LZF压缩数组的HDF5查看器
我使用LZF压缩的h5py将NumPy数组存储在HDF5文件中。
它工作得很好，而且我的压缩文件比未压缩的文件更可移植。但是，如果我试图使用履历和HDFView等应用程序查看压缩文件，则会出现以下错误：
错误:读取记录时出错。数据集似乎是用无库压缩的。请检查它是否安装在您的系统中，请“在可移植的和
“ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.HDF5LibraryException：：ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.HDF5Exception无法打开HDFView中的目录或文件”。
我可以在两个应用程序中浏览文件结构，但是打开一个数组会产生一个错误。如果我关掉压缩，问题就解决了。例如，在运行下面的代码之后，打开array_1会给出错误，但是array_2不会。
import numpy as np, h5py
h5_path = r'D:\test.h5'
f = h5py.File(h5_path, 'w')
# Create fake data
data = (np.random.random(1E6)*100).astype(int)
# Save with compression
dset1 = f.create_dataset(r'/path/to/arrays/array_1', data=data,
compression='lzf')
# Save without compression
dset2 = f.create_dataset(r'/path/to/arrays/array_2', data=data)
# Set some object properties
dset1.attrs['Description'] = 'Compressed array.'
dset2.attrs['Description'] = 'Uncompressed array.'
f.close()这种行为是预期的，还是我做错了什么？
如果和HDFView无法打开压缩数组，是否有其他查看器可以打开？
非常感谢！
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2014-07-29 13:35:29
虽然h5py附带了LZF，但HDF5本身通常并不是用LZF发布或编译的。相反，您可以使用gzip，它包含在所有HDF5版本中，因此可以在任何系统上打开：
dset1 = f.create_dataset(r'/path/to/arrays/array_1', data=data,
compression='gzip')HDFView可以打开用gzip压缩的数组。
此外，如果使用gzip，可以使用compression_opts设置压缩级别(0到9之间的整数)：
dset1 = f.create_dataset(r'/path/to/arrays/array_1', data=data,
compression='gzip', compression_opts=9)Stack Overflow用户
发布于 2017-04-05 10:26:45
对于用LZF压缩存储的数据集，我也遇到了同样的问题，最后我找到了这篇文章。使用HDFView，我设法查看了使用GZIP压缩的数据集，压缩级别为9，即：
dset = f.create_dataset('someData', data=data, compression="gzip", compression_opts=9)但我还是想看到LZF压缩的数据集。HDF5文件有一个GUI界面，名为HDF罗盘 (Github回购)，它是由安德鲁·科莱特开发的，在HDF世界中非常有名。当这个问题被问到时，HDF指南针的发展才刚刚开始。今天，我测试了0.6.0版本，并设法正确地查看了一个LZF压缩文件。
PD:只是一个警告，HDFView只是一个只读工具，不像HDFView.但是，它仍然是非常友好的用户和真正的快捷。
https://stackoverflow.com/questions/24998946
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