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问使用指针的h5py对称数组
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Stack Overflow用户

提问于 2012-11-29 15:21:20

回答 1查看 190关注 0票数 1

我一直在寻找一种方法来创建一个自定义的h5py数组，它最终是对称的。理想情况下，它应该是一个数组，以便在创建它时具有a[i][j]和a[j][i]指向的单个值。这样做的原因是，我将把一个很大的距离向量写入一个正方形矩阵。向量和方阵太大，无法保存在内存中，所以我想要一个相对较快的解决方案来创建方阵。

python

arrays

symmetric

h5py

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2013-05-27 23:15:57

我建议用一点额外的逻辑来做这件事，使用一个一维数组来存储矩阵的上三角形。将一维数组<->中的索引映射为如下所示的映射：

[[0  1  2  3 ]
 [x  4  5  6 ]
 [x  x  7  8 ]
 [x  x  x  9 ]]

您可以为此编写一个函数，如下所示：

from __future__ import division
def tri_ravel_factory(n_cols):
    def tri_ravel(j, k):
        assert j < n_cols, 'j out of range'
        assert k < n_cols, 'j out of range'
        assert j >= 0, 'j out of range'
        assert k >= 0, 'j out of range'        
        if k < j:
            j, k = k, j
        #return sum(n_cols - tmp for tmp in range(0, j)) + (k - j)
        return j * n_cols - (j * (j-1))//2 + (k-j)
    return tri_ravel


test_ravel = tri_ravel_factory(4)
indx = test_ravel(1, 0)

这只会给你带来两倍的好处。使用稀疏数组、即时计算所需的距离，或者找到一种方法而不必计算大多数距离(例如，如果您只关心与distance < r的配对)，可能会更好。

票数 1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/13620719

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