如何用ChemDraw/Python从.cdx InChI创建一个文件？
如何用ChemDraw/Python从.cdx InChI创建一个文件？
提问于 2019-10-01 11:29:57
我想用ChemDraw从InChI创建一个InChI文件。这个回答为cdx --> InChI提供了一个解决方案。
cdx_to_inchi下面的最小示例运行良好，但我不知道如何使inchi_to_cdx工作。
import comtypes.client as w32
def cdx_to_inchi(cdx):
ChemDraw = w32.CreateObject("ChemDraw.Application")
ChemDraw.Visible = False
Compound = ChemDraw.Documents.Open(cdx) # opens existing file
inchi = Compound.Objects.Data("chemical/x-inchi")
print(inchi)
ChemDraw.Quit()
def inchi_to_cdx(inchi):
ChemDraw = w32.CreateObject("ChemDraw.Application")
ChemDraw.Visible = False
Compound = ChemDraw.Documents.Open("Emtpy.cdx") # opens existing file
# ChemDraw.Documents.New("NewFile.cdx") # How to create a new file?
# Compound.Objects.SetData(inchi) # How to paste InChi data?
# ChemDraw.Documents.Save() # How to save?
# ChemDraw.Documents.SaveAs("MyMolecule.cdx") # How to save under different name?
ChemDraw.Quit()
cdx = r'C:\Data\Test.cdx'
inchi = '1S/C6H6/c1-2-4-6-5-3-1/h1-6H'
cdx_to_inchi(cdx)
inchi_to_cdx(inchi)回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2020-01-10 07:51:32
以下至少是一种可行的解决方案。它基本上是用按键“模仿”人类用户。它是从这里改编而来。缺点是：
- 它似乎是特定于Windows的
- ChemDraw必须是活动的应用程序，即不会在后台工作。
- 额外的延误减缓了整个过程。几个10,000个分子大约需要一天(好吧，比手工好;-)
这些问题仍然存在：
- 如何使它独立于平台？
- 如何让它在后台工作？
- 如何避免额外的延迟，或者如何使延迟能够使它仍然可靠地工作？
代码：
### create a ChemDraw .cdx file from an InChI string
import win32com.client as win32
import win32clipboard
import time
def sleep():
time.sleep(0.5) # wait for 0.5 seconds that script is not too fast for ChemDraw
def sleep_short():
time.sleep(0.25) # wait for 0.25 seconds between key presses
# initialize windows shell (so we can send keyboard commands)
shell = win32.Dispatch("WScript.Shell")
def hit_keys(keys): # function to wait, then send a keypress signal
sleep_short()
shell.SendKeys(keys,1)
# initialize ChemDraw
chemdraw = win32.gencache.EnsureDispatch('ChemDraw.Application') # connect to ChemDraw
chemdraw.Visible = True # window needs to be visible otherwise keypresses will not work
sleep()
doc = chemdraw.Documents.Add() # create a new document
doc.Activate()
sleep()
# ChemDraw must be the active application, so it can receive keyboard commands
shell.AppActivate("ChemDraw Prime") # name of the ChemDraw window bar
sleep()
inchi = 'InChI=1S/C6H6/c1-2-4-6-5-3-1/h1-6H'
# set clipboard data
win32clipboard.OpenClipboard()
win32clipboard.EmptyClipboard()
win32clipboard.SetClipboardText(inchi)
win32clipboard.CloseClipboard()
sleep() # not sure whether a delay is needed here
hit_keys("%e") # edit
hit_keys("s") # paste special
hit_keys("i") # pase as inchi
sleep()
ffname = r'C:\Users\Test\Scripts\MyMolecule.cdx' # full filename
doc.SaveAs(ffname) # save the file
doc.Close()
chemdraw.Quit() # close ChemDraw
### end of code页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/58183902
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