参考以下说明:http://open-babel.readthedocs.io/en/latest/UseTheLibrary/Python_Pybel.html
在从http://openbabel.org/wiki/Category:Installation安装了windows64位版本的Openbabel 2.4.1之后,我已经通过pip安装了openbabel和pybel。
>>>pip install pybel
>>>pip install openbabel我正在尝试以sdf格式查找分子的分子量(文件名为mol1.sdf,位于同一目录中)
我创建的python文件(test.py)如下所示:
import pybel
mol = pybel.readfile("sdf", "mol1.sdf").next()
print (mol.molwt)以下是命令提示符中发生的情况:
>>> python test.py
Traceback (most recent call last):
File "test.py", line 2, in <module>
mol = pybel.readfile("sdf", "mol1.sdf").next()
AttributeError: 'module' object has no attribute 'readfile'但根据上面参考链接中的示例代码,有一个名为'readfile‘的属性,它读取文件和格式。我是不是遗漏了什么?谢谢
发布于 2018-03-24 17:54:01
我发现我犯了一个错误。原来我还没有为这个程序安装Python Bindings v1.8。
发布于 2020-05-12 03:40:36
你安装了“错误的”pybel。对于那些使用Acaconda的用户,您应该搜索openbabel并安装它。安装openbabel之后,您应该能够使用pybel。不要直接搜索和安装pybel,pybel本身不起作用。您应该执行以下操作:conda uninstall pybel、conda install -c openbabel openbabel
发布于 2021-02-18 05:37:47
我得到了同样的错误,后来意识到我安装了错误的'pybel‘库。如果您使用conda install pybel或pip install pybel安装了'pybel‘,那么您安装了错误的库(即.https://pypi.org/project/pybel/)。您可以使用help(pybel)查看包描述,以检查它是否是您期望的包。
要安装正确的‘pip install openbabel’库,请使用conda install openbabel或pybel。安装完成后,使用此命令from openbabel import pybel导入'pybel‘,现在您就有了正确的库可以使用。如果仍然出现错误,请考虑使用openbabel本身。
https://stackoverflow.com/questions/49462599
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