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问木星笔记本里的生物巨蟒？Windows 7
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Stack Overflow用户

提问于 2017-02-09 21:48:51

回答 1查看 1.6K关注 0票数 1

我已经在windows和Anaconda上安装了Python版本3.6。我想在朱庇特笔记本中的代码中使用Biopython软件包。我还使用以下命令安装了biopython：

conda install -c anaconda biopython=1.68

当我想在下面运行我的代码时，它不起作用。fasta只是一个包含序列的文件。

from Bio import SeqIO
handle = open("Q1.fasta")
record_iterator = SeqIO.parse(handle, "fasta")
seq1_20 = record_iterator.next()
seq2_20 = record_iterator.next()
seq3_20 = record_iterator.next()
seq1_100 = record_iterator.next()
seq2_100 = record_iterator.next()
handle.close()
print seq1_20
print seq2_20
print seq3_20
print seq1_100
print seq2_100

它应该输出这些序列，但它说：

AttributeError                            
Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-d5af48173555> in <module>()
  2 handle = open("Q1.fasta")
  3 record_iterator = SeqIO.parse(handle, "fasta")
----> 4 seq1_20 = record_iterator.next()
  5 seq2_20 = record_iterator.next()
  6 seq3_20 = record_iterator.next()
AttributeError: 'generator' object has no attribute 'next'

拜托，谁来帮我摆脱这一切！

python

jupyter-notebook

biopython

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2017-02-10 15:26:42

问题是，示例代码只适用于Python 2。

Python3取消了迭代器类上的.next()方法，您应该使用内置函数next(...) (在Python2.6之前可用)。

试一试next(record_iterator)。

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/42147501

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