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问从pdb文件中获取残差的属性
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Stack Overflow用户

提问于 2014-01-17 14:22:03

回答 2查看 846关注 0票数 0

我有一个pdb文件，我想使用python解析pdb，并且我想在pdb中找到残差的以下内容：

1. hydrophobicity
2. interface topology
3. solvent accessible surface area

我试过使用pybel

file_name = "4hhb.pdb"
allmols = [mol for mol in pybel.readfile("pdb", file_name)]
for mol in allmols:
    dir(mols)

但是，我只能看到很少的属性。

'addh', 'atoms', 'calcdesc', 'calcfp', 'charge', 'conformers', 'data', 'dim', 'draw', 'energy', 'exactmass', 'formula', 'localopt', 'make3D', 'molwt', 'removeh', 'spin', 'sssr', 'title', 'unitcell', 'write

如何从pdb中找到这3个属性？我可以使用python中的任何模块来获取这些属性。

python

biopython

chemistry

pybel

回答 2

Stack Overflow用户

发布于 2014-01-17 15:28:32

Hidrophobicity (针对每个AA)可在以下位置找到：

Bio.SeqUtils.ProtParamData.kd

kd = {'A': 1.8, 'R':-4.5, 'N':-3.5, 'D':-3.5, 'C': 2.5, 
      'Q':-3.5, 'E':-3.5, 'G':-0.4, 'H':-3.2, 'I': 4.5, 
      'L': 3.8, 'K':-3.9, 'M': 1.9, 'F': 2.8, 'P':-1.6, 
      'S':-0.8, 'T':-0.7, 'W':-0.9, 'Y':-1.3, 'V': 4.2 }

我想你必须将所有的氨基酸数值相加，才能得到整体的恐汗性。

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.ProtParamData-pysrc.html

您可以使用GROMACs (http://manual.gromacs.org/programs/gmx-sasa.html)来获取其他两个参数。查看C源代码(https://github.com/gromacs/gromacs/blob/master/src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/sasa.cpp)，这些参数远不是显而易见的计算。

我会用subprocess.Popen()包装gmx_sasa并得到结果。

票数 3

Stack Overflow用户

发布于 2014-01-17 14:54:08

正如在此1答案中所提到的，BioPython2提供了解析.pdb文件的支持

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/21179198

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