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结构分析（4）化合物分子相似性
相似性评估 化合物的指纹对于使用计算机考虑化合物的相似性是必需的。已经提出了各种评估方法，但是最常用的评估方法称为“ Tanimoto系数 ”。 (CC3CCCN3C1)C1=C2C=C(OC)C(OC)=C1 # 3 COC1=CC2=C(C=C1)C1=C(CN3CCCC3C1)C1=C2C=C(OC)C(OC)=C1 # 4
2.4K20发布于 2021-01-29 - 来自专栏DrugScience
超量化合物库筛选策略–P4
上期回顾 超量化合物库筛选策略–P1 超量化合物库筛选策略–P2 超量化合物库筛选策略–P3 具体步骤 5. #1])]=O','[CX4][Cl,Br,I]','[R][Cl,Br,I]','[N;H2;D1;$(N-!@[#6]);! reactants_c = list(combinations(reactants,2)) 注： 可产生的化学反应应该有15种，和我原来所预计的36种有所不同，不应该是直接6*6，更新一下 那么可以获取的潜在化合物最多会有 $(N-C=[O,N,S])]'), ('[CX4][Cl,Br,I]', '[R][Cl,Br,I]'), ('[CX4][Cl,Br,I]', '[N;H2;D1;$(N-!@[#6]);! #1])]=O','[CX4][Cl,Br,I]','[R][Cl,Br,I]','[N;H2;D1;$(N-!@[#6]);!
70010编辑于 2022-05-17 - 来自专栏DrugScience
Rdkit学习-No.4-化合物库的设计-基于BRICS
###BRICS 算法的实现 ###环境： python35 IPython ####解释： >Rdkit提供的一种基于片段分子的键合成新化合物的方法。 2c3ccccc3Oc3ccc(Cl)cc3[C@H]2C1', 'COC1=C(OC)C(=O)C(CCCCCCCCCCO)=C(C)C1=O', 'C[C@]12CC[C@H]3[C@@H](CC=C4C [C@@H](O)CC[C@@]43C)[C@@H]1CCC2=O', 'C[C@]12CC[C@H]3[C@@H](CCC4=C(O)C(=O)CC[C@@]43C)[C@@H]1CCC2=O'] (N)NC32)[C@]2(C)[C@H](C)CC[C@]3(CCC(=O)[C@H]32)[C@@H](C)[C@@H]1O' #查看生成的分子 ``` ####结果： 生成了一个包含10个分子的化合物库
1.5K00发布于 2021-02-04 - 来自专栏生命科学
MCE 化合物 | MedChemExpress
而且，这一化合物能有效阻断水肿的形成，并能显著降低药物处理造成的体内炎症浸润和皮肤病理状况。因此，该拮抗剂具有良好的体内外活性，具有治疗控制不良哮喘的潜力。 [1]. 多个物种均能很好地吸收该化合物，口服剂量为 10-20 mg/kg。 [1].Nara H, et al. 在临床前实验中，该选择性化合物被鉴定为一种可逆的 BTK 共价抑制剂， IC50 为 1.3±0.5 nM。当在 251 个其他激酶的板中进行测试时，也发现它具有很高的选择性。 该化合物抑制 anti-IgM 后，诱导人B细胞增殖(10%血清)和 B 细胞 CD69 表达， IC50 s 分别为 5±2.4 nM和 123±38 nM。
58320编辑于 2023-02-23 - 来自专栏生命科学
“老药新用”化合物库&抗衰老化合物库 | MedChemExpress
MCE 推出的老药新用化合物库（DrugRepurposing Compound Library）不但包括已经上市的临床药物，还包括那些通过了临床 I 期的安全性测试而由于种种原因最后未能成功上市的药物 ，可以为研究者提供更加丰富全面的化合物资源。 目前，针对衰老分子机制的研究方向主要集中在营养代谢和能量摄入等方面，例如氧化反应，自噬，mTOR 信号通路，胰岛素生长因子（IGF-1）, AMPK 信号通路以及长寿蛋白 Sirtuins 等[4]。 PMID:27524412. [4] Expert Opin DrugDiscov. 2017 Sep;12(9):955-966.PMID:28695747.
