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交互式查询化学键信息
█ 本文译自 Wolfram|Alpha 化学组开发人员 Jason.Biggs 在 Wolfram 社区发表的文章：Interactively query bond information 最近在S
92630发布于 2018-05-31 - 来自专栏量子化学
用EzReson进行化学键共振分析（6）：实例：吡咯的共振结构
LMO-6~9、11是N/C间的σ键轨道。LMO-10、12~15是N/C-H键的σ键轨道。LMO-16是N原子的孤对电子轨道，LMO-17/18是C-C键的π轨道。
4.2K30发布于 2021-04-07 - 来自专栏智药邦
百度研究成果登《Nature》子刊：利用几何构象提升化合物分子建模效果
另一方面，随着全球迈入老龄化社会，对新药的需求也在逐年增加，到2024年全球医药市场总规模将超过11万亿。与之相反，制药公司每10亿美元投资所获得的上市新药数量却在逐年下降。 图1: GEM的整体框架 基于空间结构的图神经网络 由于化合物的集合结构可以完全被原子－化学键键长－键角确定。GEM提出了一种基于空间结构的图网络，同时对原子－化学键－键角的关系建模空间结构信息。 每个化合物由两个图组成：原子－化学键的图G和化学键－键角的图H。类似于过往的工作，原子－化学键的图G以原子作为图的节点，化学键作为连接原子的边。 而化学键－键角的图H则为首次引入，以化学键作为图的节点，两个化学键所形成的键角为图的边。图神经网络包含多轮迭代，而化学键作为每一轮迭代中图G和图H的桥梁进行信息互通。 描述局部结构的自监督学习任务随机挑选化合物中以某个原子为中心的子图并进行遮盖，预测被遮盖的子图中的化学键的键长和化学键间形成的键角。描述全局结构的自监督学习任务则预估原子距离矩阵中的元素。
67140编辑于 2022-03-04 - 来自专栏DrugOne
Nat. Mach. Intell. | 利用几何构象提升化合物分子建模效果
另一方面，随着全球迈入老龄化社会，对新药的需求也在逐年增加，到2024年全球医药市场总规模将超过11万亿。与之相反，制药公司每10亿美元投资所获得的上市新药数量却在逐年下降。 图1: GEM的整体框架 基于空间结构的图神经网络 由于化合物的集合结构可以完全被原子－化学键键长－键角确定。GEM提出了一种基于空间结构的图网络，同时对原子－化学键－键角的关系建模空间结构信息。 每个化合物由两个图组成：原子－化学键的图G和化学键－键角的图H。类似于过往的工作，原子－化学键的图G以原子作为图的节点，化学键作为连接原子的边。 而化学键－键角的图H则为首次引入，以化学键作为图的节点，两个化学键所形成的键角为图的边。图神经网络包含多轮迭代，而化学键作为每一轮迭代中图G和图H的桥梁进行信息互通。 描述局部结构的自监督学习任务随机挑选化合物中以某个原子为中心的子图并进行遮盖，预测被遮盖的子图中的化学键的键长和化学键间形成的键角。描述全局结构的自监督学习任务则预估原子距离矩阵中的元素。
71210编辑于 2022-03-25 - 来自专栏机器之心
“几何构象增强AI算法”，百度生物计算最新研究成果登上《Nature》子刊
另一方面，随着全球迈入老龄化社会，对新药的需求也在逐年增加，到 2024 年全球医药市场总规模将超过 11 万亿。与之相反，制药公司每 10 亿美元投资所获得的上市新药数量却在逐年下降。 GEM 提出了一种基于空间结构的图网络，同时对原子－化学键－键角的关系建模空间结构信息。每个化合物由两个图组成：原子－化学键的图 G 和化学键－键角的图 H。 类似于过往的工作，原子－化学键的图 G 以原子作为图的节点，化学键作为连接原子的边。而化学键－键角的图 H 则为首次引入，以化学键作为图的节点，两个化学键所形成的键角为图的边。 基于空间结构的自监督学习 为了使模型更好学习到化学空间知识，GEM 不单单只是将几何信息作为输入，更进一步地设计了基于几何信息的学习任务（目标）：预测化学键的长度；预测化学键组成的键角；预测两两原子之间的距离 描述局部结构的自监督学习任务随机挑选化合物中以某个原子为中心的子图并进行遮盖，预测被遮盖的子图中的化学键的键长和化学键间形成的键角。描述全局结构的自监督学习任务则预估原子距离矩阵中的元素。
65930编辑于 2022-03-04 - 来自专栏三流程序员的挣扎
2022-11-11-工作
昨天的控件点击时通过外面，加个 listener。然后如果外部设定当前选中位置，也要刷新一下页面，所以刷新逻辑放到设置 textSelectedIndex 中去。
35330编辑于 2022-11-13 - 来自专栏DrugOne
Nat. Commun. | 通过多任务图表征学习解决单步逆合成预测
