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问使用python创建矩阵
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Stack Overflow用户

提问于 2016-11-19 14:54:34

回答 1查看 120关注 0票数 0

我有6个文本文件(每个文件对应一个特定的样本)，每个文件看起来像这样：

Gene_ID Gene_Name   Strand  Start   End Length  Coverage    FPKM    TPM
ENSMUSG00000102735  Gm7369  +   4610471 4611406 936 0   0   0
ENSMUSG00000025900  Rp1 -   4290846 4409241 10926   0   0   0
ENSMUSG00000104123  Gm37483 -   4363346 4364829 1484    0   0   0
ENSMUSG00000102175  Gm6119  -   4692219 4693424 1206    0.328358    0.015815    0.008621

我希望收集一个文件中1&2列中的所有元素，并为新文件中的每个样本收集相应的TPM值(第9列)，因此只要没有TPM值，就输入0。

我的输出文件应该如下所示：

gene_id gene_name sample1_tpm sample2_tpm sample3_tpm ......sample6_tpm

python

defaultdict

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2016-11-19 15:47:06

要做到这一点，一种方法是保留一个字典，用于存储每个gene_id的样本值。

初始化字典= {}

遍历6个文件中的每个文件并执行以下操作：

for file in [f1,f2,f3..f6]:
   for line in file:
        labels = line.split(" ")
        val = 1 if labels[8] else 0 
     if labels[0] not in dictionary:
        dictionary[labels[0]] = {'name' : labels[1], 'sample' : [val]}            
     else:
        dictionary[labels[0]]['sample'].append(val)

这会将关键字存储为gene_id，并将name，sample(6个sample_ids的列表)存储为值。

您现在可以通过迭代键和值来写入输出文件。

f = open("output.txt","w+")
f.write("gene_id,gene_name,sample1,sample2,sample3,sample4,sample5,sample6\n")
for key in dictionary.keys():
    samples = ",".join(dictionary[key]['sample'])
    f.write(dictionary[key]+","+dictionary[key]['name']+","+samples+"\n")
f.close()

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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/40690081

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