数据挖掘—使用new.env()解决多个RData文件中变量名称冲突的问题

最近在整理一个生信项目时，学到了一个技巧：使用new.env()创建独立环境，解决加载多个RData文件时变量名称重复的问题。

数据挖掘—DESeq2差异基因分析将部分基因padj设置为NA

最近在分析一个实验室做的转录组测序数据，直接从上游测序公司定量好的count矩阵开始下游的分析。首先，这个上游数据定量是有问题的，其与参考基因组的比对率只有18...

分子对接—蛋白和小分子对接结果自动可视化

之前写过一篇帖子，记录了如何获取蛋白和小分子的分子结构，以及使用autodock进行分子对接。详情见分子对接—蛋白分子和小分子配体，其实后面的第4步：导入pym...

数据挖掘—GPL17586探针ID与Gene名转换

好久没有做GEO数据挖掘了，这次又碰到了非常规的芯片平台GPL17586。这些芯片其实之前都做过许多次，但是一直没有怎么总结过，导致每次遇到都要重新整理，写一遍...

数据挖掘—使用MetaboAnalys进行代谢组分析及本地代码优化

Hello，大家好，好久不见。已经好久没写帖子记录了，不知道AI迅猛发展的今天还有没有必要记录一些代码什么的。毕竟和我目前使用的GPT-5.6 Sol相比，我两...

数据挖掘—使用seqkit验证SSR位点引物

在Github中下载文件夹的实现方法

GitHub 本身不支持直接下载单个文件夹，但可以采用多种方法实现，这里记录一种使用在线工具的方法直接下载

单细胞测序—Copykat抽样以及结果映射

单细胞测序—Copykat以及服务器Rstudio运行长脚本的解决方案

这样放在后台执行，就不会因终端与服务器断开导致程序运行失败了，所以这样才是服务器Rstudio运行长脚本的合理解决方案。以后跑拟时序，cca等耗时长的步骤都需要...

动植物源性鉴定—用DNA 条形码 + 成分特异 PCR判断配方中是否含有指定物种来源成分

可以用PCR的方法检测某复方或者中药制品是否含有某种物质，这里初步记录下如何进行引物设计等

数据挖掘—KEGG通路图绘制和通路图标注上下调基因

在做差异基因分析后，使用差异基因做KEGG富集时候，常常需要绘制某些KEGG通路图以及在通路图上标注上下调基因，这里我包装了个函数来快速的进行绘制

数据挖掘—GPL5175探针注释处理

GPL5175，并无明显的symbol列，需要从gene_assignment列中提取对应的基因名

服务器设置代理网络的方法及VSCode连接不上服务器的解决方案探索（服务器无外网场景）

空间转录组（1）—输入文件说明及数据读取

JASPAR分析转录因子与某基因启动子的结合位点及MUT位点

最近实验室有个分析需求，要求用JASPAR数据库预测转录因子Sox18与Itch 结合位点（物种：小鼠），需要Itch的启动子区域以及突变后的序列。

数据挖掘—植物物种鉴定及引物设计

top hit是：Apodanthera（葫芦科），Halosicyos（葫芦科），Doyerea（葫芦科），Cucurbita（南瓜属）

单细胞测序—标准分析流程(4)—GSEA与GSVA

接着单细胞测序—标准流程代码（3）—marker 基因富集分析_差异基因,继续分析

GEO数据挖掘—处理Affymetrix的表达量芯片的cel文件2

近几个月的工作主要在空间转录组、实验室项目方面，已经很久没做基础的GEO数据挖掘了，都感觉有些陌生了。

数据挖掘—UCSC中获取某基因的启动子序列及基因结构剖析

最近遇到实验室的一个需求：CHIP-PCR验证某转录因子与JAK1、JAK2基因的启动子序列是否结合，并使用NCBI primer blast设计特异性引物。前...