该框架包含三个核心部分： 原子特征增强器（AEE）：通过对比学习技术，分析目标分子与其组成部分（合成子）的结构异同 反应中心预测器（RCP）：结合化学键能量等基础知识，准确识别可能发生反应的化学键位置 本研究的主要发现 通过分析化学键的特征分布（基于美国专利商标局的50K和480K化学反应数据集），研究发现： 能量较高（≥360 kJ/mol）的化学键，包括双键（如碳-碳双键、碳-氧双键、碳-氮双键） 研究还发现，即使是看似简单的化学键能量信息也能显著提升系统性能，因为高能量的化学键往往更容易参与反应。 图 3 为了更深入地理解这一规律，研究人员分析了化学键的特征。如图3所示，他们发现： 高能量的化学键（如三重键、芳香键）通常很稳定，不易参与反应。 它成功预测出了将大分子（“10”）分解成更小片段（“11”到“14”）的路径。
42200编辑于 2025-04-19 分析梳理--分子动力学模拟的常规步骤四（Gromacs）
编号名称物理含义备注1Bond键长伸缩能原子间化学键被拉伸或压缩产生的能量。2Angle键角弯折能 三个原子形成的化学键角度变化产生的能量。 3Proper-Dih.正常二面角能沿化学键旋转四个原子时，由特定二面角产生的能量。4Ryckaert-Bell.RB二面角能一种特殊的二面角函数形式，常用于烷烃链。 5LJ-141-4相互作用LJ能相隔三个化学键的原子对之间，范德华作用能量。6Coulomb-141-4相互作用静电能相隔三个化学键的原子对之间，静电作用能量。 11Pressure系统总压力由动能和位力计算得到，是标量压力（各向同性时）。12-20Vir-XX ... 第11项 Pressure (压力)在能量最小化阶段，压力值可以不那么合理（甚至很大），这很正常，因为体系还未平衡。但在NPT平衡时，它必须收敛到目标值（如1 bar）。
46620编辑于 2026-04-21- 来自专栏脑洞前端
每日一荐周刊 2019-11-11 - 2019-11-15
2019-11-15[网站] 有的什么我们需要在 Google Play 上下载软件，但是苦于没有通畅的网络(关于如何获取畅通的网络我在 2019-11-01 讲到，感兴趣可以看看)。 网站地址：https://apkpure.com/ 2019-11-14[技巧] 很多时候我们会看到一些英文的简写。 2019-11-13[技巧] 今天要分享的是关于 Bash 中历史记录那些事。 2019-11-12[技巧] dig 命令是常用的域名查询工具，可以用来测试域名系统工作是否正常。 ~ type dig # dig is /usr/bin/dig 2019-11-11[分享] 今天是双十一，大家剁手快乐。
49410发布于 2019-11-26 - 来自专栏静心物语313的Coding
第 11 节： 11-HttpHandler简介
1、新建--》项目--》选中Web项--》Asp.net空Web应用程序--》右键项目---》添加---》一般处理程序（这样建的网站是最好的方法，没有多余的代码生成） 2、新建--》网站--》Asp.net空网站（这是兼容ASP(VB语言 2000年的技术)开发方式）（不推荐用这种方式） 3、.ashx与ashx.cs文件 1）双击ashx文件会直接打开进入ash.cs文件。 2）类Test1实现了IHttpHandler 接口。IHttpHandler接口中的方法在类Test1中进行了重写（页面加载的过程应该是完成了：Shift+Alt+F10） 3）ashx文件中起作用的就是<....Class="Web.Test1">这个。 4）然后会调用这个Test1类中的方法ProcessRequest(HttpContext context):这个方法主要是处理页面的请求。 5）context.Response设置“响应”“context.Request获取“请求” 6）ashx.cs文件其实还是C#文件。网页逻辑编写。主要是这个文件
63610发布于 2020-03-24 - 来自专栏DrugOne
直接分子构象生成
（2）图一中的分子右侧的嘧啶（由原子12~17组成）应该沿着11-12的碳硫键具有对称性。也就是，如果将原子13、17的坐标对调，同时也对调原子14、16的坐标，分子构象应该保持不变。 网络的每一层包含四个模块，它们工作方式如下：（1）对于每一个化学键，利用它两个端点的原子特征去更新该化学键的特征；（2）对于任意原子，利用和它相邻的化学键去更新原子的特征；（3）利用刚刚更新的原子和化学键特征去更新分子的一个整体表达
1.4K30编辑于 2022-11-28 AI+Drug 文献速递 | YuelBond，一个基于图神经网络的多场景化学键重建通用框架
，创新点在于能在多种复杂场景下准确重建化学键。 该框架基于图神经网络，以原子为节点、化学键为边，通过特定的消息传递机制学习和预测键序。 实验使用GEOM数据集，在三种场景下对模型进行训练和评估：从准确3D原子坐标恢复键序、在有几何扰动的粗新生化合物中重建化学键、对2D拓扑图重新分配键序。 实验在MoleculeNet的11个基准数据集上开展，主要与其他自监督学习模型对比。 11.
