KS科研分享与服务-TS的美梦

文章/答案/技术大牛

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LV0

发表了文章 2天前2026-06-03 20:03:32

scRNA-hdWGCNA共表达网络分析【3】:模块特征差异分析及模块特征相关性

前期已经完成了hdWGCNA的核心分析（scRNA-hdWGCNA共表达网络分析【1】:（一文掌握）详细讲解教程更新及网络图可视化函数，scRNA-hdWGCN...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2天前2026-06-03 20:03:32

数据、网络、变量、函数、可视化

发表了文章 7天前2026-05-29 14:03:52

scRNA-hdWGCNA共表达网络分析【1】:（一文掌握）详细讲解教程更新及网络图可视化函数

hdWGCNA是用于对scRNA数据进行WGCNA分析的R包，空间转录组数据也可以进行分析。hdWGCNA具有高度模块化的特点，能够在细胞和空间层次结构中构建特...

KS科研分享与服务-TS的美梦 7天前2026-05-29 14:03:52

可视化、数据、网络、函数、教程

发表了文章 11天前2026-05-25 16:35:56

【Nature子刊数据分享】图谱文章还能发，就看您会不会？小鼠下丘脑scRNA详细注释群反应营养、能量代谢的性别差异

今天介绍的这篇文章是2025年发表在《Nature communication》上的单细胞文章。Bean, J.C., Jian, J., Lu, TC. et...

KS科研分享与服务-TS的美梦 11天前2026-05-25 16:35:57

设计、数据、网络、系统、数据分析

发表了文章 25天前2026-05-11 15:08:30

Cellchat版本升级？V3空转细胞通讯分析解读

cellchat更新到V3了？定睛一看，其实不是cellchat版本的更迭，是单独把空转通讯分析单分出来，包的名字是SpatialCellChat。整体的分析流...

KS科研分享与服务-TS的美梦 25天前2026-05-11 15:08:31

数据、网络、chat、函数、可视化

发表了文章 25天前2026-05-11 14:56:54

【已被小伙伴用在文章中了】单细胞scRNA/scATAC之marker基因个性化展示气泡图函数（视频教程）

单细胞ATAC的数据分析内容我们已经开始了，那么scATAC的数据个性化可视化也就是一个重要的内容了。这里我们写了两个函数，关于scRNA和scATAC的mar...

KS科研分享与服务-TS的美梦 25天前2026-05-11 14:56:54

数据、marker、对象、函数、可视化

发表了文章 2026-04-292026-04-29 13:45:19

Bulk RNA/普通转录组也能轻松完成通路活性及转录因子活性推断分析

继续decoupleR的介绍。上一节介绍了对于scRNA的分析，关于通路活性以及TF活性的分析在单细胞上有很多工具，但是不能直接套用在bulk，毕竟bulk样本...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-04-292026-04-29 13:45:19

数据、网络、数据库、ggplot2、函数

发表了文章 2026-04-292026-04-29 13:44:49

decoupleR：一站式scRNA通路活性分析及转录因子活性推断

decoupleR是提供了一套统一框架下的多种计算方法，用于从组学数据中推断和提取生物学活性的R包。能够进行转录组数据通路活性分析以及转录因子活性分析。从通路活...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-04-292026-04-29 13:44:49

集合、可视化、模型、数据、网络

发表了文章 2026-04-152026-04-15 18:55:27

复现升级Cell顶刊：别具风格小提琴图

粉丝留言，是一篇Cell文章的小提琴图，看起来别具一格，虽然我们没有直接做过这幅图，但是从以往的帖子汲取要点切片，就能够实现这个效果。这里主要四个帖子（复现NC...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-04-152026-04-15 18:55:27

数据、图表、cell、size、函数

发表了文章 2026-04-022026-04-02 13:09:29

基于cellphonedb的单细胞互作弦图+受配体表达量【一键函数】

前一期发布了关于cellchat结果的可视化复线（circlize系列（六）：复现Science单细胞互作弦图添加受配体表达量（基于cellchat分析结果））...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-04-022026-04-02 13:09:29

