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问LD_LIBRARY_PATH在bash脚本中失败
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Stack Overflow用户

提问于 2014-06-28 21:04:05

回答 1查看 2.8K关注 0票数 2

我有一个bash脚本，它运行这一行代码：

LD_LIBRARY_PATH=/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib ./xattr infile.txt outfile.txt

如果我直接从shell调用这一行，它可以正常工作。但是，如果我在bash脚本中运行它，就会得到以下错误：

update.sh: line 45: LD_LIBRARY_PATH=/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib: No such file or directory

为什么LD_LIBRARY_PATH在bash脚本中设置时不能工作？

下面是第45行的更多代码：

BASE_DIR="/volatile/huanlab/bold/kendal/bioinformatics_database/tmp"
COMP_DIR="$BASE_DIR/compound"

# move to the current directory where xattr.cpp and other files are
cd /users/kharland/software/programs/BioDB-update/dev

# Compile xattr ('make xattr' is the same command I call from the shell
# to compile this program when this program actually works).
make xattr

# loop over each .sdf file in COMP_DIR
for INF in $(ls $COMP_DIR | grep sdf)
do
    babel -isdf $COMP_DIR/$INF -ocan $SMILES_DIR/$INF.csv
    LD_LIBRARY_PATH=/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib ./xattr $COMP_DIR/$INF $COMP_DIR/$COMP_FILE
done

这些行之前的内容只是注释。

编辑

在我的makefile中，我使用以下选项进行编译

LDLIBS=-lm -ldl -lz -lopenbabel
LDFLAGS=-Wl,-rpath,/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib:/tools/cluster/system/pkg/openbabel/openbabel-2.3.2/build/lib,-L/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib

运行ldd xattr会显示库确实是链接的，所以程序在从shell调用时按预期执行。唯一的问题是bash脚本。如果我从bash脚本中删除LD_LIBRARY_PATH选项，就会遇到一个问题，即没有找到openbabel的共享库，尽管ldd显示xattr知道库在哪里。这就是为什么我在bash脚本中添加了LD_LIBRARY_PATH，我尝试使用它作为解决办法

编辑

(更正错误:将“库”与下面的“我的代码”交换)(下面有错误的文件系统名称)

我突然想到了一些事。我的源代码在/users文件系统中。如果我的库位于不同的挂载文件系统上，bash在查找这些文档时会有困难吗？

linux

bash

shell

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2014-06-29 16:11:23

设置环境变量确实适用于bash脚本。

试试这个：

#!/bin/bash
VAR1=VALUE1 env

...run该脚本，您将看到包含VAR1及其值的输出。

一般来说，这也适用于LD_LIBRARY_PATH。

#!/bin/bash
tempdir=$(mktemp -t -d testdir.XXXXXX)
LD_LIBRARY_PATH=$tempdir env
rm -rf "$tempdir"

如果您可以生成一个最小的复制器，而在这种情况下不会发生这种情况，那么这将是有帮助的和值得赞赏的。

票数 2

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/24470946

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