63510编辑于 2026-01-08- 来自专栏flytam之深入前端技术栈
leetcode 11
题目大意，给n个点，在一个数轴上。每个点对x轴作垂线，找出由两条垂线和X轴组成的一个“容器”的装的水面积最大。就是两条垂线较小的高度*两垂线高度的面积最大。 1、暴力做法 两两遍历。显然是会超时的 2、思路一 从左到右，找出以每一个点所在的垂线作为较矮的高度时候的最大面积，把每个点的垂线作为最大面积一一比较即可。也就是一个点分别往左扫和往右扫。
44810发布于 2020-01-14 - 来自专栏ops技术分享
openstack（11）
服务需求：在配置 OpenStack 身份认证服务前，必须创建一个数据库及权限授权。
72440发布于 2021-05-06 - 来自专栏网络收集
JavaScript（11）
表1 用于获日期时间的getXxx 方法 说明 getFullYear() 返回一个表示年份的4位数字 getMonth() 返回值是0（一月）到11（十二月）之间的一个整数 getDate
47020编辑于 2022-04-06 - 来自专栏技术杂记
Gin 11
- 16:14:57 | 400 | 1.487198ms | 192.168.56.105 | POST /loginJSON [GIN] 2018/07/11 - 16:15:12 181.733µs | 192.168.56.105 | POST /loginForm [GIN] 2018/07/11 - 16:15:34 | 400 | 368.599µs | | POST /loginForm [GIN] 2018/07/11 - 16:16:17 | 200 | 140.609µs | 192.168.56.105 | POST /loginForm [GIN] 2018/07/11 - 16:18:09 | 400 | 225.385µs | 192.168.56.105 | POST /loginForm of 18 bytes < HTTP/1.1 400 Bad Request < Content-Type: application/json; charset=utf-8 < Date: Wed, 11
75320发布于 2021-08-10 - 来自专栏从小白开始修炼
【C++11】C++11——包装器
function包装器 1.function包装器概念 function包装器也叫做适配器，C++11中的function本质是一个类模板，也是一个包装器。
1K20编辑于 2023-10-15 - 来自专栏萝卜要加油
每日 Hacker New 热点-2025-11-11
程序员们，11 月又在捣鼓啥新项目？ 链接[7] | 评论[8] Hacker News 经典问答帖回归！ 链接[11] | 评论[12] 一篇幽默悼文宣告 XSLT（XML 样式表语言）的“死亡”，称其语法反人类、调试像解谜，早该被 JSON 和现代模板引擎取代。 id=45866224 [5]链接: https://krebsonsecurity.com/2025/11/drilling-down-on-uncle-sams-proposed-tp-link-ban id=45870863 [11]链接: https://xslt.rip/ [12]评论: https://news.ycombinator.com/item? id=45873434 [13]链接: https://heatherburns.tech/2025/11/10/time-to-start-de-appling/ [14]评论: https://news.ycombinator.com
60410编辑于 2025-11-14 - 来自专栏DrugOne
Nat. Commun. | 引导等变扩散驱动的靶标感知三维分子生成
研究人员提出了 DiffGui，一种靶点条件的 E(3)-等变扩散模型，通过引入化学键扩散和性质引导来解决这些问题。原子扩散与化学键扩散的结合能够显式建模两者的相互依赖，从而同时生成原子和键。 消融实验进一步验证了化学键扩散和性质引导模块的重要性。DiffGui 在新药设计与先导化合物优化中均展现出卓越表现，并在实验室实验中获得验证。 它在前向过程中对原子与化学键分别注入噪声，并在反向生成过程中结合分子性质（如结合亲和力、QED、合成可行性、LogP 和极性表面积）进行引导。 该设计既解决了原子与化学键间的一致性问题，也通过性质约束提升了分子的药物样特征。 研究人员提出的 DiffGui 模型通过整合化学键扩散和性质引导，能够同时生成原子与键，并在保证结构合理性的同时，赋予分子期望的药物属性。
50410编辑于 2025-09-02 - 来自专栏智药邦
JCIM｜RJT-RL：一种基于化合物的可逆树表示和深度强化学习的分子设计方法
简要地说，连接树中的节点表示分子图中的一个化学键或一个环[这些化学键和环已经预先从数据库中筛选出来定义好。 如图S1所示，第三行中矩形框表示连接树中的化学键节点（对应分子图中的一个化学键）；圆圈表示连接树中的环节点(对应分子图中的环)；红色圆圈为单原子节点，其被三个化学键节点连接，详细的介绍可以参考原始论文] 类型1边又可细分为三种情况：(1)化学键节点连接单原子节点；(2)两个化学键节点相连；(3)化学键节点和环节点相连。图1A上示例了两个化学键节点相连，图1A下示例了化学键节点和环节点相连。
58530编辑于 2022-11-16
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