57230编辑于 2023-02-24 - 来自专栏DrugOne
RDKit：化合物骨架分析
骨架修饰是改变代谢途径、提高代谢稳定性的重要化学结构改造策略之一，通过骨架修饰进行先导化合物优化，能够显著提高先导化合物的代谢稳定性。 药物分子由药效团和结构骨架构成的，由苗头化合物演化为先导化合物，继而通过先导化合物优化成为候选化合物的过程，也是保持药效团、变换分子结构、修饰基因和边链的过程。 骨架修饰包括骨架迁越、成环修饰以及改变环的大小，通过骨架修饰可以改变化合物的母核，调节化合物的理化性质，进而提高代谢稳定性。 由苗头化合物到先导化合物的演化过程，以及先导化合物优化到候选药物，大都涉及了骨架的变换，骨架迁越改变已有活性分子的母体结构，目的有以下几种： （1）将亲脂性的骨架用极性骨架替换，可增加药物的溶解度； （ 2）调整骨架亲水-亲脂的相对程度，可改变药物的分配性； （3）将容易发生代谢作用的骨架用代谢稳定性的毒性低的骨架替换，可以提高药物的稳定性； （4）改善药代动力学性质，药物的毒性或不良反应主要是由于骨架结构所致
2.1K50发布于 2021-02-01 - 来自专栏生命科学
MCE 化合物库 | MedChemExpress
R916562 对于 Axl/VEGF-R2 的 IC50 值分别为 36 nM 和 4 nM。在 MDA-MB-231 人乳腺癌异种移植模型中，R916562 可延迟和抑制肿瘤的生长。 该化合物是 HNE 的第 4 代抑制剂。此外，BAY-678 在大鼠和小鼠中也显示出重要的肺血流动力学和血管作用。
64010编辑于 2023-02-22 - 来自专栏生命科学
MCE 化合物库 | MedChemExpress
R916562 对于 Axl/VEGF-R2 的 IC50 值分别为 36 nM 和 4 nM。在 MDA-MB-231 人乳腺癌异种移植模型中，R916562 可延迟和抑制肿瘤的生长。 该化合物是 HNE 的第 4 代抑制剂。此外，BAY-678 在大鼠和小鼠中也显示出重要的肺血流动力学和血管作用。
33210编辑于 2023-02-24 - 来自专栏生命科学
PROTAC——小分子化合物 | MedChemExpress
传统小分子 PROTAC 全称为 proteolysis-targeting chimeras (蛋白水解靶向嵌合分子)，是一种杂合双功能小分子化合物，由三部分组成：靶蛋白配体、连接子 Linker、和 ■ MCE 可提供的产品与服务 MCE 是全球前沿的科研化学品和生物活性化合物供应商，我们配备强大的技术人才团队和国际先进的设备，对于 PROTAC 产品，我们拥有丰富的研发和生产经验。 Pomalidomide 4'-alkylC5-acid 是一种合成的 E3 连接酶配体-Linker 偶联物，包含基于 Pomalidomide 的 Cereblon 配体和 1个 Linker。 PROTAC-linker Conjugate for PAC PROTAC BRD4 Degrader-5-CO-PEG3-N3 是一种用于 PAC 的 PROTAC-linker 偶联物，包含 BRD4 Cell Biochem Funct. 2019 Jan;37(1):21-30. 4. Pettersson M, Crews CM.
1.1K30编辑于 2023-03-03 - 来自专栏生命科学
铁死亡化合物库 | MedChemExpress
谷胱甘肽是谷胱甘肽过氧化物酶 GPX4 的辅因子，GPX4 是一种抗氧化酶，可以在谷胱甘肽的作用下，中和脂质过氧化物，保护膜的流动性。 当 system Xc- 活性被抑制或 GPX4 活性被抑制时，会造成脂质过氧化，并导致活性氧 ROS 的积累，在铁离子的作用下，细胞会发生铁死亡。 研究发现，某些癌细胞对铁死亡相对比较敏感，一些化合物可以通过增加铁富集和 ROS 压力诱导铁死亡的发生，特异性杀死癌细胞。 为方便科研研究，MCE 铁死亡化合物库，主要包含一些常用的铁死亡诱导剂及抑制剂，化合物主要靶向 GPX4，system Xc-，ROS，DPP4，p53，Nrf2 等与铁死亡密切相关的靶点，可以用于铁死亡机制及相关疾病的研究 NatureNanotechnology, 2016. [4] Wang, W. et al.
