问任何语言的SDF (化学表格文件)解析器
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Software Recommendation用户

提问于 2016-07-12 20:28:03

回答 1查看 114关注 0票数 1

我希望解析一个大型.sdf文件并将其放入CSV中。

我唯一能找到的解析.sdf文件的软件是OpenBabel的Pybel，但是它不会正确地安装在我的El Capitan上，无论是python2.7还是3.+ (这是一个悬而未决的问题，有希望在下一个版本中修复)。

还有其他语言/OSS可以轻松地解析这个文件吗？同样，如果没有，是否有一个推荐的操作系统，我可以使用VirtualBox来轻松地运行OpenBabel/Pybel？

csv

parser

回答 1

Software Recommendation用户

发布于 2016-07-12 21:26:11

OpenEyes库支持从MOD文件中读取和写入.csv文件，当然，您可以看到这里以及大量其他文件。

#!/usr/bin/env python
from openeye.oechem import *

ifs = oemolistream()
ofs = oemolostream()

ifs.SetFormat(OEFormat_SDF)
ofs.SetFormat(OEFormat_CSV)

for mol in ifs.GetOEGraphMols():
    OEWriteMolecule(ofs, mol)

在设置虚拟env时遵循建议可能是个好主意。

票数 1

页面原文内容由Software Recommendation提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://softwarerecs.stackexchange.com/questions/34612

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