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问在Networkx中绘制大型图表时出错
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Stack Overflow用户

提问于 2018-05-30 23:17:29

回答 2查看 970关注 0票数 1

我正在尝试可视化一个总共有大约300,000个节点的二部图。我正在使用下面的helper函数。

def plot_network(G):
   pos = nx.spring_layout(G) 
   plt.figure(figsize=(10,10)) 
   nx.draw_networkx(G, pos, iterations=20, node_grouping='bipartite', 
   with_labels=False, node_size = 5)

plot_network(G)

当我尝试完整地可视化图形时，在IPython单元格中弹出以下错误，该过程永远挂在那里：

C:\Users\user\AppData\Roaming\Python\Python36\site-packages\networkx\drawing\layout.py:499: RuntimeWarning:

invalid value encountered in sqrt

我试着通过随机采样我的数据来可视化更小的图形，它有worked...until，样本超过9000个节点。

我不确定如何解释我得到的错误，但似乎图的大小是一个因素。那么，我可以在Networkx中可视化的图形的大小有限制吗？有什么办法可以让我绕过这个问题吗？

python

graph

data-visualization

networkx

回答 2

Stack Overflow用户

发布于 2018-05-30 23:28:31

似乎Networkx无法为所有节点分配足够的空间，请先尝试增加figsize或缩小node_size。如果这两种方法都不起作用，请尝试使用pip install networkx --upgrade升级networkx包，因为您似乎没有使用最新版本的networkx。

票数 0

Stack Overflow用户

发布于 2018-07-26 17:32:35

除了Bubble Bubble的回答建议之外，尝试使用更简单的布局算法。最初我使用spring_layout遇到这个错误，但我发现循环工作。

fig, axs = plt.subplots(1,1, figsize=(25,25))

# Define node positions using layout algo
# pos = nx.spring_layout(G, center=(1,1), k=40, iterations=5) # returns error
pos = nx.circular_layout(G)

# draw
nx.draw(G,axis=axs, pos=pos, node_size=1)

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/50608260

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