51120编辑于 2023-03-03 - 来自专栏生命科学
天然产物化合物库 | MedChemExpress
也几乎是独有的源泉，当时超过 80% 的药物均是原始天然产物或者其类似物；随着有机化学、药物化学、计算机技术等的发展，即使到了人工合成小分子药物占主导地位的今天，以天然产物的母核结构为基础，进行改造或设计新型化合物仍是新药研发的重要手段之一 MCE 天然产物化合物库（Natural Product Library）包含来自植物、动物和微生物的多种内源性物质，如糖类、糖苷类、苯丙素类、黄酮类等，可以为药物研发过程中先导物化合物的发现提供多种有生物活性的母核结构 最近，在天然产物化合物库的基础上，MCE 又推出天然产物化合物库 plus 版本（Natural Product Library Plus）和天然产物类似物化合物库（Natural Product Like 前者在原来天然产物化合物库的基础之上，又添加了部分溶解度不高及理化性质稳定性较低的天然产物；后者则包含多种生物活性已知且与天然产物的母核结构类似的化合物。
66820编辑于 2023-02-28 - 来自专栏生命科学
MCE虚拟筛选化合物库 | MedChemExpress
Discovery Diversity Sets (DDS) 专注于新型化合物结构式，库中收录了近 5 年合成的新型化合物，推荐用于新型化合物的随机筛选。 DDS 库共含有 60,480 个类先导物化合物，包含 DDS 10 (含 10,240 个化合物)和 DDS 50 (含50,240 个化合物)两个化合物库，库中化合物不重叠。 使用 Tanimoto 相似性方法检测 DDS 中的化合物，并与来自 33 个供应商的 1680 W 种市售筛选化合物进行对比。 HLL 库是将250万有库存化合物经MedChemfilters、PAINS等过滤后得到的化合物库，从而保持最高水平的多样性，库中约 2000 化合物超出 RO5 原则，以实现更多的多样性。 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选；也可以在 MCE 虚拟筛选后，选择部分高分化合物组库进行实验验证。
61220编辑于 2023-02-24 虚拟筛选之化合物批量处理
今天我们来完成虚拟筛选的化合物（配体分子）准备。 目前化合物分子存储的主要格式类别格式名称 (扩展名)核心特点与存储内容主要应用场景优点缺点文本序列格式SMILES (.smi 或 .txt)用简短的ASCII字符串表示分子的二维连接信息（原子、键、分支 同时存储原子坐标和连接表，信息完整；.sdf 便于管理化合物库。有V2000（限制999原子）和V3000（支持大数据）版本差异，存在兼容性问题。 4ar 或 aromatic芳香键用于苯环等芳香体系，键级在1和2之间，具有离域特性。5am 或 amide酰胺键特指蛋白质或多肽中连接氨基酸的酰胺/肽键（-CO-NH-）。 O1-HETATM 3 O UNL 1 2.218 -1.702 3.508 1.00 0.00 O HETATM 4
36820编辑于 2026-04-15- 来自专栏DrugOne
RDKit：化合物相似性搜索
化合物相似性 化合物相似性在化学信息学和药物发现中具有悠久的历史，许多计算方法采用相似度测定来鉴定研究的新化合物。 分子相似性是许多虚拟筛选技术的理论基础。 基于分子相似性的虚拟筛选核心是“相似性假设”，这个假设首先由 Johnson 和 Maggiora提出，即结构类似的化合物具有类似的物化性质和生物活性，相似性方法在医药领域极具价值。
1.5K30发布于 2021-01-28 - 来自专栏生命科学
糖尿病化合物库 | MedChemExpress
MCE 糖尿病相关的小分子化合物库，其中的小分子可以调节多个与血糖代谢相关靶点，如 SGLT, PPAR, DPP-4,AMPK, Glucagon Receptor 等，是研究糖尿病发病机制及筛选糖尿病治疗药物的有力工具
40010编辑于 2023-03-01 - 来自专栏生命科学
MCE化合物库-新药研发 | MedChemExpress
