以前我问过如何为macos 这里安装openbabel。现在,我还需要安装openbabel包装器pybel。我试过pip install pybel并安装了它。然后,当我学习教程的时候,
import openbabel
import pybel
mymol = pybel.readstring("smi", "CCCC")我得到了以下错误:
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
AttributeError: module 'pybel' has no attribute 'readstring'事实证明,其他人也有类似的问题,事实上我在邮寄名单中发现,我引用
‘我想你是通过
pip install pybel安装pybel的,这是“错误的”pybel’
然后,他们给出了一个解决方案,即pip install openbabel,这是不可能的macos。
解决方案将使用conda安装openbabel,但我不使用conda,我希望保持这种方式,所以我正在寻找一种不需要conda的解决方案。
发布于 2020-05-26 12:40:44
我找到了解决方案,你可以brew install open-babel,然后给出路径到自制的python站点库-包。对我来说,以下工作:
import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.8/site-packages')然后你就可以
import openbabel
from openbabel import pybel诸若此类。
发布于 2020-05-26 12:22:22
我也有同样的问题。它适用于以下代码:
from openbabel import pybel
mymol = pybel.readstring("smi","CCN(CC)CC")
mymolhttps://stackoverflow.com/questions/61769443
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