在具有相同x轴的两个结果的多面图中添加显着性水平
我知道有许多问题已经公开，可以在多面图中增加ggplot2的显着性水平。然而，作为一个R初学者，我没有为我的情节找到解决方案。我的数据(.txt文件)可在此链接中找到：
1drv.ms/t/s!AsLAxDXdkA9Mg8oXdJ-qxD5AeB4KAw
有四列:三个因子水平(温度，寄生蜂种和行为)和一个数字水平(寄生和杀死寄主的数量)。
我用下面的代码运行绘图：
ggplot(mydata, aes(x = temperature, y = value, fill = species)) +
facet_grid(. ~ behavior) +
stat_summary(fun.y = mean, geom = "bar", position = "dodge", stat="identity") +
stat_summary(fun.data = mean_sdl, fun.args = list(mult = 1) +
labs(x = "Temperature", y = "Nº of parasitized or host-killed larvae") +
theme(legend.position = "bottom", legend.title = element_blank(), legend.text = element_text(size = 11, face = "italic"))
现在我想在每个图中添加显着性水平，分别比较两种温度下寄生和杀死宿主的结果。所以我在每个图中有6个对比度。我使用函数stat_compare_means测试了该选项。然而，正如Rblogger教程(https://www.r-bloggers.com/add-p-values-and-significance-levels-to-ggplots/)中所建议的，我应该列出我想要比较的内容。但是，在这种情况下，我有两个25°C的结果和两个30°C的结果，我如何创建列出所有对比度的列表？如果有人能为我澄清如何解决这个问题，那将对我有很大帮助。谢谢。
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2018-02-03 02:13:15
stat_compare_means“开箱即用”(这是有意义的，因为它使用了ggplot函数中定义的分组。
ggplot(mydata, aes(x = temp, y = value, fill = factor(species))) +
facet_grid(. ~ behavior) +
stat_summary(fun.y = mean, geom = "bar", position = position_dodge(width = 1), stat="identity") +
stat_summary(fun.data = mean_sdl, geom="errorbar", position = position_dodge(width = 1), width=0.25, stat="identity", fun.args = list(mult = 1)) +
labs(x = "Temperature", y = "Nº of parasitized or host-killed larvae") +
theme(legend.position = "bottom", legend.title = element_blank(), legend.text = element_text(size = 11, face = "italic")) +
stat_compare_means(method = "t.test")
或者，切换x和fill变量：
ggplot(mydata, aes(x = factor(species), y = value, fill = factor(temp))) +
facet_grid(. ~ behavior) +
stat_summary(fun.y = mean, geom = "bar", position = position_dodge(width = 1), stat="identity") +
stat_summary(fun.data = mean_sdl, geom="errorbar", position = position_dodge(width = 1), width=0.25, stat="identity", fun.args = list(mult = 1)) +
labs(x = "Temperature", y = "Nº of parasitized or host-killed larvae") +
theme(legend.position = "bottom", legend.text = element_text(size = 11, face = "italic")) +
stat_compare_means(method = "t.test")
Stack Overflow用户
发布于 2018-02-05 20:31:00
感谢@thc的帮助和耐心。当我决定在错误栏上使用字母时，我必须为每个字母创建一个新的data.frame，并在它们中添加geom_text。在测试了许多x和y值以将字母插入到正确的点之后，下面的代码得到了正确的结果。但它肯定有一种我不知道的更容易的方法。
sigvals1 <- data.frame(x=0.75,y=222.4, text=c("a"), behavior=c("Parasitism"))
sigvals2 <- data.frame(x=1.207,y=190.55, text=c("a"), behavior=c("Parasitism"))
sigvals3 <- data.frame(x=1.75,y=117.7, text=c("b"), behavior=c("Parasitism"))
sigvals4 <- data.frame(x=2.209,y=103, text=c("b"), behavior=c("Parasitism"))
sigvals5 <-data.frame(x = 0.75, y = 74.8, text=c("A"), behavior = c("Host-Killing"))
sigvals6 <-data.frame(x = 1.20, y = 92.97, text=c("B"), behavior = c("Host-Killing"))
sigvals7 <-data.frame(x = 1.74, y = 49.8, text=c("C"), behavior = c("Host-Killing"))
sigvals8 <-data.frame(x = 2.196, y = 43, text=c("C"), behavior = c("Host-Killing"))
plot +
geom_text(data=sigvals1, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0) +
geom_text(data=sigvals2, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0) +
geom_text(data=sigvals3, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0)+
geom_text(data=sigvals4, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0) +
geom_text(data=sigvals5, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0) +
geom_text(data=sigvals6, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0) +
geom_text(data=sigvals7, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0) +
geom_text(data=sigvals8, aes(x=x,y=y, label=text, fill=NA), hjust=0)https://stackoverflow.com/questions/48587854
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