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在venv中使用pip为linux安装openbabel
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Stack Overflow用户
提问于 2020-05-20 16:01:43
回答 1查看 1.3K关注 0票数 1

我试图在没有根访问和使用虚拟环境的情况下在linux计算机上安装openbabelpip。我运行以下命令

pip install openbabel --user --log LOG

然后我得到以下错误:

代码语言:javascript
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Collecting openbabel
  Using cached openbabel-2.4.1.tar.gz (74 kB)
Building wheels for collected packages: openbabel
  Building wheel for openbabel (setup.py) ... error
  ERROR: Failed building wheel for openbabel
  Running setup.py clean for openbabel
Failed to build openbabel
Installing collected packages: openbabel
    Running setup.py install for openbabel ... error
ERROR: Command errored out with exit status 1: /users/name/env_for_pymatgen/bin/python3 -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-b51wnefv/openbabel/setup.py'"'"'; __file__='"'"'/tmp/pip-install-b51wnefv/openbabel/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record /tmp/pip-record-4207icvx/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /users/name/env_for_pymatgen/include/site/python3.6/openbabel Check the logs for full command output.

主要的问题似乎是

代码语言:javascript
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Error: SWIG failed. Is Open Babel installed?
    You may need to manually specify the location of Open Babel include and library directories. For example:
      python setup.py build_ext -I/usr/local/include/openbabel-2.0 -L/usr/local/lib
      python setup.py install

我看到许多人对setup.py有类似的问题,他们被建议转到目录下再次运行相同的命令,但是我不知道我应该去哪个目录.

编辑

如果我从github下载openbabel并给出它的路径,它会起作用吗?

EN

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2021-05-11 02:54:27

根据我的经验,而不是pip install <package_name>,从这里下载一个轮转文件,该文件具有从PyPI上找到的源代码构建的python二进制文件。

之后,打开下载.whl文件的终端,然后键入:

代码语言:javascript
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pip install nameOfYourFile.whl

就我来说是:

代码语言:javascript
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pip install openbabel-3.1.1-cp38-cp38-win32.whl

编辑:一定要下载与您的python版本相匹配的版本,否则包将不会安装。

EDIT2:老实说,我没有注意到答案集中在Linux上,所以要回答您的问题,最可靠的选择是在启用python标志的情况下从源代码构建它,这可以通过遵循编译指令来完成。

这些说明仍然适用于GitHub回购中最新版本的openbabel,到编辑之日为止,我可以在Ubuntu21.10上成功地编译一个带有python绑定(pybel)的openbabel。

票数 1
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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/61917601

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