文章/答案/技术大牛

发布

社区首页 >问答首页 >Python jp2医学图像-喜鹊，甘露糖

问Python jp2医学图像-喜鹊，甘露糖
EN

Stack Overflow用户

提问于 2017-04-19 07:58:18

回答 4查看 5.6K关注 0票数 10

我正在尝试读取和平铺一个jp2图像文件。图像为RGB 98176 x 80656像素(它是医学图像数据)。

当尝试用glymur读取图像时，我会得到以下错误：

glymur.lib.openjp2.OpenJPEGLibraryError: OpenJPEG library error:  Prevent buffer overflow (x1: 80656, y1: 98176)

我知道这张照片太大了。我需要的是通过砖块读取图像数据，并将它们保存到其他地方并以另一种格式保存。

Glymur允许我使用python读取头部，因此，例如，代码流是：

>>> print(codestream.segment[1])
SIZ marker segment @ (87, 47)
    Profile:  no profile
    Reference Grid Height, Width:  (98176 x 80656)
    Vertical, Horizontal Reference Grid Offset:  (0 x 0)
    Reference Tile Height, Width:  (832 x 1136)
    Vertical, Horizontal Reference Tile Offset:  (0 x 0)
    Bitdepth:  (8, 8, 8)
    Signed:  (False, False, False)
    Vertical, Horizontal Subsampling:  ((1, 1), (1, 1), (1, 1))

打瓷砖不起作用，阅读方法不起作用。

编辑：

我也尝试过能够读取标题，但同样的事情，出现的错误是：

>>> import scipy.misc
>>> image=scipy.misc.imread('Sl0.jp2')
/home/user/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/PIL/Image.py:2274: DecompressionBombWarning: Image size (7717166080 pixels) exceeds limit of 89478485 pixels, could be decompression bomb DOS attack.
  DecompressionBombWarning)
>>> scipy.misc.imwrite('/home/user/Documents/imageCfromjp2.tif',image)
/home/user/
AttributeError: 'module' object has no attribute 'imwrite'
>>> scipy.misc.imsave('/home/user/Documents/imageCfromjp2.tif',image)
/home/user/
  File "/home/user/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/scipy/misc/pilutil.py", line 195, in imsave
    im = toimage(arr, channel_axis=2)
  File "/home/user/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/scipy/misc/pilutil.py", line 287, in toimage
    raise ValueError("'arr' does not have a suitable array shape for "
ValueError: 'arr' does not have a suitable array shape for any mode.
>>> image2=image[0:500,0:500]
/home/user/
IndexError: too many indices for array
>>> image2=image[0:500]
/home/user/
ValueError: cannot slice a 0-d array

是否有任何方法将图像数据流到不同类型的容器中，以便索引的数量不成问题，并使我能够处理它？

jpeg2000

python

image-processing

scipy

回答 4

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2017-04-20 10:38:05

阅读巨大的医学图像的标准是开环内酯，我会先试一试。我不确定它是否会直接读取jp2，但假设这是从幻灯片扫描仪获得的，那么您是否可以将其保存在openslide支持的一种格式中？

ImageMagick将通过OpenJPEG加载大型jp2图像的部分，尽管它不是特别快。例如，我这里有一个10k×10k的jp2图像，如果我转换为JPG，我会看到：

$ time convert sekscir25.jp2 x.jpg
real    0m25.378s
user    0m24.832s
sys 0m0.544s

如果我试着弹出一小块，这几乎不会更快，这意味着IM总是解码整个图像：

$ time convert sekscir25.jp2 -crop 100x100+0+0 x.png
real    0m19.887s
user    0m19.380s
sys 0m0.504s

但如果我在载重时收割，它确实会加速：

$ time convert sekscir25.jp2[100x100+0+0] x.png
real    0m7.026s
user    0m6.748s
sys 0m0.276s

不太好，但如果你有耐心的话，也许会管用的。

票数 4

Stack Overflow用户

发布于 2017-05-22 10:54:45

我在使用幻灯片扫描仪的文件时也面临着同样的问题。我发现有用的是使用vips和openslide使用以下命令平铺图像：

vips dzsave image.mrxs targetdirectoryname --depth one --tile-size 2048 --overlap 0

这将输出0级(完全分辨率)的源图像的瓦片大小和像素重叠的0到目标目录。

票数 5

Stack Overflow用户

发布于 2017-05-24 06:59:04

你试过用开胸片吗。

import openslide
from openslide.deepzoom import DeepZoomGenerator
osr=openslide.OpenSlide('JP2.svs')
im=osr.get_thumbnail((200,200))
im.save('test.jpg')

票数 3

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/43489810

复制

相似问题

问Python jp2医学图像-喜鹊，甘露糖
EN

回答 4

Stack Overflow用户

Stack Overflow用户

Stack Overflow用户

社区

活动

圈层

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐

问Python jp2医学图像-喜鹊，甘露糖EN

回答 4

Stack Overflow用户

Stack Overflow用户

Stack Overflow用户

社区

活动

圈层

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐

问Python jp2医学图像-喜鹊，甘露糖
EN