不会写代码也能做分析？单细胞免疫组库分析保姆级教程，0代码，生信人必看！

好不容易拿到单细胞测序数据，打开文件夹却傻眼了：表达矩阵、TCR、BCR、Barcode……文件不少，但下一步到底该做什么？

查教程，满屏都是 R 代码和 Linux 命令；登录服务器，还要配置环境、安装分析包、核对文件路径。脚本好不容易跑起来，又可能因为一个 Barcode 对不上而报错。对刚接触生信分析的人来说，真正让人头疼的往往不是“看不懂结果”，而是根本不知道如何把分析顺利跑起来。

那么，不熟悉服务器命令，能不能完成一次单细胞免疫组库分析？

这次，我们尝试用 OKClaw 连接天意云服务器，直接用自然语言说明数据位置和分析需求，完成环境检查、TCR/BCR 克隆分析以及单细胞表达数据整合。

如果你已经拿到了单细胞数据，却不知道分析该从哪里开始，这篇实操可以作为一份入门参考。

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本次分析要完成哪些任务？

本次测试计划依次完成以下四项任务：

• 检查服务器资源、Conda 环境和相关 R 包；
• 完成 TCR/BCR 链质控、克隆型定义、克隆扩增及多样性分析；
• 将免疫组库信息与 GEX 表达矩阵整合；
• 汇总分析参数、关键统计、结果图片和输出文件。

测试重点不是比较不同算法的优劣，而是观察这些任务能否通过连续对话顺利推进，以及执行过程和分析结果是否便于检查。

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测试方案与工具准备

为了让本次的分析过程更加高效，本次实测使用的两个工具是OKClaw + 天意云服务器。

OKClaw 和天意云服务器都由东方天意科技有限公司出品。东方天意科技有限公司长期扎根生物信息学领域，因此相关产品在设计上会更贴近生信分析场景。

另外，由于 OKClaw 和天意云服务器来自同一家公司，在连接和使用体验上会更加顺畅，减少一些服务器配置、连接稳定性和环境适配方面的额外问题。

OKClaw

作为任务交互入口，用于理解分析需求、连接远程服务器、协助调用现有环境和脚本，并汇总运行状态及输出结果。

OKClaw官网【https://okclaw.dafoai.com/】

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天意云服务器

作为实际的计算平台，用于存放单细胞数据、R/Conda 环境、分析脚本和结果文件，并提供任务运行所需的计算与存储资源。

天意云官网【https://cloud.dftianyi.com/】

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本次使用的数据已经完成基础处理，天意云服务器中也已配置相应的 Conda/R 环境。接下来先完成 SSH 密钥配置，让 OKClaw 能够安全连接服务器，再正式进入分析环节。

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OKClaw连接天意云服务器教程

本地电脑生成 SSH 密钥对（如果还没有）

在本地终端执行以下内容：

ssh-keygen -t ed25519 -C "你的备注，比如 openclaw-server"

回车接受默认路径（~/.ssh/id_ed25519）

可以设置 passphrase（推荐设置一个密码保护密钥），也可以直接回车留空

生成后会有两个文件：ided25519（私钥）和 ided25519.pub（公钥）

把公钥复制到服务器（推荐使用 ssh-copy-id）

最简单的方式：

在本地终端输入ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_ed25519.pub -p 端口号 账户名@IP地址，

如：ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_ed25519.pub -p 22 root@123.123.123.123

输入服务器 root 密码后，公钥会自动添加到服务器的 ~/.ssh/authorized_keys。

如果 ssh-copy-id 不可用（比如 Windows），手动复制到服务器，按以下操作执行：cat ~/.ssh/id_ed25519.pub # 先查看你的公钥内容ssh root@123.123.123.123 -p 22 # 复制输出的那一行，然后 SSH 登录服务器接着在服务器上执行：mkdir -p ~/.ssh chmod 700 ~/.ssh echo "你的公钥内容粘贴在这里" >> ~/.ssh/authorized_keys chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys

