I在最新版本的R(3.4.1)、Mac (10.12.5)和Java (1.8.0_131,x86_64:)中遇到了rJava的问题
问题:
我试着遵循这个指南
scottdhoover.wordpress.com/2013/03/05/a-basic-rjava-example/
能够在R中运行rJava。
R中的一些代码:
库(RJava) .jinit("") .jclassPath() 1 S <- .jnew("java/lang/String","Hello!“) .jcall(s,"I","length") 1 12
所以实际上起作用了..。但当我试着处理我的文件时:
.jaddClassPath("/Users/Camilo/Desktop/20170711_Java2R") .jclassPath() 1 "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/java“”/User/Camilo/Desktop/20170711_Java2R“myExchange <- .jnew("myExchange") .jnew("myExchange")中的错误: java.lang.ClassNotFoundException
其中,文件myExchange.java与指南中的文件相同,并且位于桌面的文件夹中。
我所做的:
基本上,我试图从R安装rJava,但没有工作。然后,我遵循两个指南,以便能够从源加载包rJava在R中
我遵循这个指南:
https://github.com/snowflakedb/dplyr-snowflakedb/wiki/Configuring-R-rJava-RJDBC-on-Mac-OS-X (能够加载rJava)
两个人
R CMD javareconf
/usr/libexec/java_home -V看上去就像应该的那样。
为了摆脱人们通常遇到的OpenMP问题,我遵循以下指南:
http://thecoatlessprofessor.com/programming/openmp-in-r-on-os-x/#clang-before-3-4-0 (解决所有人都有的OpenMP问题)。
最后,我使用以下代码创建一个符号链接
sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib我从R安装了这个库。
但!当我从终端尝试时,我会得到这个错误。
ld: library not found for -lomp
clang-4.0: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’所以我想:图书馆或符号链接一定也不见了。但是没有像llvm这样的文件(在llvm中已经用ld: library not found for -lomp解决了)
我知道错误"ClassNotFoundExceptions“可能与路径有关,但应该是可以的,因为在开始时已经声明了。
顺便说一下,我还检查了如下所示的.R/Makevars文件
CC=/usr/local/clang4/bin/clang
CXX=/usr/local/clang4/bin/clang++
LDFLAGS=-L/usr/local/clang4/lib有什么办法解决吗?提前感谢!我希望这是明确的。
发布于 2017-09-10 13:50:06
对我来说,解决方案是安装https://github.com/coatless/r-macos-clang并添加链接
sudo ln -s /usr/local/clang4/lib/libomp.dylib /usr/local/lib/libomp.dylib在R CMD javareconf I unset JAVA_HOME之前。
发布于 2017-11-09 03:15:31
这是一个令人困惑的问题,并取决于您的R版本。
对于R3.4用户来说,不要理会所有关于gcc,clang,llvm的声音。R3.4使用clang4.周期。所以你应该这么做
R CMD javareconfsudo ln -s /usr/local/clang4/lib/libomp.dylib /usr/local/lib/libomp.dylib然后,您应该能够成功地安装rJava。
此外,rJava无法在旧版本的RStudio中正确加载。因此,请确保您已经升级到最新的RStudio。
https://stackoverflow.com/questions/45051275
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