问在R中收集多个列，然后创建箱线图
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Stack Overflow用户

提问于 2017-05-17 03:03:29

回答 1查看 524关注 0票数 1

我是R的新手，在做盒子图的时候被卡住了。我有一个包含18个变量和近20000行的数据集。看起来像这样：

1 EnsemblID GeneName   Sample1A   Sample1B   Sample2A   Sample2B       
2 ENSG00000180096   ABCD   0.000000   0.378398   0.256493   0.488798   
3 ENSG00000247626   ACED  20.770695  17.456049  19.066029  17.960966

我想为每个基因制作一个盒图(列GeneName)，样本1的值在一个盒子(1A，1B)中，样本2的值在不同的盒子(2A，2B)中。实际上，我有三个组，每个组有5-6个重复。我怎么才能融入到这样一个高大的数据帧中？

1 GeneName Group Value  
2 ABCD Sample1A 0.000000  
3 ABCD Sample1B 0.378398  
4 ABCD Sample2A 0.256493  
5 ABCD Sample2B 0.488798    
6 ACED Sample1A 20.770695   
7 ACED Sample1B 17.456049    
8 ACED Sample2A 19.066029  
9 ACED Sample2B 17.960966

我如何制作一张箱形图来显示每个基因在每个组内和组之间的变化？

将非常感谢您的帮助！谢谢!

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2017-05-17 03:08:00

从tidyverse使用tidyr

df <- read.table(header = T, text ="
1 EnsemblID GeneName Sample1A Sample1B Sample2A Sample2B
2 ENSG00000180096 ABCD 0.000000 0.378398 0.256493 0.488798
3 ENSG00000247626 ACED 20.770695 17.456049 19.066029 17.960966
")

library(tidyr)

df <- gather(df, Group, Value, Sample1A:Sample2B)
boxplot(Value ~ Group, df)

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/44009574

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