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问如何修改代码从外部获取查询并将结果保存到外部
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Stack Overflow用户

提问于 2016-08-14 17:27:30

回答 1查看 32关注 0票数 0

我有一个代码，看起来像这样

require 'net/http'

base = 'www.uniprot.org'
tool = 'mapping'
params = {
  'from' => 'ACC+ID', 'to' => 'P_ENTREZGENEID', 'format' => 'tab',
  'query' => 'A0A0K3AVS5 A0A0K3AVV4 A0A0K3AW32 A0A0K3AWP0'
}

http = Net::HTTP.new base
$stderr.puts "Submitting...\n";
response = http.request_post '/' + tool + '/',
  params.keys.map {|key| key + '=' + params[key]}.join('&')

loc = nil
while response.code == '302'
  loc = response['Location']
  response = http.request_get loc
end

while loc
  wait = response['Retry-After'] or break
  $stderr.puts "Waiting (#{wait})...\n";
  sleep wait.to_i
  response = http.request_get loc
end

response.value # raises http error if not 2xx
puts response.body

这就给了我所需要的。然而，我有两个问题

1-如何加载查询列表，而不是解析成代码？假设我保存了一个txt文件，其中包含我想要的所有查询到mac的桌面

2-如何导出输出？

如果我有

B2D6P1
G5EC52
B2FDA8-2
B2MZB1
B3CJ34
B3CKG1
B3GWA1

@tadman展示的内容给了我答案，但我有以下几点

B2D6P1
G5EC52;B2D6P4
B2FDA8-2;B2FDA8
B2MZB1;P18834
B3CJ34
B3CKG1
B3GWA1;Q8I7K5

答案是这样的

B2D6P1  rmd-2
G5EC52  tlf-1
B2D6P4  tlf-1
B2FDA8  smc-3
B2MZB1  col-14
P18834  col-14
B3CJ34  gcn-1
B3CKG1  urm-1
B3GWA1  nono-1
Q8I7K5  nono-1

我想要的是，如果我在每一行中有两个条目(用；分隔)，导致类似的输出，它只给我一个，否则给我他们拥有的所有条目。例如，在上面的例子中，我想要的输出是

B2D6P1                rmd-2
G5EC52;B2D6P4         tlf-1
B2FDA8-2;B2FDA8       smc-3
B2MZB1;P18834         col-14
B3CJ34                gcn-1
B3CKG1                urm-1
B3GWA1;Q8I7K5         nono-1

这是可能的吗？

ruby

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2016-08-14 18:33:43

正在读取查询数据：

query = File.readlines('ids.txt').map(&:chomp).join(' ')

这样，您可以将它们放在单独的行中，更容易编辑，并且在提交时它们是空格分隔的。

这使得你的params看起来像：

params = {
  'query' => query,
  ...
}

写入数据：

File.open('output.txt', 'w') do |f|
  f.write(response.body)
end

非那样做不行。如果它是字符串，或者可以转换为字符串，则可以将其写入文件。

票数 1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/38940863

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