问将TPM数据转换为Seurat的读取计数
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Stack Overflow用户

提问于 2020-03-10 09:45:02

回答 1查看 1.2K关注 0票数 1

我想做一个分析，在R与Seurat，但为此，我需要一个计数矩阵与读计数。但是，我想要使用的数据是在TPM中提供的，这对于用作输入并不理想，因为我希望与使用读取计数的其他分析进行比较。

有人知道如何将TPM数据转换为读取计数吗？

提前感谢！

seurat

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2020-03-10 16:05:22

你需要总计数和基因(或转录)长度来接近这个转换。有关反向操作，请参见https://support.bioconductor.org/p/91218/。

从这一环节：

You can create a TPM matrix by dividing each column of the counts matrix by some estimate of the gene length (again this is not ideal for the reasons stated above).

x <- counts.mat / gene.length

Then with this matrix x, you do the following:

tpm.mat <- t( t(x) * 1e6 / colSums(x) )

Such that the columns sum to 1 million.

colSums(x)将是与TPM矩阵中的基因对齐的每一个样本的计数，而gene.length将取决于用于读取摘要的基因模型。

所以你可能运气不好，最好还是使用像三文鱼或卡利斯托这样的工具从fastq文件中获取计数矩阵，如果这些文件是可用的，根据你想要与之比较的数据中使用的基因或转录本模型。

如果除了使用TPM数据(并不是真正推荐的)之外，没有其他选择，Seurat也可以使用它--参见https://github.com/satijalab/seurat/issues/171。

票数 1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/60614972

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