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问使用python中的展开来创建具有多个配对变量的字符串(snakemake)
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Stack Overflow用户

提问于 2022-08-23 12:50:52

回答 1查看 41关注 0票数 2

Snakemake展开函数

你好，我有一个列表，如：

list_ranges=[[0,9],[10,19],[20,29],[30,33]]

如何在Snakemake中使用展开来创建4个参数，如：

/user/Temp_dir/Ranges_0-9.tpm
/user/Temp_dir/Ranges_10-19.tpm
/user/Temp_dir/Ranges_20-29.tpm
/user/Temp_dir/Ranges_30-33.tpm

到目前为止，我试过了；

expand("/user/Temp_dir/Ranges_{range1}-{range2}.tpm", range1 = [x[0] for x in list_ranges] , range2 = [x[-1] for x in list_ranges]))

wildcard-expansion

python

list-comprehension

snakemake

expand

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2022-08-23 13:00:59

这里最简单的解决方案是使用Python：

expanded = [f"/user/Temp_dir/Ranges_{r1}-{r2}.tpm" for r1, r2 in list_ranges]

如果坚持使用expand，则需要传递zip参数：

expand("/user/Temp_dir/Ranges_{r1}-{r2}.tpm", zip, r1 = [x[0] for x in list_ranges] , r2 = [x[-1] for x in list_ranges]))

票数 4

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/73459056

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