问每个基因的Fisher精确检验
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Stack Overflow用户

提问于 2018-12-10 13:33:33

回答 1查看 219关注 0票数 0

我想做几个基因的rna seq数据，测试在控制和治疗。要实现fisher.test，我需要一个针对每个基因的应急表，有没有办法在R中实现这一点，而不是为每个基因计算一个应急表？我是新来的，所以任何建议都是有帮助的。

我有计数数据和样本信息数据，

                control1 treated1 control2 treat2 control3 treat3
ENSG00000000003        723        486        904        445       1170       1097  
ENSG00000000005          0          0          0          0          0          0 
ENSG00000000419        467        523        616        371        582        781

ENSG基因在哪里

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2018-12-10 14:13:30

阅读您的数据：

dd <- read.table(header=TRUE,text="
              control1 treated1 control2 treat2 control3 treat3
ENSG00000000003        723        486        904        445       1170       1097  
ENSG00000000005          0          0          0          0          0          0 
ENSG00000000419        467        523        616        371        582        781 
")

运行带有一些安全措施的for循环：

results <- list()
for (i in 1:nrow(dd)) {
    m <- matrix(unlist(dd[i,]),nrow=2)
    if (any(m>0)) {
       results[[i]] <- fisher.test(m)
    } else {
        results[[i]] <- NA
    }
}
names(results) <- rownames(dd)

票数 1

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/53706784

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