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问用pairwise2在生物工程中匹配残基的索引
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Stack Overflow用户

提问于 2018-06-05 03:46:15

回答 1查看 102关注 0票数 0

我想知道在python中使用pairwise2匹配字符串的残差索引。

例如，我有两个字符串

A:' EEEEE      HHH     HHH             EEEEE'

和

B: 'EEE       EEEE       HHH'

使用以下代码：

from Bio import pairwise2
from Bio.pairwise2 import format_alignment

alignment = pairwise2.align.localdc(A,B, matrix,gap_function_1,gap_function_2)

我得到的对齐之一是：

EEE-------EE---      HHH     HHH             EEEEE
|||       ||   |||||||||
EEE       EEEE       HHH--------------------------
  Score=29.6

我想要获取匹配的索引，即序列A中与序列B匹配的所有Es、Hs和' '的原始位置。

我该怎么做？

string

alignment

biopython

pairwise

python

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2018-06-07 17:06:56

我假设A中的第一个空格是一个打字错误？否则，对齐方式看起来会不一样。

因此，假设：

A = 'EEEEE      HHH     HHH             EEEEE'
B = 'EEE       EEEE       HHH'

alignment = """EEE-------EE---      HHH     HHH             EEEEE
|||       ||   |||||||||
EEE       EEEE       HHH--------------------------
  Score=29.6"""

我们可以编写一个函数compare()

def compare(align, matches, original):
    result = []
    index = -1
    for char, match in zip(align, matches):
        if char == '-':
            index += 0
        else:
            index += 1
        if match == '|':
            assert original[index] == char
            result.append(index)
    return result

然后

align_A, matches, align_B, score = alignment.splitlines()
print(compare(align_A, matches, A))

提供[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13]。快速的视觉检查确认了这一点：A的前14个字符是匹配的(5个Es，6个空格和3个Hs)。和

print(compare(align_B, matches, B))

提供[0, 1, 2, 10, 11, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23]。

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/50687768

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