玩转服务器—共享服务器R包调用与安装

滴水穿石 非一日之功

背景知识

绝对路径与相对路径

绝对路径

绝对路径是指从根目录开始的完整文件路径，不依赖于当前工作目录。无论你当前的工作目录在哪里，绝对路径都能指向一个唯一的文件或文件夹位置。

• 在Windows中，绝对路径通常以驱动器字母（如C:）开头，例如： C:/Users/Username/Documents/data.csv
• 在Linux和macOS中，绝对路径以根目录（/）开始，例如： /home/username/Documents/data.csv

相对路径

相对路径是相对于当前工作目录的文件路径。它不从根目录开始，而是从当前工作目录出发，指向目标文件或文件夹。相对路径更常用于项目中，便于文件随项目一起移动。

• 例如，当前工作目录是/home/username/，相对路径Documents/data.csv就代表的是/home/username/Documents/data.csv。

全局设置与临时设置

全局设置（永久性）

在R语言中，如果我们需要设置全局选项。可以通过编辑自己家目录下的 .Rprofile 这个文件来实现。.Rprofile 是一个特殊的文件，在 R 会话启动时会被自动执行。用户级别的 .Rprofile 通常位于用户的家目录下（例如 ~/.Rprofile），影响所有的 R 会话。其优点是确保在同一台机器上不同的 R 会话中使用相同的变量设置，适用于长期的配置和工作环境管理。如果只想为某个项目或会话调整变量，可能不太适合。

临时设置（会话级）

在 RStudio 会话中直接执行相应变量的设置，这种设置只在当前会话中有效。会话结束后，变量设置会丢失，下次启动 R 会话时需要重新执行该命令。这种方式允许在每个 R 会话中灵活地调整变量设置，非常适用于临时或特定需求的调整。

镜像

镜像（Mirror） 是指在不同地理位置上维护的，内容是原始站点（如 CRAN）的复制版本。镜像服务器提供了与原始服务器相同的数据和文件，但位于不同的物理位置，目的是通过分布式服务器网络来提高下载速度和可用性，特别是在不同区域的用户访问时。

共享服务器默认R包库设置

共享服务器登录见：玩转服务器—共享服务器登录指北

查看默认调用R包库设置：

查看默认设置

由于我们共享服务器配置的有公共R包库，绝对路径是 /refdir/Rlib ，所以我们每个用户的R，默认设置了调用我们的公共R包库路径。

.libPaths(c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4',
'/refdir/Rlib',
'/usr/local/lib/R/library'))

对于配置文件中的这三个路径：

• ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4 用户家目录下的R包库目录，自己拥有读写权限。如果自己安装R包就是安装在这个路径下
• /refdir/Rlib 共享服务器的公共R包库，已经安装了一千多个常用R包。基本能满足登录即可使用。普通用户只有读的权限。
• /usr/local/lib/R/library 系统R的默认安装路径。普通用户只有读的权限。

了解上述设置，那么你应该理解了，我们共享服务器，可以根据你的使用体验，来选择是否调用公共R包库：

• 你可以选择调用R包库，同时如果有缺少的R包你也可以自己安装。(无需修改默认设置)
• 你可以选择不用R包库，所用到的R包全部自己安装。（需要修改一下默认设置）

如果你选择不用公共R包库

如果你使用的R包和公共R包库有冲突，选择不用公共R包库，那么你只需要在 .Rprofile 文件中删除公共R包库路径即可。

如何删除有两个途径：

途径一：在Rstudio-server端

##编辑‘.Rprofile’文件
file.edit("~/.Rprofile")
##编辑后保存文件
## 重启生效

Rstudio端修改

途径二：在shell端

在shell端修改需要自己掌握了解vim命令的用户（编辑、保存、退出）

##打开'.Rprofile'文件
vim ~/.Rprofile
##删除公共库目录
##保存退出

shell端

修改后的库目录

修改后查看

临时修改

如果你要临时修改，你只需要在你的Rstudio会话中执行下列代码：

.libPaths(c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4',
            '/usr/local/lib/R/library'))

这样的设置，不需要修改 .Rprofile ，临时更改路径，仅仅是当前R会话生效，当会话重启或者切换了其他项目 Rproj 之后就会失效。

如果你要安装R包

由于我们常用的R包库CRAN和Bioconductor均是国外网站，直接下载通常下载速度慢，也容易失败。所以第一步，我们就是要设置对应的镜像网站。

CRAN："https://cran.rstudio.com/"  #官网，下载速度慢
清华："https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" 
中科大："https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/"
西湖大学："https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor"
......
......

bioconductor有新的镜像选择啦（西湖大学）

设置镜像

1、通过代码，options 设定

options(CRAN="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

2、通过Rstudio设定，可视化设置

Tools——Global options——Packages——Packages management(工具包管理)——Change(更改CRAN mirror) 选择中国区镜像——OK—Apply

设置镜像

安装R包

##CRAN的包
install.packages("devtools")

##Bioconductor的包
BiocManager::install("packagename",ask = F,update = F)

##githup包
devtools::install_github("jmzeng1314/idmap",upgrade = F,dependencies = T)
##如果网络下载不下来，可以先下载到本地，上传服务器，然后使用
devtools::install_local("./idmap1-master.zip")

##CRAN和Bioconductor的包，如果网络实在下载不下来，也可以在本地电脑下载，然后上传服务器，使用本地文件安装（注意绝对路径与相对路径）
packageurl <- './locfit_1.5-9.4.zip'
install.packages(packageurl,repos = NULL,type = 'source')