BioMag Plus ConA磁珠通过将Con A共价偶联至磁性微球表面,实现了快速、高回收率的糖基化分子富集,同时也可用于细胞核捕获以及CUT&RUN、CUT&Tag等实验流程。 在表观遗传研究领域,ConA磁珠能够高效捕获细胞及细胞核,因此成为CUT&RUN、CUT&Tag以及相关染色质分析流程中的常用工具。相较传统ChIP流程,其能够降低背景噪声,并减少样本需求量。 主要用于糖蛋白、多糖以及糖肽富集,同时也能够用于细胞核捕获以及CUT&RUN、CUT&Tag等表观遗传实验流程。Q2:为什么实验体系必须加入Ca²⁺和Mn²⁺? Q3:可以用于CUT&RUN实验吗?可以。ConA磁珠能够高效结合通透细胞及细胞核,因此已被广泛应用于CUT&RUN相关流程。Q4:适用于哪些样本? polysciences-microspheres/86057-3.shtml关于技术来源本文基于刀豆蛋白A磁珠、BioMag Plus Concanavalin A、Con A磁珠、糖蛋白/多糖富集磁珠、CUT
摘要随着表观基因组研究持续发展,CUT&RUN与CUT&Tag技术逐渐成为染色质分析和DNA结合位点检测的重要研究工具。 关键词:CUT&RUN、CUT&Tag、ConA磁珠、刀豆蛋白A磁珠、BioMagPlusConcanavalinA、CUT&RUN磁珠、CUT&Tag磁珠、糖蛋白磁珠、表观遗传研究一、ConA磁珠在CUT 除了糖蛋白及聚糖富集研究外,该产品还能够用于通透细胞以及细胞核捕获,因此适用于CUT&RUN和CUT&Tag等表观基因组分析流程。 四、CUT&RUN与CUT&Tag相关应用场景ConA磁珠除用于表观基因组研究外,还可应用于多个研究方向。 七、常见问题(FAQ)为什么CUT&RUN实验中常使用ConA磁珠?ConA能够有效结合通透细胞以及细胞核,因此在CUT&RUN与CUT&Tag实验中可帮助提高样本固定和后续操作稳定性。
在ImmGen 的Chromatin模块,不同组织不同免疫细胞发育阶段或刺激后的开放染色质区域ATAC-seq数据、组蛋白修饰CUT&RUN以及转录因子分析。
2017年,美国Fred Hutchinson癌症研究中心的Steven Henikoff团队基于ChIC技术开发了CUT&RUN(Cleavage Under Targets and Release 其原理与CUT&RUN类似,首先通过刀豆蛋白A包被的磁珠(ConA beads)吸附细胞(与细胞膜上的糖蛋白结合),通过洋地黄皂苷在细胞膜上“打孔”,在抗体引导下,转座酶精准靶向目的蛋白。 02 CUT&Tag数据展示 Henikoff等通过传统ChIP-Seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法对K562细胞中组蛋白修饰H3K27me3进行研究,结果显示,在相同的数据量(8M Reads
DiffChIPL 在真正的 ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag 和 ATAC-seq 数据集上也表现良好。
SEAseq是一个用来分析Chip-seq/CUT&RUN的数据库 以上就是,这个月的在线数据库了。有需要的,后台回复 2203 哈。
该工作在K562细胞中验证了FitCUT&RUN的有效性和可靠性,且相较于CUT&RUN、FLAG-CUT&RUN、ChIP-seq具有更高的检测灵敏度,适合于胚胎发育早期的研究。
最近课题有用到Cut&Tag和Cut&Run,所以这周推文想分享一下Cut&Run上游分析。
❝今天来分享一个曾老师分享给我的,近期发表的 single-cell CUT&Tag (sciCUT&Tag) 技术,前一段时间我还在分析Cut&Tag和Cut&Run的数据,转眼就有新的技术更新了,仍然还是
SEACR call Peak SEACR(用于 CUT&RUN 的稀疏富集分析工具包)专为从染色质分析数据中识别峰值和富集区域而设计。
可迁移至其他NGS技术 本研究的推荐策略可广泛适用于产生类ChIP-seq覆盖信号的多种NGS技术: DNase-seq、MNase-seq、FAIRE-seq DamID-seq、CUT&RUN 差异
直接结合证据:CUT&RUN实验证实nATF6α直接结合于FBP1启动子区域;ATAC-seq显示FBP1位点染色质可及性降低,提示表观遗传沉默。
数据表格 数据资源 获取方式 WGS, RNA, and H3K27me3 CUT&RUN sequencing data Deposited on the NCBI Gene Expression Omnibus SRR27620041-27620042 Bulk RNA-seq data Can be accessed from Sequence Read Archive: SRR27027798-28027803 CUT