aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01