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问将日志重定向到Pybel中的文件？
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Stack Overflow用户

提问于 2018-06-21 22:53:52

回答 1查看 90关注 0票数 2

与this post类似，但我不想更改日志级别，而是将所有日志信息重定向到一个文件中。我相信有关的API调用是：

pybel.ob.obErrorLog.SetOutputStream()

或者：

pybel.ob.OBMessageHandler().SetOutputStream()

但是SetOutputStream()方法只接受std::ostream *类型的对象，而不是Python，例如open('/path/to/log.txt', 'w')或sys.stdout。

以下是我尝试过的几件事：

from openbabel import openbabel
import io
import sys

obHandler = openbabel.OBMessageHandler()
obHandler.SetOutputStream(io.BytesIO())
##Out: TypeError: in method 'OBMessageHandler_SetOutputStream', argument 2 of type 'std::ostream *'

obHandler.SetOutputStream(sys.stderr)
##Out: TypeError: in method 'OBMessageHandler_SetOutputStream', argument 2 of type 'std::ostream *'

with open("test.out", "w") as fd:
    obHandler.SetOutputStream(fd)
##Out: TypeError: in method 'OBMessageHandler_SetOutputStream', argument 2 of type 'std::ostream *'

TL;DR:是否有合理的方法将日志信息定向到PyBel中的文件？

python-3.x

logging

openbabel

pybel

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2022-08-10 16:16:58

解决此错误的一种方法是捕获标准错误流。

不幸的是，不能将标准错误直接重定向到IOStream，因为OpenBabel是在底层C标准错误上操作，而不知道是Python。

但是，多亏了this Stack Overflow answer，实际上可以将底层错误流捕获为字符串。

在加载/导入OutputGrabber类后，您可以捕获输出如下：

import sys
from openbabel import openbabel
obConversion = openbabel.OBConversion()
obConversion.SetInFormat("sdf")
mol = openbabel.OBMol()

out = OutputGrabber(sys.stderr)
with out:
    success = obConversion.ReadString(mol, "INVALID\n\n")

文本现在在out.capturedtext中

print(out.capturedtext)
==============================
*** Open Babel Warning  in ReadMolecule
  WARNING: Problems reading a MDL file
Cannot read comment line

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/50978464

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