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问如何迭代执行qsub作业
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Stack Overflow用户

提问于 2013-06-06 12:53:23

回答 2查看 782关注 0票数 0

如何迭代qsub作业？

让一个变量i=2:10，对于每个i，我想运行"tmp.r“，并在转到下一个i之前暂停10秒。我的脚本名是test.pbs。我试过这个：

for i in `seq 1 10`;do;qsub job$i.sub;sleep 10;done

但此提交的作业将立即返回..

我想在Cray XE6上运行这个。我的R代码使用遍历算法，因此作业的迭代提交将使其更高效。

你知道如何使用bash或python做到这一点吗？

谢谢!

python

bash

qsub

回答 2

Stack Overflow用户

发布于 2013-07-24 00:42:28

从本质上讲，qsub会立即返回一个作业id，所以你不能像你所描述的那样批量提交作业。

如果您使用的是torque，则可以使用作业数组。请参阅此文档

http://docs.adaptivecomputing.com/torque/help.htm#topics/commands/qsub.htm#-t

echo sleep 300 | qsub -t 10


[adaptive@mongo-test3 ~]$ qstat
Job id                    Name             User            Time Use S Queue
------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
19188[].mongo-test3        STDIN            adaptive               0 R batch

如果您使用的是诸如Moab之类的调度程序

[adaptive@mongo-test3 ~]$ showq

active jobs------------------------
JOBID              USERNAME      STATE PROCS   REMAINING            STARTTIME

19188[10]          adaptive    Running     1    00:59:19  Tue Jul 23 16:40:25

1 active job                1 of 8 processors in use by local jobs (12.50%)
                            1 of 1 nodes active      (100.00%)

eligible jobs----------------------
JOBID              USERNAME      STATE PROCS     WCLIMIT            QUEUETIME


0 eligible jobs

blocked jobs-----------------------
JOBID              USERNAME      STATE PROCS     WCLIMIT            QUEUETIME


0 blocked jobs

Total job:  1

票数 0

Stack Overflow用户

发布于 2013-08-05 23:25:17

我不确定为什么您不能只使用qsub一个脚本，该脚本将在运行后按顺序执行作业。

但如果有帮助，您可以提交作业，并为它们提供条件，使其仅在另一个作业(在本例中为前一个作业)完成时才执行：

Torque nested/successive qsub call

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/16953903

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