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问从Windows命令提示符执行Java程序(NCBO提取工具)不能工作。用户指南使用Linux语法
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Stack Overflow用户

提问于 2013-01-04 19:17:29

回答 1查看 287关注 0票数 0

我试图从BioPortal命令提示符中运行一个Java命令行程序，从http://bioportal.bioontology.org中提取并生成一个本体文件。它似乎找不到类，但是我的CLASSPATH参数语法可能是不正确的。参考设置(NCBO用户指南和NCBO提取工具zip文件)可以在我的问题的底部找到。这些说明基于Linux语法，但我在Windows中运行。

Linux命令(来自用户指南)：

java -classpath endorsed_lib/*:genlib/i2b2Common-core.jar:lib/commons/*:lib/log4j/*:lib/jdbc/*:lib/spring/*:* edu.harvard.i2b2.ncbo.extraction.NCBOOntologyExtractAll -ont {5 digit ontology id} -apikey {API key from http://bioportal.bioontology.org/account} -outputFileName {output file path}

Linux -classpath参数包括以下内容：

endorsed_lib/*
genlib/i2b2Common-core.jar or genlib/* (only 1 jar file)
lib/commons/*
lib/log4j/*
lib/jdbc/*
lib/spring/*
*

Windows命令(不起作用)：

java -cp ".\endorsed_lib;.\genlib;.\lib\commons;.\lib\jdbc;.\lib\log4j;.\lib\spring;." edu.harvard.i2b2.ncbo.extraction.NCBOOntologyExtractAll -ont 47178 -apikey 68775b88-c12f-472c-9192-71f9b282309c -outputFileName 47178_stagingFile.txt

来自Windows命令提示符的错误：

Error: Could not find or load main class edu.harvard.i2b2.ncbo.extraction.NCBOOntologyExtractAll

Windows -cp (CLASSPATH)参数包括以下路径：

\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\genlib\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\log4j\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\spring\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\;

=================

指南：

1-1.pdf?version=2&modificationDate=1344357357000

说明从16页第8页开始。我在第9页。

在用户指南中，它引用了NCBO实用程序。可以在这里下载：

https://www.i2b2.org/software/download.html?d=310

单击标有“文件下载”的蓝色超链接或单击下面的链接(从1/4/2013开始链接)>然后单击“我接受”>保存文件(NCBOExtractionTools_1.1.zip)到您的本地机器>提取压缩文件

下面是从i2b2 NCBO实用程序中提取的文件列表，这样您就可以看到我们有哪些jar文件可用：

\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\ExtractionApplicationContext.xml
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\FileList.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\genlib
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\hierarchy.log
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\i2b2_license_2.1-1159.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\log4j.properties
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\NCBOExtraction_1.1.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\STAGING_FILES
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\jaxb-api.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\jaxb-LICENSE.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\stax-api-1.0.1.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\stax-api-LICENSE.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\wstx-asl-3.0.1.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\wstx-LICENSE.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\genlib\i2b2Common-core.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\log4j
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\spring
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\apache-2.0license.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-codec-1.3.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-collections-2.1.1.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-dbcp-1.2.2.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-exec-1.0.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-httpclient-3.0.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-logging-1.0.4.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-pool-1.3.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\ojdbc14.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver2005
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver_jTDS
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver2005\sqljdbc.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver2005\sqlserver_licence.rtf
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver_jTDS\jtds-1.2.2.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver_jTDS\LICENSE
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\log4j\log4j-1.2.8.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\log4j\log4j-LICENSE.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\spring\apachelicence-2.0.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\spring\spring-2.0.jar

i2b2

java

linux

jar

classpath

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2013-01-04 19:25:27

这在@Brian的评论中有效：

java -cp ".\endorsed_lib\*;.\genlib\*;.\lib\commons\*;.\lib\jdbc\*;.\lib\log4j\*;.\lib\spring\*;.\*" edu.harvard.i2b2.ncbo.extraction.NCBOOntologyExtractAll -ont 47178 -apikey {key} -outputFileName 47178_stagingFile.txt

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/14163449

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