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问检测药物是否间隔给药
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Stack Overflow用户

提问于 2020-05-27 21:59:04

回答 1查看 61关注 0票数 4

尽管(据说)关系相当密切，但还是找不出答案。我想看看有没有在4小时内给药。

  drug start stop
1    A     1    3
2    A     7   10
3    A    11   17

药物A开始于第1次，给药至第3次，然后在第7次再次开始，直至第10次放弃等。

这些都是有问题的窗户

数据：

t1 <- c(0,4,8,12,16,20)
t2 <- t1 + 4
chunks <- data.frame(t1=t1,t2=t2)

drug <- "A"
start <- c(1,7,11)
stop <- c(3,10,17)
times <- data.frame(drug,start,stop)

期望解

  t1 t2 lsg
1  0  4   1
2  4  8   1
3  8 12   1
4 12 16   1
5 16 20   1
6 20 24   0

对解决的尝试

test <- function(){
  n <- 1
  for (row in times){
    result <-  (times$start[n] > chunks$t1 & times$stop[n] < chunks$t2) | ((times$start[n] > chunks$t1 & times$start[n] < chunks$t2) & (times$stop[n] > chunks$t2 | times$stop[n] < chunks$t2)) | (times$start[n] < chunks$t1 & times$stop[n] > chunks$t1)
    n <- n + 1 
    print(result)
  }
}

给出

[1]  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[1] FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE
[1] FALSE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE

这是正确的！第一届政府进入了第一时间窗口。第二和第三次给药进入第二和第三窗口等，但如何达到预期的解决方案？

就像我说的，我感觉很亲密，但我不知道如何把结果加入到块中去-df.

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2020-05-27 22:33:01

其中的前半部分是@akrun的评论，但扩展到包含了先决条件。(如果你回来接电话，我很乐意听你的话.只是在这里提供更多的细节。)下半场是新的(而且经常看得过头)。

data.table

data.table::foverlaps确实是基于重叠/不等式(而不是基merge和dplyr::*_join，后者只在严格的等式上操作)连接的。使用overlaps (除了是data.table类之外)的一个先决条件是正确地编辑时间字段。

library(data.table)
setDT(times)
setDT(chunks)

# set the keys
setkey(times, start, stop)
setkey(chunks, t1, t2)

# the join

+(!is.na(foverlaps(chunks, times, which = TRUE, mult = 'first')))
# [1] 1 1 1 1 1 0

函数实际上返回times中的每一行对应于chunks中的行。

foverlaps(chunks, times, which = TRUE, mult = 'first')
# [1]  1  2  2  3  3 NA

平方

data.table并不是唯一允许这种情况发生的R工具。此解决方案适用于data.frame的任何变体(base、data.table或tbl_df)。

这里是这样的：

library(sqldf)
sqldf("
  select  c.t1, c.t2,
    (case when drug is null then 0 else 1 end) > 0 as n
  from chunks c
    left join times t on
      (t.start between c.t1 and c.t2) or (t.stop between c.t1 and c.t2)
      or (c.t1 between t.start and t.stop) or (c.t2 between t.start and t.stop)
  group by c.t1, c.t2")
#   t1 t2 n
# 1  0  4 1
# 2  4  8 1
# 3  8 12 1
# 4 12 16 1
# 5 16 20 1
# 6 20 24 0

(我不知道是否有可能减少连接的逻辑，也不知道它是否会错误地处理其他数据。)

如果你需要在每个时间框架内的药物计数，我认为你可以使用sum(case when ... end) as n。

票数 3

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/62053582

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