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问使用称为pybel的python模块进行指纹识别
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Stack Overflow用户

提问于 2015-07-16 21:55:51

回答 1查看 634关注 0票数 0

我想用化合物的微笑来获取指纹。我做了，但问题是我想得到一个更高的位和一个列表格式，这样我就可以计算列表的长度。在这种情况下，我只需要获取类。使用pybel的python中有什么解决方案吗？我这样做了，但是当我编写len(fps[0])时，我得到了一个错误

import pybel
smiles = ['CCCC', 'CCCN']
mols = [pybel.readstring("smi", x) for x in smiles]
fps = [x.calcfp() for x in mols]
print fps[0]

fingerprint

fingerprinting

openbabel

pybel

python

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2015-09-08 22:12:01

您可以对指纹对象使用函数fp。默认情况下计算FP2指纹，其长度为32。有代码，输出长度和位0

import pybel
smiles = ['CCCC', 'CCCN']
mols = [pybel.readstring("smi", x) for x in smiles]
fps = [x.calcfp() for x in mols]
print len(fps[0].fp)
print fps[0].fp[0]

结果：

32 
0

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/31456306

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