snakemake shell I/O重定向和使用脚本访问snakemake变量
问题很简单：
我想从一条规则中调用一个脚本，我希望这条规则两者兼而有之：
- 执行stdout和stderr重定向
- 从脚本访问snakemake变量(变量可以是列表和文本)
如果我使用shell:，我可以执行I/O重定向，但不能在脚本中使用snakemake变量。
注意:当然，可以将变量作为shell中的参数传递给脚本。但是，通过这样做，脚本不能区分文字变量和列表变量。
如果我使用script:，那么我可以访问我的snakemake变量，但是我不能执行I/O重定向和许多其他shell工具。
举一个例子来说明这个问题：
1)使用shell:
rule create_hdf5:
input:
genes_file = OUTPUT_PATH+'/{sample}/outs/genes.tsv'
params:
# frequencies is a list!!!
frequencies = config['X_var']['freqs']
output:
HDF5_OUTPUT+'/{sample}.h5'
log:
out = LOG_FILES+'/create_hdf5/sample_{sample}.out',
err = LOG_FILES+'/create_hdf5/sample_{sample}.err'
shell:
'python scripts/create_hdf5.py {input.genes_file} {params.frequencies} {output} {threads} 2> {log.err} 1> {log.out} '问题1)：很自然，python脚本认为频率列表中的每个元素都是一个新的参数。但是，脚本无法访问snakemake变量。
2)使用script:
rule create_hdf5:
input:
genes_file = OUTPUT_PATH+'/{sample}/outs/genes.tsv'
params:
# frequencies is a list!!!
frequencies = config['X_var']['freqs']
output:
HDF5_OUTPUT+'/{sample}.h5'
log:
out = LOG_FILES+'/create_hdf5/sample_{sample}.out',
err = LOG_FILES+'/create_hdf5/sample_{sample}.err'
script:
'scripts/create_hdf5.py'问题2)：我可以访问脚本中的snakemake变量。但是现在我不能使用bash工具，比如I/O重定向。
我想知道是否有办法实现这两者(也许我在snakemake文档中遗漏了什么)？提前感谢！
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2018-02-12 11:59:12
如果可能的话，我建议您使用argparse解析模块来解析脚本的输入，以便它可以使用nargs="*"选项解析这样的参数列表：
def main():
"""Main function of the program."""
parser = argparse.ArgumentParser(
description=__doc__,
formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter)
parser.add_argument(
"-g", "--genes_file",
required=True,
help="Path to a file containing the genes.")
parser.add_argument(
"-o", "--output_file",
required=True,
help="Path to the output file.")
parser.add_argument(
"-f", "--frequencies",
nargs="*",
help="Space-separated list of frequencies.")
parser.add_argument(
"-t", "--threads",
type=int,
default=1,
help="Number of threads to use.")
args = parser.parse_args()
# then use args.gene_file as a file name and args.frequencies as a list, etc.你可以这样称呼它：
shell:
"""
python scripts/create_hdf5.py \\
-g {input.genes_file} -f {params.frequencies} \\
-o {output} -t {threads} 2> {log.err} 1> {log.out}
"""Stack Overflow用户
发布于 2020-03-13 20:32:03
您可以使用snakemake.log varaibale访问python脚本中的日志文件名，这是一个包含两个文件名的列表：
snakemake.log = [ LOG_FILES+'/create_hdf5/sample_1.out', LOG_FILES+'/create_hdf5/sample_1.err' ]因此，您可以在脚本中使用它来创建日志文件以进行日志记录。
import logging
mylogger = logging.getLogger('My logger')
# create file handler
fh = logging.FileHandler(snakemake.log[0])
mylogger.addHandler(fh)
mylogger.error("Some error")https://stackoverflow.com/questions/48685715
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