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问重定向命令输出时不计算变量的Bash
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Stack Overflow用户

提问于 2019-06-07 19:32:12

回答 1查看 56关注 0票数 0

我想要一个shell脚本来处理许多输入文件。我使用变量作为输入名称和重命名中间文件。无法将输出重定向到文件名。

shell脚本的运行方式如下：

./trim_pair_align_ab1.sh 116102 128861

脚本可以正确地回显变量(第15和第16行)，它们与期望匹配。

./temp/45739_1_PET22-001_116102_00_trim.fastq
./temp/45739_1_PET22-001_116102_00_trim.fasta

当命令重定向输出时，它无法计算文件名

line 17: temp/$(echo $f|sed 's/_trim.fastq/_trim.fasta/'): No such file or directory

8 for f in *.fastq
9 do
10 seqtk trimfq -q 0.05 $f > ./temp/$(echo $f|sed 's/.fastq/_trim.fastq/')
11 done
12 
13 for f in `eval ls ./temp/*$1*_trim.fastq`;
14 do
15 echo $f
16 echo $(echo $f|sed 's/_trim.fastq/_trim.fasta/')
17 seqtk seq -A $f > ./temp/$(echo $f|sed 's/_trim.fastq/_trim.fasta/')
18 done

为什么输出重定向到第10行而不是第17行？什么使第17行成为文字而不是评估？

bash

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2019-06-07 20:22:46

命令替换正在展开；shell只是打印给它的代码，而不是该扩展的结果。对于真正的问题，你会想要看得更远。

仔细查看您的echo，显示命令替换的结果：

./temp/45739_1_PET22-001_116102_00_trim.fasta

它已经有了的./temp前缀。

当您在重定向(>./temp/$(...))中添加第二个这样的前缀时，您的代码将尝试在./temp/temp/中创建一个文件。这个目录不存在，所以您会得到一个错误。

尽管如此，更好的实现方式如下：

for f in ./temp/*"$1"*_trim.fastq; do
  seqtk seq -A "$f" >"${f%.fastq}.fasta"
done

票数 2

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/56500273

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