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问如何安装pybel以便我的python环境能够识别它？
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Ask Ubuntu用户

提问于 2015-05-16 03:33:35

回答 2查看 7.1K关注 0票数 6

在化学堆栈交换上，我问了一个关于Open和Python一起使用的问题。

问题是，我提供的答案(由提供)要求Python能够导入Pybel模块。

我已经通过两种方式在这台PC上安装了Open，APT和源代码。当我意识到pybel不适合Python使用之后，我删除了我的APT安装，我决定使用Python绑定从源代码中安装。

为此，我遵循了本指南，并将最终命令定制为(从~/build运行)。

cmake ../openbabel-2.3.2 -DBUILD_GUI=ON -DPYTHON_BINDINGS=ON

给出了输出：

-- Using included inchi library.
-- Found wxWidgets: TRUE  
-- Cairo found. PNG output will be supported.
-- Attempting to build the GUI
--    wxWidgets found => GUI will be built
CMake Warning (dev) at test/CMakeLists.txt:171 (include):
  Syntax Warning in cmake code at

    /home/fusion809/Downloads/openbabel-2.3.2/cmake/modules/UsePythonTest.cmake:54:14

  Argument not separated from preceding token by whitespace.
This warning is for project developers.  Use -Wno-dev to suppress it.

CMake Warning (dev) at test/CMakeLists.txt:171 (include):
  Syntax Warning in cmake code at

    /home/fusion809/Downloads/openbabel-2.3.2/cmake/modules/UsePythonTest.cmake:54:31

  Argument not separated from preceding token by whitespace.
This warning is for project developers.  Use -Wno-dev to suppress it.

CMake Warning (dev) at test/CMakeLists.txt:171 (include):
  Syntax Warning in cmake code at

    /home/fusion809/Downloads/openbabel-2.3.2/cmake/modules/UsePythonTest.cmake:57:25

  Argument not separated from preceding token by whitespace.
This warning is for project developers.  Use -Wno-dev to suppress it.

CMake Warning (dev) at test/CMakeLists.txt:171 (include):
  Syntax Warning in cmake code at

    /home/fusion809/Downloads/openbabel-2.3.2/cmake/modules/UsePythonTest.cmake:57:39

  Argument not separated from preceding token by whitespace.
This warning is for project developers.  Use -Wno-dev to suppress it.

-- Python bindings will be compiled
-- Could NOT find Ruby (missing:  RUBY_INCLUDE_DIR RUBY_LIBRARY RUBY_CONFIG_INCLUDE_DIR) (found version "2.1.0")
-- Ruby library files NOT found. Ruby bindings will NOT be compiled.
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /home/fusion809/build

但是，我应该提到，当我第一次编译Open时，我忘记了将-DBUILD_GUI & -DPYTHON_BINDINGS命令添加到cmake行中，所以我必须在最初编译该软件之后运行这个新的cmake命令。这有什么区别吗？我应该删除Open并重新编译吗？如果是这样的话，我是否必须删除/usr/目录中的一些文件(如果是的话，请提到它们，因为我不知道哪些文件)？如果相关，我在第32位15.04。

编辑

我删除了构建目录的内容&再次启动，在cmake命令之后运行：

make
sudo make install
export PYTHONPATH=/usr/local/lib:$PYTHONPATH

在我收到的输出的末尾是这两行：

-- Up-to-date: /usr/local/lib/openbabel.py
-- Up-to-date: /usr/local/lib/pybel.py

在Python终端中，我运行了import openbabel和import pybel，它给出了输出：ImportError: No module named ...，其中...是openbabel还是pybel，这取决于执行了哪些命令，因此我怀疑这是Python安装端的一个问题。

openbabel

python

cmake

回答 2

Ask Ubuntu用户

回答已采纳

发布于 2015-05-16 12:24:30

没有python-openbabel：

% python
Python 2.7.9 (default, Apr  2 2015, 15:33:21) 
[GCC 4.9.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import openbabel
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named openbabel
>>>

% python
Python 2.7.9 (default, Apr  2 2015, 15:33:21) 
[GCC 4.9.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pybel
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named pybel
>>>

安装python-openbabel：

sudo apt-get install python-openbabel

检查：

% python  
Python 2.7.9 (default, Apr  2 2015, 15:33:21) 
[GCC 4.9.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import openbabel
>>>

% python                     
Python 2.7.9 (default, Apr  2 2015, 15:33:21) 
[GCC 4.9.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pybel
>>>

票数 3

Ask Ubuntu用户

发布于 2015-12-16 12:10:29

我也遇到了同样的问题，发现我使用的是python发行版(Anaconda)，而不是原来的版本(由Ubuntu提供的)。下面是一个潜在的解决办法(如果是这样的话)。

在使用After安装python之后，使用系统提供的python(在我的例子中是/usr/bin/python)检查它。您应该能够进口openbabel：

% /usr/bin/python
Python 2.7.6 (default, Jun 22 2015, 17:58:13) 
[GCC 4.8.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import openbabel
>>>

我试着使用Anaconda提供的easy_install安装openbabel & pybel，但没有成功。然后，我将*openbabel*和*pybel*文件在/usr/lib/python2.7/dist-packages/中复制到PYTHONPATH看到的文件夹中，并且运行良好。如果有人有更好(更干净)的方式让Anaconda使用为系统提供的python安装的软件包，我会很感激。

(我想对答案发表评论，但由于缺乏声誉，我不能)

票数 1

页面原文内容由Ask Ubuntu提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://askubuntu.com/questions/624310

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