工具、公众号、函数、可视化、数据

发表了文章 2026-04-022026-04-02 13:07:59

AI模型知道Seurat包AggregateExpression/AverageExpression的这个小坑吗？

以前还真没有注意，主要是没有遇到上，使用Seurat包AggregateExpression/AverageExpression函数计算基因平均表达量的时候，发...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-04-022026-04-02 13:07:59

模型、data、函数

发表了文章 2026-04-022026-04-02 13:07:08

circlize系列（六）：复现Science单细胞互作弦图添加受配体表达量（基于cellchat分析结果）

circlize作图比较麻烦的地方在于代码很长，如果切换数据修改的内容比较繁琐。所以将这个过程包装为一个函数，方便使用，当然更个性化的展示需要自己往里面添加参数...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-04-022026-04-02 13:07:08

排序、数据、索引、com、函数

发表了文章 2026-04-022026-04-02 13:05:07

ggtrace在ggplot2画图时加描边【单细胞降维图+火山图+曲线图演示】

我们之前介绍过单细胞UMAP的一种修饰（ggplot修饰单细胞降维聚类图+scpubr包作图）。这里介绍ggplot2做图添加描边的普遍方式---ggtrace...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-04-022026-04-02 13:05:07

ggplot2、size、函数、数据、aes

发表了文章 2026-04-022026-04-02 13:04:01

【一步到位】统一空转visium以及scRNA单细胞seurat转h5ad

之前介绍过空转h5ad转seurat的操作（空转python版【2】：visium空转h5ad数据转化为seurat测试）。类似于scRNA一样，小伙伴对于空转...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-04-022026-04-02 13:04:01

测试、对象、函数、数据、spatial

发表了文章 2026-04-022026-04-02 13:03:00

视频教程-纯代码复现nature/cell大型网络图并标注模块基因

致谢：首先感谢ChatGPT pro对我函数无数次的测试及修正！最终促成了这个内容！

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布局、函数、可视化、网络、cell

发表了文章 2026-03-102026-03-10 12:05:51

Cellphonedb单细胞互作分析数据库更新及自定义

我们之前说了cellchat的数据库更新。很显然，我们也会感兴趣，能不能更新cellphonedb的数据库，或者说将cellchat受配体添加入cpdb。当然是...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-03-102026-03-10 12:05:52

测试、函数、视频、数据库、input

发表了文章 2026-03-052026-03-05 15:55:03

SPATA2【2】之visium HD空转分析及与seurat互联

SPATA2是一款综合性的空间转录组分析工具，能够分析主流的slide、visium以及visium HD数据。我们此前已经介绍过SPATA2对于visium数...

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工具、教程、数据、object、spatial

发表了文章 2026-01-222026-01-22 13:49:28

听说infercnv不更新了？好在还能用！

听说infercnv不更新了，所以上一期介绍了一款新的CNV分析工具（听名字就很快的单细胞CNV分析之fastCNV（谢绝运行时间焦虑））。infercnv是非...

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data、plot、txt、工具、函数

发表了文章 2026-01-132026-01-13 13:55:26

【KS科研课程合集】单细胞转录组代谢相关分析

VIP打包合集有什么（【新年快乐！】KS生信科研课程：微信VIP打包合集），有很多，你想要的可能都在，不在的可以提需求，尽力满足。也有一生的相伴（KS生信科研课...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-01-132026-01-13 13:55:27

教程、可视化、打包、微信、函数

发表了文章 2026-01-132026-01-13 13:33:24

cell2location空转反卷积分析流程测试详解

cell2location是一款非常流行的用于空转反卷积的基于python的库。文章发表在Kleshchevnikov, V., Shmatko, A., Da...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-01-132026-01-13 13:33:24

cell、测试、可视化、模型、数据

发表了文章 2026-01-132026-01-13 13:33:04

visium HD多样本去批次及sketch下采样分析【scanpy+spatialdata】

前面我们介绍了python版visium HD空转数据的分析，scanpy+spatialdata策略（10X空转visium HD多样本分析策略二【scanp...

KS科研分享与服务-TS的美梦 2026-01-132026-01-13 13:33:05

nat、crc、image、sketch、数据

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KS科研分享与服务公众号，分享组学分析及可视化，专业单细胞转录组、空间转录组分析及个性化做图等
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浙江大学
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加入社区时间：2021-12-08

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