问创建多个配置文件？

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关于snakemake和使用多个配置文件的快速问题。

我正在为基因组preProcessing创建一个相当大的管道，其想法是它是用户友好的，并且在用户能力方面是最小的公分母。

因此，不允许用户在主配置文件中定义某些工具使用的线程。我想实现snakemake的"workflow.cores * percentage“功能，也就是说，我可以为每个工具指定总内核的百分比(在命令行中使用--cores #定义)。

这使事情变得简单，并且不会使用户与主配置文件中的所有选项混淆。但我仍然希望允许用户微调线程的数量，如果他们愿意的话。我的想法是，我有一个没有线程号的主配置文件，以及一个有线程号的第二个配置文件。

如果用户决定要使用他们自己确定的线程数，他们只需(在主配置中)在关键字中提供一个肯定的，类似于: manualThreadChoice："yes“

并且在Snakefile中有一个简单的if语句，如果manualThreadChoice是肯定的，则相应地将线程数提供给相应的规则，否则只使用自动定义的线程百分比。

根据这个关于生物恒星的问题：https://github.com/yanailab/celseq2/issues/33

现在可以定义多个配置文件。

请参阅注释：

“感谢您报告这个问题。这是因为snakemake更新了他们现在支持多个配置文件的API。根据他们的日志，配置文件被更改为配置文件。请参阅: snakemake/snakemake@23624ee#diff-88e96378bf2405c8a8f8ac971519039e.”

所以不用调用配置文件

configfile: "path/to/config.yaml"

我们可以使用：

configfiles: 

我的问题是，我们是否提供两个单独的路径作为文件列表的一部分：

configfiles: ["path/to/config1.yaml", "path/to/config2.yaml"]

然后我们如何从不同的配置中访问密钥。由于使用单个配置文件，我们将使用：

config['key']

我尝试使用索引来访问不同的配置文件：

config[0]['key']

但这不管用。

我使用的是Snakemake 5.7.0，我相信它是一个具有多个配置文件功能的版本。