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社区首页 >问答首页 >为不含conda的macos导入openbabel包装程序pybel

为不含conda的macos导入openbabel包装程序pybel
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Stack Overflow用户
提问于 2020-05-13 08:11:12
回答 2查看 853关注 0票数 1

以前我问过如何为macos 这里安装openbabel。现在,我还需要安装openbabel包装器pybel。我试过pip install pybel并安装了它。然后,当我学习教程的时候,

代码语言:javascript
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import openbabel
import pybel
mymol = pybel.readstring("smi", "CCCC")

我得到了以下错误:

代码语言:javascript
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Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
AttributeError: module 'pybel' has no attribute 'readstring'

事实证明,其他人也有类似的问题,事实上我在邮寄名单中发现,我引用

‘我想你是通过pip install pybel安装pybel的,这是“错误的”pybel’

然后,他们给出了一个解决方案,即pip install openbabel,这是不可能的macos。

解决方案将使用conda安装openbabel,但我不使用conda,我希望保持这种方式,所以我正在寻找一种不需要conda的解决方案。

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回答 2

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2020-05-26 12:40:44

我找到了解决方案,你可以brew install open-babel,然后给出路径到自制的python站点库-包。对我来说,以下工作:

代码语言:javascript
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import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.8/site-packages')

然后你就可以

代码语言:javascript
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import openbabel
from openbabel import pybel

诸若此类。

票数 4
EN

Stack Overflow用户

发布于 2020-05-26 12:22:22

我也有同样的问题。它适用于以下代码:

代码语言:javascript
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from openbabel import pybel
mymol = pybel.readstring("smi","CCN(CC)CC")
mymol
票数 1
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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/61769443

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