问使用R添加热图周围的barplot
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Stack Overflow用户

提问于 2015-04-27 14:35:19

回答 1查看 1.4K关注 0票数 0

我的问题不同于这个Side-by-side plots with ggplot2。有两个原因: 1)当我使用gridExtra时，使用heatmap ()函数时，由heatmap()生成的热图和由其他函数生成的柱状图不能保存在一张图片中。2)我希望"barplots对应于heatmap的行/列“。我尝试过使用gridExtra，但随着数据集的不同，情况发生了变化。

我想将一些条形图与热图合并，这样左/右条形图与热图的行相对应，并且顶部/底部条形图与热图的列相对应。就像这张图片(底部有一个条形图) MATLAB Bar graph + HeatMap/Imagesc

现在使用了NMF包中的aheatmap()，代码如下(但我不能添加barplots)：

n <- 50; p <- 20
x <- abs(rmatrix(n, p, rnorm, mean=4, sd=1))
x[1:10, seq(1, 10, 2)] <- x[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
x[11:20, seq(2, 10, 2)] <- x[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
rownames(x) <- paste("ROW", 1:n)
colnames(x) <- paste("COL", 1:p) 
annotation = data.frame(Var1 = factor(1:p %% 2 == 0, labels = c("Class1", "Class2")), Var2 = 1:10)
aheatmap(x, annCol = annotation, Rowv=FALSE)

有什么建议使用aheatmap()或者甚至使用其他包来添加barplot吗？

bar-chart

heatmap

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2015-04-27 16:26:24

那么，在开始的时候，沿着这些思路做些什么？

m <- matrix(abs(rnorm(25 * 10)), ncol = 25)

plotMyHeat <- function(x) {
  x <- t(x)
  l <- matrix(c(1,2), ncol = 2)
  layout(l)
  op <- par(mar = c(2,2,1,0))  
  image(x)
  par(mar = c(2,1,1,1))
  barplot(rowMeans(x),horiz = TRUE, yaxs = "i")
  par(op)
}

plotMyHeat(m)

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/29888763

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