化合物库分类选择合适的小分子化合物库不仅能极大的提升筛选效率，同时可以节省筛选时间以及科研费用。面对琳琅满目的产品，该怎么从大量的分子中遴选出可能有效的候选化合物，避免对化合物的盲目筛选呢？ MCE 根据生物医药研究热点，将化合物库分为 100 种，方便您更加迅速准确地选择出适合自己的分子库：根据临床状态分为上市药物化合物库以及临床期化合物库；根据疾病类型分为抗肿瘤化合物库，抗病毒化合物库， 以及抗感染化合物库等；根据信号通路或蛋白家族分为 GPCR 化合物库，表观遗传学化合物库，干细胞化合物库以及凋亡化合物库等；根据产品特性分为可渗透血脑屏障化合物库以及天然产物化合物库等；此外，我们还会根据您的具体需求 发表的部分科研论文：Nat Commun. 2018 Apr 26;9(1):1677.Nat Commun. 2018 Apr 3;9(1):1303.Nat Med. 2017 Apr 7;23(4) :405-408.Cell Rep. 2017 Jul 25;20(4):999-1015.J Med Chem. 2018 Jan 11;61(1):360-371.Sci Rep. 2017 Oct
56810编辑于 2023-02-08 - 来自专栏生命科学
核苷酸类化合物库 & 脂类化合物库参与细胞调控 | MedChemExpress
MCE 核酸类化合物包括一些内源性的核苷及核苷酸物质及其类似物，是研究癌症及抗感染的有用工具。 脂类化合物是脂肪、类脂及其衍生物的总称，其中具有特定生理、药理学作用的化合物称为脂类药物。 脂类化合物是机体内的一类重要物质，参与机体的多种生物进程，如储存能量（如脂肪），组成细胞结构（如磷脂）以及作为活性成分参与信号转导（如激素）等。 MCE 脂类化合物库包括甘油三酸酯、磷脂、鞘脂、类固醇及其结构类似物或衍生物等，为您筛选脂类药物提供了便利。 参考文献 1. Jordheim LP, et al.
39720编辑于 2023-03-01 - 来自专栏生命科学
PROTAC 降解剂化合物库 | MedChemExpress
A1874 A1874 是一种以 nutlin 为基础的、BRD4-降解的 PROTAC，DC50 值为 32 nM (诱导细胞内的 BRD4 降解)。有效抑制多种癌细胞增殖。 该化合物是最开始具有抑制癌细胞增殖活性的 BRD4 靶向 MDM2 的PROTAC。 在体外，A1874 在诱导细胞内 BRD4 降解时的 DC50 值为 32 nM。 BRD4 表达 98%。 BD1)，1.0±0.1 nM (BRD4 BD2)。 BET 蛋白包括 BRD2、BRD3、BRD4 和 BRDT。MZP-55 是 BRD3/4 的选择性降解剂。MZP-55 具有良好的抗 BET 蛋白活性，具有较强的抗肿瘤作用。
44040编辑于 2023-02-27 - 来自专栏DrugOne
RDKit：化合物亚结构（Substructure）搜索
当一个化合物合成出来之后,化学工作者常常关心的是分子中某一部分(如功能团)的有关信息,因而,亚结构(substructure)检索,从某种角度上讲,对于化学工作者来说是最为重要的手段。
2.2K31发布于 2021-01-28 - 来自专栏生命科学
MCE 天然化合物相关库更新
随着科学家的不断探究发现，海洋生物由于其结构的复杂性，将会成为先导化合物的重要来源。海洋化合物中约有 0.1% 的化合物，因为结构新颖，活性显著，具有巨大的药物开发价值。 ，是新药开发中先导化合物的重要来源。 中药单体化合物库700+ 种中草药来源的单体化合物集合，包括黄酮类、多酚类、生物碱、萜类等多种结构类型，具有较高的药用价值，是筛选中药来源药物的有用工具。 抗生素化合物库400+ 种抗生素集合，均来自天然提取或半人工合成，包括青霉素类、头孢菌素类、四环素类、大环内酯类等多种类型。萜类化合物库200+ 个来自天然产物的萜类化合物集合。 酚类化合物库100+ 种酚类天然化合物集合参考文献1. Eric Patridge, etc.
49220编辑于 2023-03-15
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