测试免密登录

断开当前连接，在本地直接尝试：ssh root@123.123.123.123 -p 22

让OKClaw链接服务器，输入指令：

帮我连接远程服务器ssh tyu-mn0wyf1o@110.42.12.156 -p 10529【这里可以改成 ssh 账户名@IP地址 -p 端口号 】

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工具和数据准备完成后，接下来正式进入分析流程。

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正式开始：完成单细胞免疫组库分析

分析前，先检查服务器环境

本次测试使用服务器中已经配置好的 Conda 环境，因此先让 OKClaw 检查环境是否可用，以及是否安装了免疫组库分析所需的 R 包。

提示词：

连接远程服务器ssh tyu-mn0wyf1o@110.42.12.156-p 10529，帮我检查/mnt/data/tool/miniconda3/envs/r-4-4-1这个环境是否安装好单细胞免疫组库分析(链质控、克隆型定义、克隆扩增分析、多样性分析)需要用的R包

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完成免疫组库常规分析

环境确认无误后，就可以提交 TCR/BCR 常规分析任务，将 TCR 和 BCR 注释文件的存放路径及分析需求直接发送给 OKClaw，让它调用天意云服务器中的分析环境，完成免疫组库常规分析。

提示词：

数据路径: /mnt/data/home/tyu-mn0wyf1o/vdjv1hs_pbmc3/data/

GEX表达矩阵: filteredfeaturebc_matrix

TCR注释: vdjv1hspbmc3tfilteredcontig_annotations.csv

BCR注释: vdjv1hspbmc3bfilteredcontig_annotations.csv

直接激活环境conda activate r-4-4-1，这个环境已经安装好了单细胞免疫组库分析需要的工具

任务：在服务器上帮我进行链质控、克隆型定义、克隆扩增分析、多样性分析

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完成 GEX 与 TCR/BCR 整合分析

完成免疫组库常规分析后，可以在同一对话中继续提交整合任务。由于前序数据路径、运行环境和输出目录已经存在于当前上下文中，不必从头重新描述整套流程。

提示词：

继续帮我进行分析，做 GEX 表达矩阵与 TCR/BCR 的整合分析

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这次实测体验如何？

完成整个流程后，最明显的变化不是分析软件发生了改变，而是研究人员与服务器的交互方式发生了变化。

从组织命令转向描述任务

传统操作通常需要先想清楚每一条命令的语法，再逐步执行。使用 OKClaw 后，可以先说明数据位置、分析目标、输出要求和操作边界，再由系统协助组织执行步骤。这减少了重复输入命令的工作，但并不意味着可以省略参数审核。

多个分析阶段可以连续推进

环境检查、TCR/BCR 常规分析和 GEX 整合能够在同一上下文中衔接。后续任务可以承接前面的路径、环境和结果，减少反复查找文件及重新说明背景的成本。

运行过程更容易集中检查

环境信息、关键统计、异常原因和输出文件可以在一个对话中汇总。研究人员仍需查看脚本和日志，但不必在多个目录和工具之间频繁切换。

专业判断仍然不可替代

OKClaw 可以协助连接服务器、检查环境、执行脚本、定位异常和整理结果，但实验设计、质控阈值、克隆型定义、细胞注释、统计学判断和生物学解释仍需要研究人员负责。

因此，这套工作方式更适合被理解为“AI 协助执行分析流程”，而不是“AI 自动给出科研结论”。

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结语：AI 更适合做分析助手，而不是结果裁判

本次测试通过 OKClaw 连接天意云服务器，完成了单细胞免疫组库分析，整个过程中，用自然语言描述任务目标和操作边界，并在连续对话中查看运行状态、关键统计和输出文件。

这种方式减少的主要是重复操作和流程管理成本。它能够帮助我们更快地定位环境问题、组织分析步骤和整理结果。

对于服务器操作较多、流程较长、输出文件复杂的生信任务，这种协作方式可以让我们把更多时间投入到分析设计、参数确认和结果解释中。