问如何使用子目录和Ruffus管道
EN

Stack Overflow用户

提问于 2015-05-28 22:30:15

回答 1查看 56关注 0票数 2

Ruffus管道文档似乎假定一个人的代码和数据位于同一个目录中。所有示例都有输入和输出文件说明符，没有任何相对路径。如果要转换的文件不在当前目录中，那么应该如何修改下面的语法？

@transform(map_dna_sequence,                   # Input = previous stage
        suffix(".sam"),                    #         suffix = .sam
        ".bam")

python

pipeline

ruffus

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2015-06-26 18:12:42

Ruffus的最新版本允许您输出到一个新目录：

@transform(map_dna_sequence,           # Input = previous stage
    suffix(".sam"),                    #         suffix = .sam
    ".bam",
    output_dir = "/path/to/a/new_directory")

否则，您可以使用格式化程序()或regex而不是suffix更改目录。这两种方法都非常强大，但语法却更加复杂.

顺便说一句，这也是一个好主意，张贴在巴菲新闻组。

票数 1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/30518128

复制

相似问题

问如何使用子目录和Ruffus管道
EN

回答 1

Stack Overflow用户

社区

活动

圈层

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐

问如何使用子目录和Ruffus管道EN

回答 1

Stack Overflow用户

社区

活动

圈层

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐

问如何使用子目录和Ruffus管道
EN