问使用Java5编译web应用程序，但是仍然允许使用String.isEmpty()吗？

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编译器级别不等于用于编译的JDK级别。编译器级别只检查语法，当然会创建不同的输出。但是编译器本身会在类路径上使用jdk，所以如果您使用java5选项进行编译，但是在类路径上使用java6jar，那么代码将不会出现错误。您应该检查您的类路径。

正如许多人指出的那样，Java EE版本并不严格地与Java SE (JDK)版本绑定。大多数情况下，它们需要最低的Java SE版本，但与更高版本兼容。

JavaEE5规范(downloadable PDF here)说：

This specification requires that containers provide a Java Compatible™ runtime 
environment, as defined by the Java 2 Platform, Standard Edition, v5.0 specification 
(J2SE)

由于JSE版本是向后兼容的，因此您可以使用与Java 5兼容的容器，并在Java SE 6或Java SE 7之上运行它。

通过检查项目"Properties > Source > Source/Binary Format“，可以检查Netbeans正在使用的兼容级别

如果你仍然对"Java vs Java EE“有疑问，你可以在这里找到关于Java SE和Java EE之间的区别的几个问题。