具有指针数组的HDF5结构
具有指针数组的HDF5结构
提问于 2013-03-02 07:52:02
我正在尝试编写一个HDF5文件，它的结构包含一个整数和一个浮点数*
typedef struct s1_t {
int a;
float *b;
} s1_t;但是，在分配浮点数*并将值放入其中时，我仍然无法输出hdf5文件中的数据。我相信这是因为write函数假定复合数据类型是连续的，而动态分配的数组不是连续的。有没有办法仍然使用指针数组来解决这个问题？
/*
* This example shows how to create a compound data type with an array member,
* and write an array which has the compound data type to the file.
*/
#include "stdio.h"
#include "stdlib.h"
#include "hdf5.h"
#define FILE "DSwith_array_member.h5"
#define DATASETNAME "ArrayOfStructures"
#define LENGTH 10
#define RANK 1
#define ARRAY_RANK 1
#define ARRAY_DIM 3
int
main(void)
{
/* First structure and dataset*/
typedef struct s1_t {
int a;
//float b[ARRAY_DIM];
float *b;
} s1_t;
s1_t s1[LENGTH];
hid_t s1_tid; /* File datatype identifier */
hid_t array_tid; /* Array datatype handle */
hid_t file, dataset, space; /* Handles */
herr_t status;
hsize_t dim[] = {LENGTH}; /* Dataspace dimensions */
hsize_t array_dim[] = {ARRAY_DIM}; /* Array dimensions */
int i, j;
/*
* Initialize the data
*/
for (i = 0; i< LENGTH; i++) {
s1[i].a = i;
s1[i].b = (float*)calloc(ARRAY_DIM, sizeof(float));
for (j = 0; j < ARRAY_DIM; j++) {
s1[i].b[j] = i+j;
}
}
/*
* Create the data space.
*/
space = H5Screate_simple(RANK, dim, NULL);
/*
* Create the file.
*/
file = H5Fcreate(FILE, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
/*
* Create the array data type.
*/
array_tid = H5Tarray_create(H5T_NATIVE_FLOAT, ARRAY_RANK, array_dim);
/*
* Create the memory data type.
*/
s1_tid = H5Tcreate (H5T_COMPOUND, sizeof(s1_t));
H5Tinsert(s1_tid, "a_name", HOFFSET(s1_t, a), H5T_NATIVE_INT);
H5Tinsert(s1_tid, "b_name", HOFFSET(s1_t, b), array_tid);
/*
* Create the dataset.
*/
dataset = H5Dcreate(file, DATASETNAME, s1_tid, space, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
/*
* Wtite data to the dataset;
*/
status = H5Dwrite(dataset, s1_tid, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, s1);
/*
* Release resources
*/
H5Tclose(s1_tid);
H5Tclose(array_tid);
H5Sclose(space);
H5Dclose(dataset);
H5Fclose(file);
return 0;
}回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2013-03-03 07:21:44
你是正确的。将您的结构更改为
typedef struct s1_t {
int a;
float b[ARRAY_DIM];
} s1_t;但我猜你知道这一点。
我可以看到两种解决方案：
- 使用临时缓冲区进行写入。
- 使用可变长度数组而不是用于写入的数组
对b_name使用可变长度数组的示例
#include "stdio.h"
#include "stdlib.h"
#include "hdf5.h"
#define FILE "DSwith_array_member.h5"
#define DATASETNAME "ArrayOfStructures"
#define LENGTH 10
#define RANK 1
#define ARRAY_RANK 1
#define ARRAY_DIM 3
typedef struct s1_t {
int a;
float *b;
} s1_t;
typedef struct s1_buffer_t {
int a;
hvl_t b;
} s1_buffer_t;
int main(void)
{
s1_t s1[LENGTH];
hid_t s1_tid; /* File datatype identifier */
hid_t file, dataset, space, vlen_tid; /* Handles */
hsize_t dim[] = {LENGTH}; /* Dataspace dimensions */
int i, j;
s1_buffer_t s1_buffer[LENGTH];
for (i = 0; i< LENGTH; i++) {
s1[i].a = i;
s1[i].b = (float*)calloc(ARRAY_DIM, sizeof(float));
for (j = 0; j < ARRAY_DIM; j++) {
s1[i].b[j] = i+j;
}
}
space = H5Screate_simple(RANK, dim, NULL);
file = H5Fcreate(FILE, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
vlen_tid = H5Tvlen_create(H5T_NATIVE_FLOAT);
s1_tid = H5Tcreate(H5T_COMPOUND, sizeof(s1_buffer_t));
H5Tinsert(s1_tid, "a_name", HOFFSET(s1_t, a), H5T_NATIVE_INT);
H5Tinsert(s1_tid, "b_name", HOFFSET(s1_t, b), vlen_tid);
dataset = H5Dcreate(file, DATASETNAME, s1_tid, space, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
for (i = 0; i < LENGTH; ++i)
{
s1_buffer[i].a = s1[i].a;
s1_buffer[i].b.len = ARRAY_DIM;
s1_buffer[i].b.p = s1[i].b;
}
H5Dwrite(dataset, s1_tid, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, s1_buffer);
H5Tclose(s1_tid);
H5Tclose(vlen_tid);
H5Sclose(space);
H5Dclose(dataset);
H5Fclose(file);
return 0;
}正如您所看到的，您仍然需要一个临时缓冲区，但至少它只需要存储指针(来自s1的b指针)，而不像上面的解决方案1那样存储大小为ARRAY_DIM的数组。
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/15168876
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